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- EMDB-46920: HCMV gH/UL116/UL141 3-mer complex, ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46920
タイトルHCMV gH/UL116/UL141 3-mer complex, ectodomain
マップデータ
試料
  • 複合体: HCMV gH/UL116/UL141 3-mer complex
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
    • タンパク質・ペプチド: Protein UL141
    • タンパク質・ペプチド: UL116
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSurface protein complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host natural killer cell mediated immune response / host cell endosome / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus membrane glycoprotein UL141 / UL141-like superfamily / Herpes-like virus membrane glycoprotein UL141 / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Immunoglobulin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein H / UL116 / Protein UL141
類似検索 - 構成要素
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Norris MJ / Benedict CA / Kamil JP / Saphire EO
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: A noncanonical glycoprotein H complex enhances cytomegalovirus entry.
著者: Michael J Norris / Lauren A Henderson / Mohammed N A Siddiquey / Jieyun Yin / Kwangsun Yoo / Simon Brunel / Erica Ollmann Saphire / Chris A Benedict / Jeremy P Kamil /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) causes severe birth defects, lifelong health complications, and $4 billion in annual costs in the United States alone. A major challenge in vaccine design is the ...Human cytomegalovirus (HCMV) causes severe birth defects, lifelong health complications, and $4 billion in annual costs in the United States alone. A major challenge in vaccine design is the incomplete understanding of the diverse protein complexes the virus uses to infect cells. In , the gH/gL glycoprotein heterodimer is expected to be a basal element of virion cell entry machinery. For HCMV, gH/gL forms a "trimer" with gO and a "pentamer" with UL128, UL130, and UL131A, with each complex binding distinct receptors to enter varied cell types. Here, we reveal a third glycoprotein complex, abundant in HCMV virions, which significantly enhances infection of endothelial cells. In this "3-mer" complex, gH, without gL, associates with UL116 and UL141, an immunoevasin previously known to function in an intracellular role. Cryo-EM reveals the virion-surface 3-mer is structurally unique among gH complexes, with gH-only scaffolding, UL141-mediated dimerization and a heavily glycosylated UL116 cap. Given that antibodies directed at gH and UL141 each can restrict HCMV replication, our work highlights this virion surface complex as a new target for vaccines and antiviral therapies.
履歴
登録2024年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46920.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46920.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å		1.32 Å/pix.
x 256 pix.
= 337.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.32355607 - 0.6855886
平均 (標準偏差)-0.00026637551 (±0.015753835)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46920_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46920_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46920_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HCMV gH/UL116/UL141 3-mer complex

全体名称: HCMV gH/UL116/UL141 3-mer complex
要素
  • 複合体: HCMV gH/UL116/UL141 3-mer complex
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
    • タンパク質・ペプチド: Protein UL141
    • タンパク質・ペプチド: UL116
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HCMV gH/UL116/UL141 3-mer complex

超分子名称: HCMV gH/UL116/UL141 3-mer complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein H

分子名称: Envelope glycoprotein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
株: TB40-BAC4
分子量理論値: 77.497164 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ASEALDPHAF HLLLNTYGRP IRFLRENTTQ CTYNSSLRNS TVVRENAISF NFFQSYNQYY VFHMPRCLFA GPLAEQFLNQ VDLTETLER YQQRLNTYAL VSKDLASYRS FSQQLKAQDS LGQQPTTVPP PIDLSIPHVW MPPQTTPHDW KGSHTTSGLH R PHFNQTCI ...文字列:
ASEALDPHAF HLLLNTYGRP IRFLRENTTQ CTYNSSLRNS TVVRENAISF NFFQSYNQYY VFHMPRCLFA GPLAEQFLNQ VDLTETLER YQQRLNTYAL VSKDLASYRS FSQQLKAQDS LGQQPTTVPP PIDLSIPHVW MPPQTTPHDW KGSHTTSGLH R PHFNQTCI LFDGHDLLFS TVTPCLHQGF YLMDELRYVK ITLTEDFFVV TVSIDDDTPM LLIFGHLPRV LFKAPYQRDN FI LRQTEKH ELLVLVKKTQ LNRHSYLKDS DFLDAALDFN YLDLSALLRN SFHRYAVDVL KSGRCQMLDR RTVEMAFAYA LAL FAAARQ EEAGTEISIP RALDRQAALL QIQEFMITCL SQTPPRTTLL LYPTAVDLAK RALWTPDQIT DITSLVRLVY ILSK QNQQH LIPQWALRQI ADFALQLHKT HLASFLSAFA RQELYLMGSL VHSMLVHTTE RREIFIVETG LCSLAELSHF TQLLA HPHH EYLSDLYTPC SSSGRRDHSL ERLTRLFPDA TVPATVPAAL SILSTMQPST LETFPDLFCL PLGESFSALT VSEHVS YVV TNQYLIKGIS YPVSTTVVGQ SLIITQTDSQ SKCELTRNMH TTHSITAALN ISLENCAFCQ SALLEYDDTQ GVINIMY MH DSDDVLFALD PYNEVVVSSP RTHYLMLLKN GTVLEVTD

UniProtKB: Envelope glycoprotein H

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分子 #2: Protein UL141

分子名称: Protein UL141 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
株: Merlin
分子量理論値: 31.039045 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SFPFATADIA EKMWAENYET TSPAPVLVAE GEQVTIPCTV MTHSWPMVSI RARFCRSHDG SDELILDAVK GHRLMNGLQY RLPYATWNF SQLHLGQIFS LTFNVSTDTA GMYECVLRNY SHGLIMQRFV ILTQLETLSR PDEPCCTPAL GRYSLGDQIW S PTPWRLRN ...文字列:
SFPFATADIA EKMWAENYET TSPAPVLVAE GEQVTIPCTV MTHSWPMVSI RARFCRSHDG SDELILDAVK GHRLMNGLQY RLPYATWNF SQLHLGQIFS LTFNVSTDTA GMYECVLRNY SHGLIMQRFV ILTQLETLSR PDEPCCTPAL GRYSLGDQIW S PTPWRLRN HDCGMYRGFQ RNYFYIGRAD AEDCWKPACP DEEPDRCWTV IQRYRLPGDC YRSQPHPPKF LPVTPAPPAD ID TGMSPWA TRGGSGGGSL EVLFQGPGHH HHHHHH

UniProtKB: Protein UL141

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分子 #3: UL116

分子名称: UL116 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
株: TB40-BAC4
分子量理論値: 35.321906 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VETNATTVTS TTAAAATTNT TVATTGTTTT SPNVTSTTSN TVITPTTVSS VSNLTSSATS IPISTSTVSG TRNTRNNNTT TIGTNVTSP SPSVSILTTV TPAATSTTSN NGDVTSDYTP TFDLENITTT RAPTRPPAQD LCSHNLSIIL YEEESQSSVD I AVDEEEPE ...文字列:
VETNATTVTS TTAAAATTNT TVATTGTTTT SPNVTSTTSN TVITPTTVSS VSNLTSSATS IPISTSTVSG TRNTRNNNTT TIGTNVTSP SPSVSILTTV TPAATSTTSN NGDVTSDYTP TFDLENITTT RAPTRPPAQD LCSHNLSIIL YEEESQSSVD I AVDEEEPE LEDDDEYDEL WFPLYFEAEC NLNYTLQYVN HSCDYSVRQS SVSFPPWRDI DSVTFVPRNL SNCSAHGLAV IV AGNQTWY VNPFSLAHLL DAIYNVLGIE DLSANFRRQL APYRHTLIVP QTGGSGGSGS DDDDKAGWSH PQFEKGGGSG GGS GGGSWS HPQFEK

UniProtKB: UL116

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 119525
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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