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万見
- EMDB-46913: local refinement of Arp3 and ArpC2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46913
タイトルlocal refinement of Arp3 and ArpC2
マップデータlocal refinement of Arp3 and ArpC2
試料
  • 複合体: Arp 2/3 complex bound to NPFs
    • タンパク質・ペプチド: Arp3
    • タンパク質・ペプチド: Arp2
    • タンパク質・ペプチド: ArpC1
    • タンパク質・ペプチド: ArpC2
    • タンパク質・ペプチド: ArpC3
    • タンパク質・ペプチド: ArpC4
    • タンパク質・ペプチド: ArpC5
    • タンパク質・ペプチド: Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein 2
キーワードactin / arp 2-3 complex / N-WASP / nucleation promoting factor / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Saks AJ / Barrie KR / Dominguez R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM073791-19 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: NPF binding to Arp2 is allosterically linked to the release of ArpC5's N-terminal tail and conformational changes in Arp2/3 complex.
著者: Andrew J Saks / Kyle R Barrie / Grzegorz Rebowski / Roberto Dominguez /
要旨: Arp2/3 complex generates branched actin networks essential for numerous motile functions of the cell. It comprises seven subunits: actin-related proteins (Arps) 2 and 3 and five scaffolding subunits ...Arp2/3 complex generates branched actin networks essential for numerous motile functions of the cell. It comprises seven subunits: actin-related proteins (Arps) 2 and 3 and five scaffolding subunits (ArpC1-5). The complex adopts two major conformations: inactive, with the Arps interacting end-to-end, and active, with the Arps aligned side-by-side like subunits in the actin filament. Activation involves several cofactors, including ATP, WASP-family nucleation-promoting factors (NPFs), actin monomers, and the mother actin filament. NPFs bind to two sites, one on Arp2-ArpC1 and one on Arp3, delivering actin subunits at the barbed end of the Arps to initiate branch elongation. However, the mechanisms by which each NPF drives the equilibrium toward activation remain unclear. We present two cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Arp2/3 complex at 2.9-Å resolution: one with NPFs bound to Arp3 and ArpC1 but not Arp2 and another with NPFs bound to Arp3 and Arp2-ArpC1. The structures reveal that NPF binding to Arp2 is allosterically linked to the release of ArpC5's N-terminal tail from Arp2 and conformational changes in Arp2, including closure of its ATP-binding cleft and partial rotation and translation toward its position in the active complex at the branch. Previous work identified another allosteric switch linking NPF binding to Arp3 with the release of its inhibitory C-terminal tail, which we also observe. In summary, both NPF-binding sites induce allosteric changes in Arp2/3 complex, collectively shifting the equilibrium toward activation.
履歴
登録2024年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46913.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈local refinement of Arp3 and ArpC2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 352 pix.
= 302.72 Å		0.86 Å/pix.
x 352 pix.
= 302.72 Å		0.86 Å/pix.
x 352 pix.
= 302.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.10276313 - 0.27691644
平均 (標準偏差)0.00030046236 (±0.0054339063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 302.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46913_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_46913_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_46913_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Arp 2/3 complex bound to NPFs

全体名称: Arp 2/3 complex bound to NPFs
要素
  • 複合体: Arp 2/3 complex bound to NPFs
    • タンパク質・ペプチド: Arp3
    • タンパク質・ペプチド: Arp2
    • タンパク質・ペプチド: ArpC1
    • タンパク質・ペプチド: ArpC2
    • タンパク質・ペプチド: ArpC3
    • タンパク質・ペプチド: ArpC4
    • タンパク質・ペプチド: ArpC5
    • タンパク質・ペプチド: Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein 2

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超分子 #1: Arp 2/3 complex bound to NPFs

超分子名称: Arp 2/3 complex bound to NPFs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 220 KDa

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分子 #1: Arp3

分子名称: Arp3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: GRLPACVVDC GTGYTKLGYA GNTEPQFIIP SCIAIKESAK RVMKGVDDLD FFIGDEAIEK PTYATKWPIR HGIVEDWDLM ERFMEQVIFK YLRAEPEDHY FLLTEPPLNT PENREYTAEI MFESFNVPGL YIAVQAVLAL AASWTSRQVG ERTLTGTVID SGDGVTHVIP ...文字列:
GRLPACVVDC GTGYTKLGYA GNTEPQFIIP SCIAIKESAK RVMKGVDDLD FFIGDEAIEK PTYATKWPIR HGIVEDWDLM ERFMEQVIFK YLRAEPEDHY FLLTEPPLNT PENREYTAEI MFESFNVPGL YIAVQAVLAL AASWTSRQVG ERTLTGTVID SGDGVTHVIP VAEGYVIGSC IKHIPIAGRD ITYFIQQLLR DREVGIPPEQ SLETAKAVKE RYSYVCPDLV KEFNKYDTDG SKWIKQYTGI NAISKKEFSI DVGYERFLGP EIFFHPEFAN PDFTQPISEV VDEVIQNCPI DVRRPLYKNI VLSGGSTMFR DFGRRLQRDL KRTVDARLKL SEELSGGRLK PKPIDVQVIT HHMQRYAVWF GGSMLASTPE FYQVCHTKKD YEEIGPSICR HNPVF

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分子 #2: Arp2

分子名称: Arp2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MDSQGRKVVV CDNGTGFVKC GYAGSNFPEH IFPALVGRPI IRSTIKDLMV GDEASELRSM LEVNYPMENG IVRNWDDMKH LWDYTFGPEK LNIDTRNCKI LLTEPPMNPT KNREKIVEVM FETYQFSGVY VAIQAVLTLY AQGLLTGVVV DSGDGVTHIC PVYEGFSLPH ...文字列:
MDSQGRKVVV CDNGTGFVKC GYAGSNFPEH IFPALVGRPI IRSTIKDLMV GDEASELRSM LEVNYPMENG IVRNWDDMKH LWDYTFGPEK LNIDTRNCKI LLTEPPMNPT KNREKIVEVM FETYQFSGVY VAIQAVLTLY AQGLLTGVVV DSGDGVTHIC PVYEGFSLPH LTRRLDIAGR DITRYLIKLL LLRGYAFNHS ADFETVRMIK EKLCYVGYNI EQEQKLALET TVLVESYTLP DGRIIKVGGE RFEAPEALFQ PHLINVEGVG VAELLFNTIQ AADIDTRSEF YKHIVLSGGS TMYPGLPSRL ERELKQLYLE RVLKGDVEKL SKFKIRIEDP PRRKHMVFLG GAVLADIMKD KDNFWMTRQE YQEKGVRVLE KLG

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分子 #3: ArpC1

分子名称: ArpC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MSLHQFLLEP ITCHAWNRDR TQIALSPNNH EVHIYKKNGG QWVKAHELKE HNGHITGIDW APKSDRIVTC GADRNAYVWS QKDGVWKPTL VILRINRAAT FVKWSPLENK FAVGSGARLI SVCYFESEND WWVSKHIKKP IRSTVLSLDW HPNNVLLAAG SCDFKCRVFS ...文字列:
MSLHQFLLEP ITCHAWNRDR TQIALSPNNH EVHIYKKNGG QWVKAHELKE HNGHITGIDW APKSDRIVTC GADRNAYVWS QKDGVWKPTL VILRINRAAT FVKWSPLENK FAVGSGARLI SVCYFESEND WWVSKHIKKP IRSTVLSLDW HPNNVLLAAG SCDFKCRVFS AYIKEVDEKP ASTPWGSKMP FGQLMSEFGG SGTGGWVHGV SFSASGSRLA WVSHDSTVSV ADASKSVQVS TLKTEFLPLL SVSFVSENSV VAAGHDCCPM LFNYDDRGCL TFVSKLDIPK QSRNTALETL HQNSITQVSI YEVDKQDCRK FCTTGIDGAM TIWDFKTLES SIQGLRIM

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分子 #4: ArpC2

分子名称: ArpC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
配列文字列: MILLEVNNRI IEETLALKFE NAAAGNKPEA VEVTFADFDG VLYHISNPNG DKTKVMVSIS LKFYKELQAH GADELLKRVY GSYLVNPESG YNVSLLYDLE NLPASKDSIV HQAGMLKRNC FASVFEKYFQ FQEEGKEGEN RAVIHYRDDE TMYVESKKDR VTVVFSTVFK ...文字列:
MILLEVNNRI IEETLALKFE NAAAGNKPEA VEVTFADFDG VLYHISNPNG DKTKVMVSIS LKFYKELQAH GADELLKRVY GSYLVNPESG YNVSLLYDLE NLPASKDSIV HQAGMLKRNC FASVFEKYFQ FQEEGKEGEN RAVIHYRDDE TMYVESKKDR VTVVFSTVFK DDDDVVIGKV FMQEFKEGRR ASHTAPQVLF SHREPPLELK DTDAAVGDNI GYITFVLFPR HTNASARDNT INLIHTFRDY LHYHIKCSKA YIHTRMRAKT SDFLKVLNRA RPDAE

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分子 #5: ArpC3

分子名称: ArpC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
PAYHSSLMDP DTKLIGNMAL LPIRSQFKGP APRETKDTDI VDEAIYYFKA NVFFKNYEIK NEADRTLIYI TLYISECLKK LQKCNSKSQG EKEMYTLGIT NFPIPGEPGF PLNAIYAKPA NKQEDEVMRA YLQQLRQETG LRLCEKVFDP QNDKPSKWWT CFVKRQFMNK SLSGP

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分子 #6: ArpC4

分子名称: ArpC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
TATLRPYLSA VRATLQAALC LENFSSQVVE RHNKPEVEVR SSKELLLQPV TISRNEKEKV LIEGSINSVR VSIAVKQADE IEKILCHKFM RFMMMRAENF FILRRKPVEG YDISFLITNF HTEQMYKHKL VDFVIHFMEE IDKEISEMKL SVNARARIVA EEFLKNF

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分子 #7: ArpC5

分子名称: ArpC5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
NKFVDEGNMT AALQAALKNP PINTKSQAVK DRAGSIVLKV LISFKANDIE KAVQSLDKNG VDLLMKYIYK GFESPSDNSS AVLLQWHEKA LAAGGVGSIV RVLTARKTV

+
分子 #8: Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein 1

分子名称: Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
SGIVGALMEV MQKRSKAIHS SDEDEDDDEW ED

+
分子 #9: Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein 2

分子名称: Neural Wiskott-Aldrich syndrome protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 光学異性体: LEVO
配列文字列:
SGIVGALMEV MQKRSKAIHS SDEEDFEDDD EWED

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 292625
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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