EMDB-46904: AD-fold Quadruple Helical Filament Polymorph

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-46904

タイトル

AD-fold Quadruple Helical Filament Polymorph

マップデータ

試料

複合体: Truncated tau 297-391

キーワード

297-391 Truncated Tau 200mM MgCl2 10mM Phosphate Buffer 10mM DTT / PROTEIN FIBRIL

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Vaquer-Alicea J / Kunach P / Diamond MI

資金援助

米国, 3件

Organization	Grant number	国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)	RP220582	米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)	1RF1AG065407-01A1	米国
Chan Zuckerberg Initiative	2018-191983 (5022)	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: AD-fold Quadruple Helical Filament Polymorph
著者: Vaquer-Alicea J / Kunach P / Diamond MI

履歴

登録	2024年9月5日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年1月8日	-
マップ公開	2025年1月8日	-
更新	2025年1月8日	-
現状	2025年1月8日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_46904.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_46904.map.gz	3.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-46904-v30.xml emd-46904.xml	15.1 KB 15.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_46904_fsc.xml	12.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_46904.png	86.4 KB
マスクデータ	emd_46904_msk_1.map	149.9 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-46904.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_46904_additional_1.map.gz emd_46904_half_map_1.map.gz emd_46904_half_map_2.map.gz	35.4 MB 118.4 MB 118.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46904 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46904	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_46904_validation.pdf.gz	807.9 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_46904_full_validation.pdf.gz	807.4 KB	表示
XML形式データ	emd_46904_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	emd_46904_validation.cif.gz	4.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46904 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46904	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_46904.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.83 Å/pix. x 39 pix. = 32.37 Å	0.83 Å/pix. x 340 pix. = 282.2 Å	0.83 Å/pix. x 340 pix. = 282.2 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.83 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.01
最小 - 最大	-0.031219669 - 0.06197767
平均 (標準偏差)	0.00019321921 (±0.0029346175)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_46904_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_46904_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_46904_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_46904_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Truncated tau 297-391

全体	名称: Truncated tau 297-391
要素	複合体: Truncated tau 297-391

-
超分子 #1: Truncated tau 297-391

超分子	名称: Truncated tau 297-391 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

濃度	10 mg/mL
緩衝液	pH: 7.4 / 詳細: 10mM Phosphate Buffer 10mM DTT 200mM MgCl2
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.749 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -0.814 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₁ (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 80078
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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