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- EMDB-46890: Immune complex of Lassa virus glycoprotein (Josiah) with polyclon... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46890
タイトルImmune complex of Lassa virus glycoprotein (Josiah) with polyclonal Fab from Subject-12 at Day 26
マップデータMain-map
試料
  • 複合体: Immune complex of Lassa virus glycoprotein (Josiah) with polyclonal Fab from Subject-12 at Day 26
    • 複合体: Polyclonal Fab from Subject-12 at Day 26
      • 複合体: Lassa virus glycoprotein (Josiah)
キーワードViral glycoprotein / Lassa virus (Josiah) / VIRAL PROTEIN / Immune complex / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Lassa virus Josiah (ウイルス) / Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Enriquez AS / Saphire EO
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 A1132244 米国
Other privateA08154
引用ジャーナル: EBioMedicine / 年: 2025
タイトル: Mapping the antibody response to Lassa virus vaccination of non-human primates.
著者: Adrian S Enriquez / Ruben Diaz Avalos / Diptiben Parekh / Christopher L Cooper / Gavin Morrow / Thomas W Geisbert / Christopher L Parks / Kathryn M Hastie / Erica Ollmann Saphire /
要旨: BACKGROUND: Lassa fever, caused by Lassa virus, is a severe disease, endemic in Western Africa, for which no vaccines or therapeutics are yet approved. Understanding the immune responses elicited by ...BACKGROUND: Lassa fever, caused by Lassa virus, is a severe disease, endemic in Western Africa, for which no vaccines or therapeutics are yet approved. Understanding the immune responses elicited by candidate vaccines is key for approval, including characterisation of antibody epitopes recognised and capacity for neutralisation.
手法: Here we used negative-stain electron microscopy polyclonal antibody epitope mapping (EMPEM), in-vitro pseudovirus neutralisation assays, and biophysical antibody competition assays to uncover ...手法: Here we used negative-stain electron microscopy polyclonal antibody epitope mapping (EMPEM), in-vitro pseudovirus neutralisation assays, and biophysical antibody competition assays to uncover components of polyclonal antibody responses elicited in nonhuman primates 26 days after receipt of a single immunisation with a fully protective, recombinant, replication-competent vesicular stomatitis virus-based vaccine bearing the Lassa virus glycoprotein GPC.
FINDINGS: Although the vaccinee sera are overall poorly-neutralising, we do directly visualise, within the polyclonal pool, antibodies targeting epitopes on GPC that are consistent with ...FINDINGS: Although the vaccinee sera are overall poorly-neutralising, we do directly visualise, within the polyclonal pool, antibodies targeting epitopes on GPC that are consistent with neutralisation, as well as competition with known neutralising mAbs. Nearly every animal, for example, produced antibodies that compete with mAbs against GP1-A and GPC-A neutralising epitopes. The most abundant classes of antibodies, however, are directed against interior interfaces of GPC, while other antibodies recognise post-fusion GPC epitopes not consistent with neutralisation.
INTERPRETATION: It may be that some individual antibodies in the pool are neutralising, but that the abundance of non-neutralising epitopes reduces potency as measured at the polyclonal level. The ...INTERPRETATION: It may be that some individual antibodies in the pool are neutralising, but that the abundance of non-neutralising epitopes reduces potency as measured at the polyclonal level. The finding, however, neutralisation-consistent sites and competition with known neutralising antibodies are important steps in vaccine design toward eliciting more potent neutralisation.
FUNDING: A complete list of funding bodies that supported this study is presented in the Funding section.
履歴
登録2024年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46890.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main-map
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.8 Å/pix.
x 64 pix.
= 435.2 Å		6.8 Å/pix.
x 64 pix.
= 435.2 Å		6.8 Å/pix.
x 64 pix.
= 435.2 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.8 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.95
最小 - 最大-2.5267172 - 6.1818576
平均 (標準偏差)-0.008030614 (±0.20932762)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 435.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_46890_half_map_1.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_46890_half_map_2.map
注釈Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Immune complex of Lassa virus glycoprotein (Josiah) with polyclon...

全体名称: Immune complex of Lassa virus glycoprotein (Josiah) with polyclonal Fab from Subject-12 at Day 26
要素
  • 複合体: Immune complex of Lassa virus glycoprotein (Josiah) with polyclonal Fab from Subject-12 at Day 26
    • 複合体: Polyclonal Fab from Subject-12 at Day 26
      • 複合体: Lassa virus glycoprotein (Josiah)

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超分子 #1: Immune complex of Lassa virus glycoprotein (Josiah) with polyclon...

超分子名称: Immune complex of Lassa virus glycoprotein (Josiah) with polyclonal Fab from Subject-12 at Day 26
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス)

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超分子 #2: Polyclonal Fab from Subject-12 at Day 26

超分子名称: Polyclonal Fab from Subject-12 at Day 26 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル)

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超分子 #3: Lassa virus glycoprotein (Josiah)

超分子名称: Lassa virus glycoprotein (Josiah) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2
由来(天然)生物種: Lassa virus Josiah (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris pH 7.5, 150mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.3.0) / 使用した粒子像数: 51714
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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