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- EMDB-46870: Recombinant AD PHF -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46870
タイトルRecombinant AD PHF
マップデータ
試料
  • 複合体: Truncated tau 297-391
キーワードRecombinant Human Truncated Tau 297-391 200mM MgCl2 200 RPM 10mM PB DTT Type 4a Filament in original publication. / PROTEIN FIBRIL
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Vaquer-Alicea J / Diamond MI / Kunach P
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP220582 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)1RF1AG065407-01A1 米国
Chan Zuckerberg Initiative2018-191983 (5022) 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Functional classification of tauopathy strains reveals the role of protofilament core residues.
著者: Jaime Vaquer-Alicea / Victor A Manon / Vaibhav Bommareddy / Peter Kunach / Ankit Gupta / Jim Monistrol / Valerie A Perez / Hung Tri Tran / Nil Saez-Calveras / Siling Du / Sushobhna Batra / ...著者: Jaime Vaquer-Alicea / Victor A Manon / Vaibhav Bommareddy / Peter Kunach / Ankit Gupta / Jim Monistrol / Valerie A Perez / Hung Tri Tran / Nil Saez-Calveras / Siling Du / Sushobhna Batra / Daniel Stoddard / Charles L White / Lukasz A Joachimiak / Sarah H Shahmoradian / Marc I Diamond /
要旨: Distinct tau amyloid assemblies underlie diverse tauopathies but defy rapid classification. Cell and animal experiments indicate tau functions as a prion, as different strains propagated in cells ...Distinct tau amyloid assemblies underlie diverse tauopathies but defy rapid classification. Cell and animal experiments indicate tau functions as a prion, as different strains propagated in cells cause unique, transmissible neuropathology after inoculation. Strain amplification requires compatibility of the monomer and amyloid template. We used cryo-electron microscopy to study one cell-based yellow fluorescent protein (YFP)-tagged strain, resolving its amyloid nature. We then used sequential alanine (Ala) substitution (scan) within tau repeat domain (RD) to measure incorporation to preexisting tau RD-YFP aggregates. This robustly discriminated strains, defining sequences critical for monomer incorporation. We then created 3R/4R or 4R wild-type RD (amino acids 246 to 408) biosensors. Ala scan of recombinant tau seeds with the Alzheimer's disease (AD) fold matched that of AD homogenate. We scanned 22 brain lysates comprising four tauopathies. This clustered cases by neuropathological syndrome, revealed the role of amino acids in protofilament folds, and allowed strain discrimination based on amino acid requirements for prion replication.
履歴
登録2024年9月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月8日-
マップ公開2025年1月8日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46870.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 340 pix.
= 282.2 Å		0.83 Å/pix.
x 340 pix.
= 282.2 Å		0.83 Å/pix.
x 340 pix.
= 282.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.011
最小 - 最大-0.020555614 - 0.04304163
平均 (標準偏差)0.0002894754 (±0.0021950607)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 282.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46870_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_46870_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46870_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46870_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Truncated tau 297-391

全体名称: Truncated tau 297-391
要素
  • 複合体: Truncated tau 297-391

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超分子 #1: Truncated tau 297-391

超分子名称: Truncated tau 297-391 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 10mM Phosphate Buffer 10mM DTT 200mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 4.5 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.375 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 179.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40664
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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