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- EMDB-46867: The ternary complex of DDB1, DDA1, DET1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46867
タイトルThe ternary complex of DDB1, DDA1, DET1
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: DDB1:DDA1:DET1
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DET1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: DET1- and DDB1-associated protein 1
キーワードE3 ubiquitin ligase system / complex / degradation / cul4-ring / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cullin-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex ...cullin-RING ubiquitin ligase complex / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / cullin family protein binding / viral release from host cell / ectopic germ cell programmed cell death / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / regulation of circadian rhythm / DNA Damage Recognition in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / rhythmic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / site of double-strand break / Neddylation / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA repair / apoptotic process / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
De-etiolated protein 1, Det1 / De-etiolated protein 1 Det1 / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / Det1 complexing ubiquitin ligase / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region ...De-etiolated protein 1, Det1 / De-etiolated protein 1 Det1 / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / Det1 complexing ubiquitin ligase / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA damage-binding protein 1 / DET1 homolog / DET1- and DDB1-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Schubert AF / Kschonsak M / Harris SF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Impairment of DET1 causes neurological defects and lethality in mice and humans.
著者: Ozge Karayel / Allison Soung / Hem Gurung / Alexander F Schubert / Susan Klaeger / Marc Kschonsak / Aljazi Al-Maraghi / Ajaz A Bhat / Ammira S Alshabeeb Akil / Debra L Dugger / Joshua D ...著者: Ozge Karayel / Allison Soung / Hem Gurung / Alexander F Schubert / Susan Klaeger / Marc Kschonsak / Aljazi Al-Maraghi / Ajaz A Bhat / Ammira S Alshabeeb Akil / Debra L Dugger / Joshua D Webster / Dorothy M French / Dhullipala Anand / Naharmal Soni / Khalid A Fakhro / Christopher M Rose / Seth F Harris / Ada Ndoja / Kim Newton / Vishva M Dixit /
要旨: COP1 and DET1 are components of an E3 ubiquitin ligase that is conserved from plants to humans. Mammalian COP1 binds to DET1 and is a substrate adaptor for the CUL4A-DDB1-RBX1 RING E3 ligase. ...COP1 and DET1 are components of an E3 ubiquitin ligase that is conserved from plants to humans. Mammalian COP1 binds to DET1 and is a substrate adaptor for the CUL4A-DDB1-RBX1 RING E3 ligase. Transcription factor substrates, including c-Jun, ETV4, and ETV5, are targeted for proteasomal degradation to effect rapid transcriptional changes in response to cues such as growth factor deprivation. Here, we link a homozygous mutation to lethal developmental abnormalities in humans. Experimental cryo-electron microscopy of the DET1 complex with DDB1 and DDA1, as well as co-immunoprecipitation experiments, revealed that DET1 impairs binding to DDB1, thereby compromising E3 ligase function. Accordingly, human-induced pluripotent stem cells homozygous for expressed ETV4 and ETV5 highly, and exhibited defective mitochondrial homeostasis and aberrant caspase-dependent cell death when differentiated into neurons. Neuronal cell death was increased further in the presence of -deficient microglia as compared to WT microglia, indicating that the deleterious effects of the p.R26W mutation may stem from the dysregulation of multiple cell types. Mice lacking died during embryogenesis, while deletion just in neural stem cells elicited hydrocephalus, cerebellar dysplasia, and neonatal lethality. Our findings highlight an important role for DET1 in the neurological development of mice and humans.
履歴
登録2024年9月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46867.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 395.52 Å		0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 395.52 Å		0.82 Å/pix.
x 480 pix.
= 395.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.1518419 - 0.2861895
平均 (標準偏差)-0.000063666645 (±0.0056726653)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 395.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46867_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_46867_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_46867_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DDB1:DDA1:DET1

全体名称: DDB1:DDA1:DET1
要素
  • 複合体: DDB1:DDA1:DET1
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DET1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: DET1- and DDB1-associated protein 1

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超分子 #1: DDB1:DDA1:DET1

超分子名称: DDB1:DDA1:DET1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Ternary complex of DDB1, DDA1, and DET1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 205 KDa

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分子 #1: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 129.054492 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHG ENLYFQSYNY VVTAQKPTAV NGCVTGHFTS AEDLNLLIAK NTRLEIYVVT AEGLRPVKEV GMYGKIAVME LFRPKGESK DLLFILTAKY NACILEYKQS GESIDIITRA HGNVQDRIGR PSETGIIGII DPECRMIGLR LYDGLFKVIP L DRDNKELK ...文字列:
MHHHHHHHHG ENLYFQSYNY VVTAQKPTAV NGCVTGHFTS AEDLNLLIAK NTRLEIYVVT AEGLRPVKEV GMYGKIAVME LFRPKGESK DLLFILTAKY NACILEYKQS GESIDIITRA HGNVQDRIGR PSETGIIGII DPECRMIGLR LYDGLFKVIP L DRDNKELK AFNIRLEELH VIDVKFLYGC QAPTICFVYQ DPQGRHVKTY EVSLREKEFN KGPWKQENVE AEASMVIAVP EP FGGAIII GQESITYHNG DKYLAIAPPI IKQSTIVCHN RVDPNGSRYL LGDMEGRLFM LLLEKEEQMD GTVTLKDLRV ELL GETSIA ECLTYLDNGV VFVGSRLGDS QLVKLNVDSN EQGSYVVAME TFTNLGPIVD MCVVDLERQG QGQLVTCSGA FKEG SLRII RNGIGIHEHA SIDLPGIKGL WPLRSDPNRE TDDTLVLSFV GQTRVLMLNG EEVEETELMG FVDDQQTFFC GNVAH QQLI QITSASVRLV SQEPKALVSE WKEPQAKNIS VASCNSSQVV VAVGRALYYL QIHPQELRQI SHTEMEHEVA CLDITP LGD SNGLSPLCAI GLWTDISARI LKLPSFELLH KEMLGGEIIP RSILMTTFES SHYLLCALGD GALFYFGLNI ETGLLSD RK KVTLGTQPTV LRTFRSLSTT NVFACSDRPT VIYSSNHKLV FSNVNLKEVN YMCPLNSDGY PDSLALANNS TLTIGTID E IQKLHIRTVP LYESPRKICY QEVSQCFGVL SSRIEVQDTS GGTTALRPSA STQALSSSVS SSKLFSSSTA PHETSFGEE VEVHNLLIID QHTFEVLHAH QFLQNEYALS LVSCKLGKDP NTYFIVGTAM VYPEEAEPKQ GRIVVFQYSD GKLQTVAEKE VKGAVYSMV EFNGKLLASI NSTVRLYEWT TEKELRTECN HYNNIMALYL KTKGDFILVG DLMRSVLLLA YKPMEGNFEE I ARDFNPNW MSAVEILDDD NFLGAENAFN LFVCQKDSAA TTDEERQHLQ EVGLFHLGEF VNVFCHGSLV MQNLGETSTP TQ GSVLFGT VNGMIGLVTS LSESWYNLLL DMQNRLNKVI KSVGKIEHSF WRSFHTERKT EPATGFIDGD LIESFLDISR PKM QEVVAN LQYDDGSGMK REATADDLIK VVEELTRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

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分子 #2: DET1 homolog

分子名称: DET1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 64.749027 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDYKDDDDKG ENLYFQGSRI QNQNVIHRLE RRRISSGKAG THWHQVRVFH QNVFPNFTVV NVEKPPCFLR KFSPDGRYFI AFSSDQTSL EIYEYQGCQA AEDLLQGYEG EILSNGNDQR SVNIRGRLFE RFFVLLHITN VAANGEHLNR ECSLFTDDCR C VIVGSAAY ...文字列:
MDYKDDDDKG ENLYFQGSRI QNQNVIHRLE RRRISSGKAG THWHQVRVFH QNVFPNFTVV NVEKPPCFLR KFSPDGRYFI AFSSDQTSL EIYEYQGCQA AEDLLQGYEG EILSNGNDQR SVNIRGRLFE RFFVLLHITN VAANGEHLNR ECSLFTDDCR C VIVGSAAY LPDEPHPPFF EVYRNSESVT PNPRSPLEDY SLHIIDLHTG RLCDTRTFKC DKVVLSHNQG LYLYKNILAI LS VQQQTIH VFQVTPEGTF IDVRTIGRFC YEDDLLTVSA VFPEVQRDSQ TGMANPFRDP FINSLKHRLL VYLWRRAEQD GSA MAKRRF FQYFDQLRQL RMWKMQLLDE NHLFIKYTSE DVVTLRVTDP SQASFFVVYN MVTTEVIAVF ENTSDELLEL FENF CDLFR NATLHSEVQF PCSASSNNFA RQIQRRFKDT IINAKYGGHT EAVRRLLGQL PISAQSYSGS PYLDLSLFSY DDKWV SVME RPKTCGDHPI RFYARDSGLL KFEIQAGLLG RPINHTVRRL VAFTFHPFEP FAISVQRTNA EYVVNFHMRH CCT

UniProtKB: DET1 homolog

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分子 #3: DET1- and DDB1-associated protein 1

分子名称: DET1- and DDB1-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.855297 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MADFLKGLPV YNKSNFSRFH ADSVCKASNR RPSVYLPTRE YPSEQIIVTE KTNILLRYLH QQWDKKNAAK KRDQEQVELE GESSAPPRK VARTDSPDMH EDT

UniProtKB: DET1- and DDB1-associated protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClSodium Chloride
25.0 mMHEPES
1.0 mMtris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1805888
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 49212
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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