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- EMDB-46826: Focused region on azoRhuA-bCDRhuA co-assembled nanotubes -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46826
タイトルFocused region on azoRhuA-bCDRhuA co-assembled nanotubes
マップデータ
試料
  • 複合体: Helical assembly of azobenzene and beta-cyclodextrin modified RhuA
    • タンパク質・ペプチド: Rhamnulose-1-phosphate aldolase
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 1-[4-(2-phenylhydrazin-1-yl)phenyl]pyrrolidine-2,5-dione
キーワードAssembly / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


rhamnulose-1-phosphate aldolase / rhamnulose-1-phosphate aldolase activity / rhamnose catabolic process / pentose catabolic process / aldehyde-lyase activity / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rhamnulose-1-phosphate aldolase / : / Class II aldolase/adducin N-terminal / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II Aldolase and Adducin N-terminal domain / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Rhamnulose-1-phosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Zhang Z / Sonani RR / Wang F / Egelman EH / Tezcan FA
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Chem / 年: 2025
タイトル: Design of light- and chemically responsive protein assemblies through host-guest interactions.
著者: Zhiyin Zhang / Huat T Chiang / Ying Xia / Nicole Avakyan / Ravi R Sonani / Fengbin Wang / Edward H Egelman / James J De Yoreo / Lilo D Pozzo / F Akif Tezcan /
要旨: Host-guest interactions have been widely used to build responsive materials and molecular machines owing to their inherently dynamic nature, interaction specificity, and responsiveness to diverse ...Host-guest interactions have been widely used to build responsive materials and molecular machines owing to their inherently dynamic nature, interaction specificity, and responsiveness to diverse stimuli. Here we have set out to exploit these advantages of host-guest chemistry in the design of dynamic protein assemblies, using a symmetric protein, RhuA, as a building block. We show that RhuA variant individually modified with β-cyclodextrin (βCD) (host) or azobenzene (guest) functionalities can specifically pair with each other to form highly ordered 1- and 2-D assemblies. Association and dissociation RhuA-RhuA assemblies can be controlled by UV and visible light as well as by small-molecule modulators of βCD-azobenzene interactions. Kinetics analyses reveal that RhuA-RhuA nanotubes assemble without a nucleation barrier, a highly unusual occurrence for helical supramolecular systems. Taken together, our findings provide a compelling example for achieving complex structural and dynamic outcomes in protein assembly through simple chemical design.
履歴
登録2024年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46826.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46826.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 330.24 Å		0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 330.24 Å		0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 330.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.3709447 - 2.2194786
平均 (標準偏差)0.008683947 (±0.072585665)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 330.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: local filtered volume map

ファイルemd_46826_additional_1.map
注釈local filtered volume map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: EMready processed volume map

ファイルemd_46826_additional_2.map
注釈EMready processed volume map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46826_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46826_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helical assembly of azobenzene and beta-cyclodextrin modified RhuA

全体名称: Helical assembly of azobenzene and beta-cyclodextrin modified RhuA
要素
  • 複合体: Helical assembly of azobenzene and beta-cyclodextrin modified RhuA
    • タンパク質・ペプチド: Rhamnulose-1-phosphate aldolase
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: 1-[4-(2-phenylhydrazin-1-yl)phenyl]pyrrolidine-2,5-dione

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超分子 #1: Helical assembly of azobenzene and beta-cyclodextrin modified RhuA

超分子名称: Helical assembly of azobenzene and beta-cyclodextrin modified RhuA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Rhamnulose-1-phosphate aldolase

分子名称: Rhamnulose-1-phosphate aldolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO / EC番号: rhamnulose-1-phosphate aldolase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 30.088361 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQNITQSWFV QGMIKATTDA WLKGWDERNG GNLTLRLDDA DIAPYHDNFH QQPRYIPLSQ PMPLLANTPF IVTGSGKFFR NVQLDPAAN LGIVKVDSCG AGYHILWGLT NEAVPTSELP AHFLSHSERI KATNGKDRVI MHCHATNLIA LTYVLENDTA V FTRQLWEG ...文字列:
MQNITQSWFV QGMIKATTDA WLKGWDERNG GNLTLRLDDA DIAPYHDNFH QQPRYIPLSQ PMPLLANTPF IVTGSGKFFR NVQLDPAAN LGIVKVDSCG AGYHILWGLT NEAVPTSELP AHFLSHSERI KATNGKDRVI MHCHATNLIA LTYVLENDTA V FTRQLWEG STECLVVFPD GVGILPWMVP GTDAIGQATA QEMQKHSLVL WPFHGVFGSG PTLDETFGLI DTAEKSAQVL VK VYSMGGM KQTISREELI ALGKRFGVTP LASALAL

UniProtKB: Rhamnulose-1-phosphate aldolase

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 16 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #4: 1-[4-(2-phenylhydrazin-1-yl)phenyl]pyrrolidine-2,5-dione

分子名称: 1-[4-(2-phenylhydrazin-1-yl)phenyl]pyrrolidine-2,5-dione
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: A1A4G
分子量理論値: 281.309 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1gt7

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 440307
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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