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万見
- EMDB-46757: Cryo-electron tomography of amorphous alpha-synuclein aggregates ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46757
タイトルCryo-electron tomography of amorphous alpha-synuclein aggregates with embedded membranes and a lipid droplet
マップデータAmorphous alpha-synuclein aggregate with embedded membranes, including a lipid droplet.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Cell lysate from 3k M17D neuroblastoma cell line
キーワードintrinsic disorder / aggregate / amorphous / phase separation / neurodegeneration / membrane binding / neurotransmitter regulation / EXOCYTOSIS
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Jaber N / Dai W
資金援助 米国, フランス, 2件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-2046180 米国
Human Frontier Science Program (HFSP)LT001044/2017 フランス
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Increased burden of rare risk variants across gene expression networks predisposes to sporadic Parkinson's disease.
著者: Elena Eubanks / Katelyn VanderSleen / Jiya Mody / Neha Patel / Benjamin Sacks / Mahsa Darestani Farahani / Jinying Wang / Jordan Elliott / Nora Jaber / Fulya Akçimen / Sara Bandres-Ciga / ...著者: Elena Eubanks / Katelyn VanderSleen / Jiya Mody / Neha Patel / Benjamin Sacks / Mahsa Darestani Farahani / Jinying Wang / Jordan Elliott / Nora Jaber / Fulya Akçimen / Sara Bandres-Ciga / Fadel Helweh / Jun Liu / Sanjana Archakam / Robert Kimelman / Bineet Sharma / Philip Socha / Ananya Guntur / Yiming Huang / Nagendran Ramalingam / Elyse Guadagno / Tim Bartels / Ulf Dettmer / M Maral Mouradian / Amir Houshang Bahrami / Wei Dai / Jean Baum / Zheng Shi / John Hardy / Eleanna Kara /
要旨: Alpha-synuclein (αSyn) is an intrinsically disordered protein that accumulates in the brains of patients with Parkinson's disease (PD). Through a high-throughput screen, we recently identified 38 ...Alpha-synuclein (αSyn) is an intrinsically disordered protein that accumulates in the brains of patients with Parkinson's disease (PD). Through a high-throughput screen, we recently identified 38 genes whose knockdown modulates αSyn propagation. Here, we show that, among those, TAX1BP1 regulates how αSyn interacts with lipids, and ADAMTS19 modulates how αSyn phase separates into inclusions, adding to the growing body of evidence implicating those processes in PD. Through RNA sequencing, we identify several genes that are differentially expressed after knockdown of TAX1BP1 or ADAMTS19 and carry an increased frequency of rare risk variants in patients with PD versus healthy controls. Those differentially expressed genes cluster within modules in regions of the brain that develop high degrees of αSyn pathology. We propose a model for the genetic architecture of sporadic PD: increased burden of risk variants across genetic networks dysregulates pathways underlying αSyn homeostasis and leads to pathology and neurodegeneration.
履歴
登録2024年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46757.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46757.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Amorphous alpha-synuclein aggregate with embedded membranes, including a lipid droplet.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
17.2 Å/pix.
x 151 pix.
= 2597.2 Å		17.2 Å/pix.
x 959 pix.
= 16494.801 Å		17.2 Å/pix.
x 927 pix.
= 15944.4 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大0.0 - 1.0
平均 (標準偏差)0.49734125 (±0.28606188)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin16-1684
サイズ959927151
Spacing927959151
セルA: 15944.4 Å / B: 16494.8 Å / C: 2597.2002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cell lysate from 3k M17D neuroblastoma cell line

全体名称: Cell lysate from 3k M17D neuroblastoma cell line
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Cell lysate from 3k M17D neuroblastoma cell line

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超分子 #1: Cell lysate from 3k M17D neuroblastoma cell line

超分子名称: Cell lysate from 3k M17D neuroblastoma cell line / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-BaseTris-Base
10.0 mMNaClsodium chloride
3.0 mMMgCl2magnesium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blot time: 6 seconds.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 6 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 41 / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41
CTF補正タイプ: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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