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万見
- EMDB-46741: AAV8 in complex with the AAVX affinity ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46741
タイトルAAV8 in complex with the AAVX affinity ligand
マップデータ
試料
  • 複合体: AAV8 capsid in complex with AAVX
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: AAVX affinity ligand
キーワードParvoviridae / AAV vector / capsid / Adeno-associated virus / VIRUS / AAVX
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / nucleotide binding / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種adeno-associated virus 8 (アデノ随伴ウイルス) / Camelidae (哺乳類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Mietzsch M / McKenna R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: Mol Ther Methods Clin Dev / 年: 2024
タイトル: Structural characterization and epitope mapping of the AAVX affinity purification ligand.
著者: Mario Mietzsch / Manasi Kamat / Kari Basso / Paul Chipman / Juha T Huiskonen / Robert McKenna /
要旨: The application of adeno-associated virus (AAV) vectors in human gene therapies requires reproducible and homogeneous preparations for clinical efficacy and safety. For the AAV production process, ...The application of adeno-associated virus (AAV) vectors in human gene therapies requires reproducible and homogeneous preparations for clinical efficacy and safety. For the AAV production process, often scalable affinity chromatography columns are utilized, such as the POROS CaptureSelect AAVX affinity resin, during downstream processing to ensure highly purified AAV vectors. The AAVX ligand is based on a camelid single-domain antibody capturing a wide range of recombinant AAV capsids. Described here is the identification of the AAV8 capsid epitope to AAVX at 2.3 Å resolution using cryo-electron microscopy. The ligand binds near the 5-fold axis of the capsid in a similar manner to the previously characterized AVB affinity ligand but does not conform to the capsid's icosahedral symmetry. The cross-reactivity of AAVX to other AAV capsids is achieved by primarily interacting with the peptide backbone of the AAV capsid's structurally conserved DE and HI loops. These observations will guide AAV capsid engineering efforts to retain the ability of future recombinant capsid designs to be purified using antibody-based affinity ligands.
履歴
登録2024年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年1月1日-
現状2025年1月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 420. Å		0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 420. Å		0.84 Å/pix.
x 500 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.4
最小 - 最大-8.408751000000001 - 17.458186999999999
平均 (標準偏差)-0.000000003857333 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-250-250-250
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 420.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46741_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46741_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AAV8 capsid in complex with AAVX

全体名称: AAV8 capsid in complex with AAVX
要素
  • 複合体: AAV8 capsid in complex with AAVX
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: AAVX affinity ligand

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超分子 #1: AAV8 capsid in complex with AAVX

超分子名称: AAV8 capsid in complex with AAVX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: adeno-associated virus 8 (アデノ随伴ウイルス)

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: adeno-associated virus 8 (アデノ随伴ウイルス)
分子量理論値: 59.943891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAGGGAPMA DNNEGADGVG SSSGNWHCDS TWLGDRVITT STRTWALPTY NNHLYKQISN GTSGGATNDN TYFGYSTPWG YFDFNRFHC HFSPRDWQRL INNNWGFRPK RLSFKLFNIQ VKEVTQNEGT KTIANNLTST IQVFTDSEYQ LPYVLGSAHQ G CLPPFPAD ...文字列:
MAAGGGAPMA DNNEGADGVG SSSGNWHCDS TWLGDRVITT STRTWALPTY NNHLYKQISN GTSGGATNDN TYFGYSTPWG YFDFNRFHC HFSPRDWQRL INNNWGFRPK RLSFKLFNIQ VKEVTQNEGT KTIANNLTST IQVFTDSEYQ LPYVLGSAHQ G CLPPFPAD VFMIPQYGYL TLNNGSQAVG RSSFYCLEYF PSQMLRTGNN FQFTYTFEDV PFHSSYAHSQ SLDRLMNPLI DQ YLYYLSR TQTTGGTANT QTLGFSQGGP NTMANQAKNW LPGPCYRQQR VSTTTGQNNN SNFAWTAGTK YHLNGRNSLA NPG IAMATH KDDEERFFPS NGILIFGKQN AARDNADYSD VMLTSEEEIK TTNPVATEEY GIVADNLQQQ NTAPQIGTVN SQGA LPGMV WQNRDVYLQG PIWAKIPHTD GNFHPSPLMG GFGLKHPPPQ ILIKNTPVPA DPPTTFNQSK LNSFITQYST GQVSV EIEW ELQKENSKRW NPEIQYTSNY YKSTSVDFAV NTEGVYSEPR PIGTRYLTRN L

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: AAVX affinity ligand

分子名称: AAVX affinity ligand / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Camelidae (哺乳類)
分子量理論値: 13.630024 KDa
組換発現生物種: unidentified (未定義)
配列文字列:
QVQIQESGGG IVQAGGSLRL SCAASGRTHG MYAMGWFRQA PGKEREFVAV QDITASNTHY SSAVKGRFTL SRDNAKNTAY LQMNNLKPE DTAVYYCAAG PTLMSGSYNS ARDYDYWGQG TQVTVSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 92713
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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