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万見
- EMDB-46739: Molecular basis of pathogenicity of the recently emerged FCoV-23 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46739
タイトルMolecular basis of pathogenicity of the recently emerged FCoV-23 coronavirus. FCoV-23 S long with Do in mixed conformations (global refinement).
マップデータmain map
試料
  • 複合体: FCoV-23 S long with Do in mixed conformations (global refinement)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID
  • リガンド: water
キーワードCoronavirus / alphacoronavirus / feline coronavirus / cryo-EM / neutralization assays / binding assays / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN
生物種Feline coronavirus (ネココロナウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tortorici MA / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158186 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Loss of FCoV-23 spike domain 0 enhances fusogenicity and entry kinetics
著者: Tortorci MA / Choi A / Gibson CA / Lee J / Brown JT / Stewart C / Joshi A / Harari S / Willoughby I / Treichel C / Leaf EM / Bloom JD / King NP / Tait-Burkard C / Whittaker GR / Veesler D
履歴
登録2024年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46739.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46739.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 512 pix.
= 515.891 Å		1.01 Å/pix.
x 512 pix.
= 515.891 Å		1.01 Å/pix.
x 512 pix.
= 515.891 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0076 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.331
最小 - 最大-2.0317447 - 3.8140914
平均 (標準偏差)-0.00016133986 (±0.062489923)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 515.8912 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_46739_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_46739_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_46739_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FCoV-23 S long with Do in mixed conformations (global refinement)

全体名称: FCoV-23 S long with Do in mixed conformations (global refinement)
要素
  • 複合体: FCoV-23 S long with Do in mixed conformations (global refinement)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID
  • リガンド: water

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超分子 #1: FCoV-23 S long with Do in mixed conformations (global refinement)

超分子名称: FCoV-23 S long with Do in mixed conformations (global refinement)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Feline coronavirus (ネココロナウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: S long with Do in mixed conformations / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Feline coronavirus (ネココロナウイルス) / 株: FCoV-23
分子量理論値: 162.599625 KDa
組換発現生物種: Mammalia (両生類)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTIKPNNDCR QVNVTQLDGN ENLIRDFLFQ NFKEEGTVVV GGYYPTEVWY NCSKTLTTT AYAYFNNIHA FYFDMEAMEN STGNARGKPL LFHVHGEPVS VIIYISAYGD DVQHRPLLKH GLVCITKTRN V DYNSFTSS ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GTIKPNNDCR QVNVTQLDGN ENLIRDFLFQ NFKEEGTVVV GGYYPTEVWY NCSKTLTTT AYAYFNNIHA FYFDMEAMEN STGNARGKPL LFHVHGEPVS VIIYISAYGD DVQHRPLLKH GLVCITKTRN V DYNSFTSS QWNSICTGND RKVPFSVIPT DNGTKIYGLE WNDELVTAYI SGRSYNWNIN NNWFNNVTLM YSRSSTATWL HS AAYVYQG VSNFTYYKLN NTNGLKTYEF CEDYEYCTGY ATNVFAPTVG GYIPDGFSFN NWFLLTNDST FVSGRFVTNQ PLL VNCLWP VPSFGVAAQE FCFEGAQFSQ CNGVSLNNTV DVIRFNLNFT ADVQSGMGAT VFSLNTTGGV ILEISCYNDT VRES SFYSY GEIPFGITDG PKYCYVLYNG TALKYLGTLP PSVKEIAISK WGHFYINGYN FFSTFPIDCI SFNLTTSTSG AFWTI AYTS YTEALVQVEN TAIKKVTYCN SHINNIKCSQ LTANLQNGFY PVASSEVGLV NKSVVLLPSF YSHTSVNITI DLGMKL SGY GQPIASALSN ITLPMQDNNT DVYCIRSNQF SVYVHSTCKS SLWDNVFNSD CTDVLHATAV IKTGTCPFSF DKLNNYL TF NKFCLSLHPV GANCKFDVAA RTRTNEQVVR SLYVIYEEGD NIAGVPSDNS GLHDLSVLHL DSCTDYNIYG KTGIGIIR Q TNSTLLSGLY YTSLSGDLLG FKNVTDGVVY SVTPCDVSAQ AAVIDGTIVG AMTSINSELL GLTHWTTTPN FYYYSIYNY TNERTRGTAI DSNDVDCEPI ITYSNIGVCK NGALVFINVT HSDGDVQPIS TGNVTIPTNF TISVQVEYIQ VYTTPVSIDC SRYVCNGNP RCNKLLTQYV SACQTIEQAL AMGARLENME VDSMLFVSEN ALKLASVEAF NSTEHLDPIY KEWPNIGGSW L GGLKDILP SHNSKRKYRS AIEDLLFDKV VTSGLGTVDE DYKRCTGGYD IADLVCAQYY NGIMVLPGVA NDDKMTMYTA SL AGGITLG ALGGGAVAIP FAVAVQARLN YVALQTDVLN KNQQILANAF NQAIGNITQA FGKVNDAIHQ TSKGLATVAK ALA KVQDVV NTQGQALSHL TVQLQNNFQA ISSSISDIYN RLDPPSADAQ VDRLITGRLT ALNAFVSQTL TRQAEVRASR QLAK DKVNE CVRSQSQRFG FCGNGTHLFS LANAAPNGMI FFHTVLLPTA YETVTAWSGI CASDGDHTFG LVVKDVQLTL FRNLD DKFY LTPRTMYQPR VATISDFVQI EGCDVLFVNA TVIELPGIIP DYIDINQTVQ DILENYRPNW TVPELTLDIF NSTYLN LTG EINDLEFRSE KLHNTTVELA VLIDNINNTL VNLEWLNRIE TYVKSGGYIP EAPRDGQAYV RKDGEWVLLS TFLVPRG SG GSGGSGLNDI FEAQKIEWHE GGSHHHHHHH H

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 40 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #6: PALMITOLEIC ACID

分子名称: PALMITOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: PAM
分子量理論値: 254.408 Da
Chemical component information

ChemComp-PAM:
PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 76 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7usb

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 213214
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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