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万見
- EMDB-46726: Body 2 from multibody refinement of the single-stranded TERRAmut ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46726
タイトルBody 2 from multibody refinement of the single-stranded TERRAmut RNA-bound PRC2 dimer
マップデータBody 2 from multibody refinement of the single-stranded TERRAmut RNA-bound PRC2 dimer
試料
  • 複合体: Single-stranded RNA-mediated dimer of polycomb repressive complex 2
    • タンパク質・ペプチド: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb protein SUZ12
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb protein EED
    • タンパク質・ペプチド: Histone-binding protein RBBP4
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger protein AEBP2
    • タンパク質・ペプチド: Protein Jumonji JARID2
キーワードPRC2 / RNA / RNP complex / chromatin modifier / GENE REGULATION
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Jiarui JS / Vignesh VK
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00GM132544 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Diverse RNA Structures Induce PRC2 Dimerization and Inhibit Histone Methyltransferase Activity.
著者: Jiarui Song / Liqi Yao / Anne R Gooding / Valentin Thron / Vignesh Kasinath / Thomas R Cech
要旨: Methyltransferase PRC2 (Polycomb Repressive Complex 2) introduces histone H3K27 trimethylation, a repressive chromatin mark, to tune the differential expression of genes. PRC2 is precisely regulated ...Methyltransferase PRC2 (Polycomb Repressive Complex 2) introduces histone H3K27 trimethylation, a repressive chromatin mark, to tune the differential expression of genes. PRC2 is precisely regulated by accessory proteins, histone post-translational modifications and, notably, RNA. Research on PRC2-associated RNA has mostly focused on the tight-binding G-quadruplex (G4) RNAs, which inhibit PRC2 enzymatic activity in vitro and in cells. Our recent cryo-EM structure provided a molecular mechanism for G4 RNA inactivating PRC2 via dimerization, but it remained unclear how diverse RNAs associate with and regulate PRC2. Here, we show that a single-stranded G-rich RNA and an atypical G4 structure called pUG-fold unexpectedly also mediate near-identical PRC2 dimerization resulting in inhibition of PRC2 methyltransferase activity. The conformational flexibility of arginine-rich loops within subunits EZH2 and AEBP2 of PRC2 can accommodate diverse RNA secondary structures, resulting in protein-RNA and protein-protein interfaces similar to those observed previously with G4 RNA. Furthermore, we address a recent report that failed to detect PRC2-associated RNAs in living cells by demonstrating the insensitivity of PRC2-RNA interaction to photochemical crosslinking. Our results support the significance of RNA-mediated PRC2 regulation by showing that this interaction is not limited to a single RNA secondary structure, consistent with the broad PRC2 transcriptome containing many G-tract RNAs incapable of folding into G4 structures.
履歴
登録2024年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年3月12日-
現状2025年3月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46726.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46726.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Body 2 from multibody refinement of the single-stranded TERRAmut RNA-bound PRC2 dimer
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 320 pix.
= 310.4 Å		0.97 Å/pix.
x 320 pix.
= 310.4 Å		0.97 Å/pix.
x 320 pix.
= 310.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0054
最小 - 最大-0.015954556 - 0.05090538
平均 (標準偏差)0.00008343458 (±0.0011684281)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 310.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46726_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_46726_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_46726_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Single-stranded RNA-mediated dimer of polycomb repressive complex 2

全体名称: Single-stranded RNA-mediated dimer of polycomb repressive complex 2
要素
  • 複合体: Single-stranded RNA-mediated dimer of polycomb repressive complex 2
    • タンパク質・ペプチド: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb protein SUZ12
    • タンパク質・ペプチド: Polycomb protein EED
    • タンパク質・ペプチド: Histone-binding protein RBBP4
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger protein AEBP2
    • タンパク質・ペプチド: Protein Jumonji JARID2

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超分子 #1: Single-stranded RNA-mediated dimer of polycomb repressive complex 2

超分子名称: Single-stranded RNA-mediated dimer of polycomb repressive complex 2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2

分子名称: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GQTGKKSEKG PVCWRKRVKS EYMRLRQLKR FRRADEVKSM FSSNRQKILE RTEILNQEWK QRRIQPVHIL TSVSSLRGTR ECSVTSDLDF PTQVIPLKTL NAVASVPIMY SWSPLQQNFM VEDETVLHNI PYMGDEVLDQ DGTFIEELIK NYDGKVHGDR ECGFINDEIF ...文字列:
GQTGKKSEKG PVCWRKRVKS EYMRLRQLKR FRRADEVKSM FSSNRQKILE RTEILNQEWK QRRIQPVHIL TSVSSLRGTR ECSVTSDLDF PTQVIPLKTL NAVASVPIMY SWSPLQQNFM VEDETVLHNI PYMGDEVLDQ DGTFIEELIK NYDGKVHGDR ECGFINDEIF VELVNALGQY NDDDDDDDGD DPEEREEKQK DLEDHRDDKE SRPPRKFPSD KIFEAISSMF PDKGTAEELK EKYKELTEQQ LPGALPPECT PNIDGPNAKS VQREQSLHSF HTLFCRRCFK YDCFLHRKCN YSFHATPNTY KRKNTETALD NKPCGPQCYQ HLEGAKEFAA ALTAERIKTP PKRPGGRRRG RLPNNSSRPS TPTINVLESK DTDSDREAGT ETGGENNDKE EEEKKDETSS SSEANSRCQT PIKMKPNIEP PENVEWSGAE ASMFRVLIGT YYDNFCAIAR LIGTKTCRQV YEFRVKESSI IAPAPAEDVD TPPRKKKRKH RLWAAHCRKI QLKKDGSSNH VYNYQPCDHP RQPCDSSCPC VIAQNFCEKF CQCSSECQNR FPGCRCKAQC NTKQCPCYLA VRECDPDLCL TCGAADHWDS KNVSCKNCSI QRGSKKHLLL APSDVAGWGI FIKDPVQKNE FISEYCGEII SQDEADRRGK VYDKYMCSFL FNLNNDFVVD ATRKGNKIRF ANHSVNPNCY AKVMMVNGDH RIGIFAKRAI QTGEELFFDY RYSQADALKY VGIEREMEIP

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分子 #2: Polycomb protein SUZ12

分子名称: Polycomb protein SUZ12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPQKHGGGG GGFGGSAAVA AATASGGKSG GGSCGGGGSY SASSSSSAAA AAGAAVLPVK KPKMEHVQAD HELFLQAFEK PTQIYRFLRT RNLIAPIFLH RTLTYMSHRN SRTNIKRKTF KVDDMLSKVE KMKGEQESHS LSAHLQLTFT GFFHKNDKPS PNSENEQNSV ...文字列:
MAPQKHGGGG GGFGGSAAVA AATASGGKSG GGSCGGGGSY SASSSSSAAA AAGAAVLPVK KPKMEHVQAD HELFLQAFEK PTQIYRFLRT RNLIAPIFLH RTLTYMSHRN SRTNIKRKTF KVDDMLSKVE KMKGEQESHS LSAHLQLTFT GFFHKNDKPS PNSENEQNSV TLEVLLVKVC HKKRKDVSCP IRQVPTGKKQ VPLNPDLNQT KPGNFPSLAV SSNEFEPSNS HMVKSYSLLF RVTRPGRREF NGMINGETNE NIDVNEELPA RRKRNREDGE KTFVAQMTVF DKNRRLQLLD GEYEVAMQEM EECPISKKRA TWETILDGKR LPPFETFSQG PTLQFTLRWT GETNDKSTAP IAKPLATRNS ESLHQENKPG SVKPTQTIAV KESLTTDLQT RKEKDTPNEN RQKLRIFYQF LYNNNTRQQT EARDDLHCPW CTLNCRKLYS LLKHLKLCHS RFIFNYVYHP KGARIDVSIN ECYDGSYAGN PQDIHRQPGF AFSRNGPVKR TPITHILVCR PKRTKASMSE FLESEDGEVE QQRTYSSGHN RLYFHSDTCL PLRPQEMEVD SEDEKDPEWL REKTITQIEE FSDVNEGEKE VMKLWNLHVM KHGFIADNQM NHACMLFVEN YGQKIIKKNL CRNFMLHLVS MHDFNLISIM SIDKAVTKLR EMQQKLEKGE SASPANEEIT EEQNGTANGF SEINSKEKAL ETDSVSGVSK QSKKQKL

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分子 #3: Polycomb protein EED

分子名称: Polycomb protein EED / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSEREVSTAP AGTDMPAAKK QKLSSDENSN PDLSGDENDD AVSIESGTNT ERPDTPTNTP NAPGRKSWGK GKWKSKKCKY SFKCVNSLKE DHNQPLFGVQ FNWHSKEGDP LVFATVGSNR VTLYECHSQG EIRLLQSYVD ADADENFYTC AWTYDSNTSH PLLAVAGSRG ...文字列:
MSEREVSTAP AGTDMPAAKK QKLSSDENSN PDLSGDENDD AVSIESGTNT ERPDTPTNTP NAPGRKSWGK GKWKSKKCKY SFKCVNSLKE DHNQPLFGVQ FNWHSKEGDP LVFATVGSNR VTLYECHSQG EIRLLQSYVD ADADENFYTC AWTYDSNTSH PLLAVAGSRG IIRIINPITM QCIKHYVGHG NAINELKFHP RDPNLLLSVS KDHALRLWNI QTDTLVAIFG GVEGHRDEVL SADYDLLGEK IMSCGMDHSL KLWRINSKRM MNAIKESYDY NPNKTNRPFI SQKIHFPDFS TRDIHRNYVD CVRWLGDLIL SKSCENAIVC WKPGKMEDDI DKIKPSESNV TILGRFDYSQ CDIWYMRFSM DFWQKMLALG NQVGKLYVWD LEVEDPHKAK CTTLTHHKCG AAIRQTSFSR DSSILIAVCD DASIWRWDRL R

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分子 #4: Histone-binding protein RBBP4

分子名称: Histone-binding protein RBBP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MADKEAAFDD AVEERVINEE YKIWKKNTPF LYDLVMTHAL EWPSLTAQWL PDVTRPEGKD FSIHRLVLGT HTSDEQNHLV IASVQLPNDD AQFDASHYDS EKGEFGGFGS VSGKIEIEIK INHEGEVNRA RYMPQNPCII ATKTPSSDVL VFDYTKHPSK PDPSGECNPD ...文字列:
MADKEAAFDD AVEERVINEE YKIWKKNTPF LYDLVMTHAL EWPSLTAQWL PDVTRPEGKD FSIHRLVLGT HTSDEQNHLV IASVQLPNDD AQFDASHYDS EKGEFGGFGS VSGKIEIEIK INHEGEVNRA RYMPQNPCII ATKTPSSDVL VFDYTKHPSK PDPSGECNPD LRLRGHQKEG YGLSWNPNLS GHLLSASDDH TICLWDISAV PKEGKVVDAK TIFTGHTAVV EDVSWHLLHE SLFGSVADDQ KLMIWDTRSN NTSKPSHSVD AHTAEVNCLS FNPYSEFILA TGSADKTVAL WDLRNLKLKL HSFESHKDEI FQVQWSPHNE TILASSGTDR RLNVWDLSKI GEEQSPEDAE DGPPELLFIH GGHTAKISDF SWNPNEPWVI CSVSEDNIMQ VWQMAENIYN DEDPEGSVDP EGQGS

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分子 #5: Zinc finger protein AEBP2

分子名称: Zinc finger protein AEBP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SSDGEPLSRM DSEDSISSTI MDVDSTISSG RSTPAMMNGQ GSTTSSSKNI AYNCCWDQCQ ACFNSSPDLA DHIRSIHVDG QRGGVFVCLW KGCKVYNTPS TSQSWLQRHM LTHSGDKPFK CVVGGCNASF ASQGGLARHV PTHFSQQNSS KVSSQPKAKE ESPSKAGMNK ...文字列:
SSDGEPLSRM DSEDSISSTI MDVDSTISSG RSTPAMMNGQ GSTTSSSKNI AYNCCWDQCQ ACFNSSPDLA DHIRSIHVDG QRGGVFVCLW KGCKVYNTPS TSQSWLQRHM LTHSGDKPFK CVVGGCNASF ASQGGLARHV PTHFSQQNSS KVSSQPKAKE ESPSKAGMNK RRKLKNKRRR SLPRPHDFFD AQTLDAIRHR AICFNLSAHI ESLGKGHSVV FHSTVIAKRK EDSGKIKLLL HWMPEDILPD VWVNESERHQ LKTKVVHLSK LPKDTALLLD PNIYRTMPQK RLKR

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分子 #6: Protein Jumonji JARID2

分子名称: Protein Jumonji JARID2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: QSQPNSPSTT PVKIVEPLLP PPATQISDLS KRKPKTEDFL TFLCLRGSPA LPNSMVYFGS SQDEEEVEEE DDETEDVKTA TNNASSSCQS TPRKGKTHKH VHNGHVFNGS SRSTREKEPV QKHKSKEATP AKEKHSDHRA DSRREQASAN HPAAAPSTGS SAKGLAATHH ...文字列:
QSQPNSPSTT PVKIVEPLLP PPATQISDLS KRKPKTEDFL TFLCLRGSPA LPNSMVYFGS SQDEEEVEEE DDETEDVKTA TNNASSSCQS TPRKGKTHKH VHNGHVFNGS SRSTREKEPV QKHKSKEATP AKEKHSDHRA DSRREQASAN HPAAAPSTGS SAKGLAATHH HPPLHRSAQD LRKQVSKVNG VTRMSSLGAG VTSAKKMREV RPSPSKTVKY TATVTKGAVT YTKAKRELVK DTKPNHHKPS SAVNHTISGK TESSNAKTRK QVLSLGGASK STGPAVNGLK VSGRLNPKSC TKEVGGRQLR EGLQLREGLR NSKRRLEEAH QA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
詳細: RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation ...詳細: RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation buffer II (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, 0.01%NP-40, and 1mM TCEP).
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA PLUNGER / 詳細: 2-3s of single side blotting.
詳細We used streptavidin-affinity grid preparation method with biotin-labeled RNA at 100 nM concentration. PRC2 was applied in excess at 600 nM.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 14230 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Cryo-EM data was collected using a Titan Krios G3i equipped with a Thermo Fisher Falcon 4 direct-electron detector (DED) camera and Selectris energy filter. Data acquisition was performed ...詳細: Cryo-EM data was collected using a Titan Krios G3i equipped with a Thermo Fisher Falcon 4 direct-electron detector (DED) camera and Selectris energy filter. Data acquisition was performed using Thermo Fisher EPU at 130,000x magnification (0.97 A/pixel) with a defocus range of minus 1.9 to minus 0.5 micrometer. Movies were collected in EER format with a total dose of 50 electrons per square angstrom and an exposure time of 5.49 s corresponding to 1323 frames.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.9000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Gain correction was applied during motion correction using Relion own implementation of the UCSF motioncor2 program.
粒子像選択選択した数: 3385491
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Negative staining model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / 使用した粒子像数: 120658
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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