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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Body 1 from multibody refinement of the single-stranded TERRAmut RNA-bound PRC2 dimer | |||||||||
![]() | Body001 from multibody refinement of the single-stranded TERRAmut RNA-bound PRC2 dimer | |||||||||
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![]() | PRC2 / RNA / RNP complex / chromatin modifier / GENE REGULATION | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Jiarui JS / Vignesh VK | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: RNA-induced PRC2 inhibition depends on the sequence of bound RNA. 著者: Jiarui Song / Liqi Yao / Anne R Gooding / Valentin Thron / Wayne O Hemphill / Karen Goodrich / Vignesh Kasinath / Thomas R Cech 要旨: Methyltransferase PRC2 (Polycomb Repressive Complex 2) deposits histone H3K27 trimethylation to establish and maintain epigenetic gene silencing. PRC2 is precisely regulated by accessory proteins, ...Methyltransferase PRC2 (Polycomb Repressive Complex 2) deposits histone H3K27 trimethylation to establish and maintain epigenetic gene silencing. PRC2 is precisely regulated by accessory proteins, histone post-translational modifications and, particularly, RNA. Research on PRC2-associated RNA has mostly focused on the tight-binding G-quadruplex (G4) RNAs, which inhibit PRC2 enzymatic activity in vitro and in cells, a mechanism explained by our recent cryo-EM structure showing G4 RNA-mediated PRC2 dimerization. However, PRC2 binds a wide variety of RNA sequences, and it remains unclear how diverse RNAs beyond G4 associate with and regulate PRC2. Here, we show that variations in RNA sequence elicit distinct effects on PRC2 function. A single-stranded G-rich RNA and an atypical G4 structure called a pUG-fold mediate PRC2 dimerization nearly identical to that induced by G4 RNA. In contrast, pyrimidine-rich RNAs, including a motif identified by CLIPseq in cells, do not induce PRC2 dimerization and instead bind PRC2 monomers with retention of methyltransferase activity. Only RNAs that dimerize PRC2 compete with nucleosome binding and inhibit PRC2 methyltransferase activity. CRISPR-dCas9 was adapted to localize different RNA elements onto a PRC2-targeted gene, revealing RNA sequence specificity for PRC2 regulation in cells. Thus, PRC2 binds many different RNAs with similar affinity, however, the functional effect on enzymatic activity depends entirely on the sequence of the bound RNA, a conclusion potentially applicable to any RNA- binding protein with a large transcriptome. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 79 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.6 KB 23.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 62.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 71.7 MB 71.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 801.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 801.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Body001 from multibody refinement of the single-stranded TERRAmut RNA-bound PRC2 dimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.97 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_46722_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_46722_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Single-stranded RNA-mediated dimer of polycomb repressive complex 2
全体 | 名称: Single-stranded RNA-mediated dimer of polycomb repressive complex 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Single-stranded RNA-mediated dimer of polycomb repressive complex 2
超分子 | 名称: Single-stranded RNA-mediated dimer of polycomb repressive complex 2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
分子 | 名称: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GQTGKKSEKG PVCWRKRVKS EYMRLRQLKR FRRADEVKSM FSSNRQKILE RTEILNQEWK QRRIQPVHIL TSVSSLRGTR ECSVTSDLDF PTQVIPLKTL NAVASVPIMY SWSPLQQNFM VEDETVLHNI PYMGDEVLDQ DGTFIEELIK NYDGKVHGDR ECGFINDEIF ...文字列: GQTGKKSEKG PVCWRKRVKS EYMRLRQLKR FRRADEVKSM FSSNRQKILE RTEILNQEWK QRRIQPVHIL TSVSSLRGTR ECSVTSDLDF PTQVIPLKTL NAVASVPIMY SWSPLQQNFM VEDETVLHNI PYMGDEVLDQ DGTFIEELIK NYDGKVHGDR ECGFINDEIF VELVNALGQY NDDDDDDDGD DPEEREEKQK DLEDHRDDKE SRPPRKFPSD KIFEAISSMF PDKGTAEELK EKYKELTEQQ LPGALPPECT PNIDGPNAKS VQREQSLHSF HTLFCRRCFK YDCFLHRKCN YSFHATPNTY KRKNTETALD NKPCGPQCYQ HLEGAKEFAA ALTAERIKTP PKRPGGRRRG RLPNNSSRPS TPTINVLESK DTDSDREAGT ETGGENNDKE EEEKKDETSS SSEANSRCQT PIKMKPNIEP PENVEWSGAE ASMFRVLIGT YYDNFCAIAR LIGTKTCRQV YEFRVKESSI IAPAPAEDVD TPPRKKKRKH RLWAAHCRKI QLKKDGSSNH VYNYQPCDHP RQPCDSSCPC VIAQNFCEKF CQCSSECQNR FPGCRCKAQC NTKQCPCYLA VRECDPDLCL TCGAADHWDS KNVSCKNCSI QRGSKKHLLL APSDVAGWGI FIKDPVQKNE FISEYCGEII SQDEADRRGK VYDKYMCSFL FNLNNDFVVD ATRKGNKIRF ANHSVNPNCY AKVMMVNGDH RIGIFAKRAI QTGEELFFDY RYSQADALKY VGIEREMEIP |
-分子 #2: Polycomb protein SUZ12
分子 | 名称: Polycomb protein SUZ12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAPQKHGGGG GGFGGSAAVA AATASGGKSG GGSCGGGGSY SASSSSSAAA AAGAAVLPVK KPKMEHVQAD HELFLQAFEK PTQIYRFLRT RNLIAPIFLH RTLTYMSHRN SRTNIKRKTF KVDDMLSKVE KMKGEQESHS LSAHLQLTFT GFFHKNDKPS PNSENEQNSV ...文字列: MAPQKHGGGG GGFGGSAAVA AATASGGKSG GGSCGGGGSY SASSSSSAAA AAGAAVLPVK KPKMEHVQAD HELFLQAFEK PTQIYRFLRT RNLIAPIFLH RTLTYMSHRN SRTNIKRKTF KVDDMLSKVE KMKGEQESHS LSAHLQLTFT GFFHKNDKPS PNSENEQNSV TLEVLLVKVC HKKRKDVSCP IRQVPTGKKQ VPLNPDLNQT KPGNFPSLAV SSNEFEPSNS HMVKSYSLLF RVTRPGRREF NGMINGETNE NIDVNEELPA RRKRNREDGE KTFVAQMTVF DKNRRLQLLD GEYEVAMQEM EECPISKKRA TWETILDGKR LPPFETFSQG PTLQFTLRWT GETNDKSTAP IAKPLATRNS ESLHQENKPG SVKPTQTIAV KESLTTDLQT RKEKDTPNEN RQKLRIFYQF LYNNNTRQQT EARDDLHCPW CTLNCRKLYS LLKHLKLCHS RFIFNYVYHP KGARIDVSIN ECYDGSYAGN PQDIHRQPGF AFSRNGPVKR TPITHILVCR PKRTKASMSE FLESEDGEVE QQRTYSSGHN RLYFHSDTCL PLRPQEMEVD SEDEKDPEWL REKTITQIEE FSDVNEGEKE VMKLWNLHVM KHGFIADNQM NHACMLFVEN YGQKIIKKNL CRNFMLHLVS MHDFNLISIM SIDKAVTKLR EMQQKLEKGE SASPANEEIT EEQNGTANGF SEINSKEKAL ETDSVSGVSK QSKKQKL |
-分子 #3: Polycomb protein EED
分子 | 名称: Polycomb protein EED / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSEREVSTAP AGTDMPAAKK QKLSSDENSN PDLSGDENDD AVSIESGTNT ERPDTPTNTP NAPGRKSWGK GKWKSKKCKY SFKCVNSLKE DHNQPLFGVQ FNWHSKEGDP LVFATVGSNR VTLYECHSQG EIRLLQSYVD ADADENFYTC AWTYDSNTSH PLLAVAGSRG ...文字列: MSEREVSTAP AGTDMPAAKK QKLSSDENSN PDLSGDENDD AVSIESGTNT ERPDTPTNTP NAPGRKSWGK GKWKSKKCKY SFKCVNSLKE DHNQPLFGVQ FNWHSKEGDP LVFATVGSNR VTLYECHSQG EIRLLQSYVD ADADENFYTC AWTYDSNTSH PLLAVAGSRG IIRIINPITM QCIKHYVGHG NAINELKFHP RDPNLLLSVS KDHALRLWNI QTDTLVAIFG GVEGHRDEVL SADYDLLGEK IMSCGMDHSL KLWRINSKRM MNAIKESYDY NPNKTNRPFI SQKIHFPDFS TRDIHRNYVD CVRWLGDLIL SKSCENAIVC WKPGKMEDDI DKIKPSESNV TILGRFDYSQ CDIWYMRFSM DFWQKMLALG NQVGKLYVWD LEVEDPHKAK CTTLTHHKCG AAIRQTSFSR DSSILIAVCD DASIWRWDRL R |
-分子 #4: Histone-binding protein RBBP4
分子 | 名称: Histone-binding protein RBBP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MADKEAAFDD AVEERVINEE YKIWKKNTPF LYDLVMTHAL EWPSLTAQWL PDVTRPEGKD FSIHRLVLGT HTSDEQNHLV IASVQLPNDD AQFDASHYDS EKGEFGGFGS VSGKIEIEIK INHEGEVNRA RYMPQNPCII ATKTPSSDVL VFDYTKHPSK PDPSGECNPD ...文字列: MADKEAAFDD AVEERVINEE YKIWKKNTPF LYDLVMTHAL EWPSLTAQWL PDVTRPEGKD FSIHRLVLGT HTSDEQNHLV IASVQLPNDD AQFDASHYDS EKGEFGGFGS VSGKIEIEIK INHEGEVNRA RYMPQNPCII ATKTPSSDVL VFDYTKHPSK PDPSGECNPD LRLRGHQKEG YGLSWNPNLS GHLLSASDDH TICLWDISAV PKEGKVVDAK TIFTGHTAVV EDVSWHLLHE SLFGSVADDQ KLMIWDTRSN NTSKPSHSVD AHTAEVNCLS FNPYSEFILA TGSADKTVAL WDLRNLKLKL HSFESHKDEI FQVQWSPHNE TILASSGTDR RLNVWDLSKI GEEQSPEDAE DGPPELLFIH GGHTAKISDF SWNPNEPWVI CSVSEDNIMQ VWQMAENIYN DEDPEGSVDP EGQGS |
-分子 #5: Zinc finger protein AEBP2
分子 | 名称: Zinc finger protein AEBP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SSDGEPLSRM DSEDSISSTI MDVDSTISSG RSTPAMMNGQ GSTTSSSKNI AYNCCWDQCQ ACFNSSPDLA DHIRSIHVDG QRGGVFVCLW KGCKVYNTPS TSQSWLQRHM LTHSGDKPFK CVVGGCNASF ASQGGLARHV PTHFSQQNSS KVSSQPKAKE ESPSKAGMNK ...文字列: SSDGEPLSRM DSEDSISSTI MDVDSTISSG RSTPAMMNGQ GSTTSSSKNI AYNCCWDQCQ ACFNSSPDLA DHIRSIHVDG QRGGVFVCLW KGCKVYNTPS TSQSWLQRHM LTHSGDKPFK CVVGGCNASF ASQGGLARHV PTHFSQQNSS KVSSQPKAKE ESPSKAGMNK RRKLKNKRRR SLPRPHDFFD AQTLDAIRHR AICFNLSAHI ESLGKGHSVV FHSTVIAKRK EDSGKIKLLL HWMPEDILPD VWVNESERHQ LKTKVVHLSK LPKDTALLLD PNIYRTMPQK RLKR |
-分子 #6: Protein Jumonji JARID2
分子 | 名称: Protein Jumonji JARID2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QSQPNSPSTT PVKIVEPLLP PPATQISDLS KRKPKTEDFL TFLCLRGSPA LPNSMVYFGS SQDEEEVEEE DDETEDVKTA TNNASSSCQS TPRKGKTHKH VHNGHVFNGS SRSTREKEPV QKHKSKEATP AKEKHSDHRA DSRREQASAN HPAAAPSTGS SAKGLAATHH ...文字列: QSQPNSPSTT PVKIVEPLLP PPATQISDLS KRKPKTEDFL TFLCLRGSPA LPNSMVYFGS SQDEEEVEEE DDETEDVKTA TNNASSSCQS TPRKGKTHKH VHNGHVFNGS SRSTREKEPV QKHKSKEATP AKEKHSDHRA DSRREQASAN HPAAAPSTGS SAKGLAATHH HPPLHRSAQD LRKQVSKVNG VTRMSSLGAG VTSAKKMREV RPSPSKTVKY TATVTKGAVT YTKAKRELVK DTKPNHHKPS SAVNHTISGK TESSNAKTRK QVLSLGGASK STGPAVNGLK VSGRLNPKSC TKEVGGRQLR EGLQLREGLR NSKRRLEEAH QA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 詳細: RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation ...詳細: RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation buffer II (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, 0.01%NP-40, and 1mM TCEP). |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA PLUNGER / 詳細: 2-3s of single side blotting. |
詳細 | We used streptavidin-affinity grid preparation method with biotin-labeled RNA at 100 nM concentration. PRC2 was applied in excess at 600 nM. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 14230 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 詳細: Cryo-EM data was collected using a Titan Krios G3i equipped with a Thermo Fisher Falcon 4 direct-electron detector (DED) camera and Selectris energy filter. Data acquisition was performed ...詳細: Cryo-EM data was collected using a Titan Krios G3i equipped with a Thermo Fisher Falcon 4 direct-electron detector (DED) camera and Selectris energy filter. Data acquisition was performed using Thermo Fisher EPU at 130,000x magnification (0.97 A/pixel) with a defocus range of minus 1.9 to minus 0.5 micrometer. Movies were collected in EER format with a total dose of 50 electrons per square angstrom and an exposure time of 5.49 s corresponding to 1323 frames. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 130000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 1.9000000000000001 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |