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万見
- EMDB-46715: MERS NTD-specific polyclonal antibodies -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46715
タイトルMERS NTD-specific polyclonal antibodies
マップデータEM map
試料
  • 複合体: MERS spike protein complexed with RBD-depleted polyclonal Fabs from MERS-vaccinated mice sera
キーワードspike / MERS / polyclonal antibody / NTD complex / VIRAL PROTEIN
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Ward AB / Bangaru S
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI110657 米国
引用ジャーナル: iScience / 年: 2025
タイトル: MERS-CoV spike vaccine-induced N-terminal domain-specific antibodies are more protective than receptor binding domain-specific antibodies.
著者: Olubukola M Abiona / Nianshuang Wang / Sarah R Leist / Alexandra Schäfer / Adam S Cockrell / Lingshu Wang / Sandhya Bangaru / Laura Stevens / Rachel L Graham / Jacob F Kocher / Yaroslav ...著者: Olubukola M Abiona / Nianshuang Wang / Sarah R Leist / Alexandra Schäfer / Adam S Cockrell / Lingshu Wang / Sandhya Bangaru / Laura Stevens / Rachel L Graham / Jacob F Kocher / Yaroslav Tsybovsky / Masaru Kanekiyo / Azad Kumar / Kaitlyn M Morabito / Osnat Rosen / Wei Shi / Anne Werner / Yi Zhang / Cynthia Ziwawo / Christian K O Dzuvor / Charis Palandjian / Connor Eastman / Hannah R Matthews / Jeswin Joseph / James D Chappell / Wing-Pui Kong / John R Mascola / Andrew B Ward / Mark R Denison / Ralph Baric / Jason S McLellan / Barney S Graham / Kizzmekia S Corbett-Helaire /
要旨: The COVID-19 pandemic underscores the need to prepare for future emerging coronavriuses (CoVs) by understanding the principles behind effective CoV vaccine design such as protective immunity and ...The COVID-19 pandemic underscores the need to prepare for future emerging coronavriuses (CoVs) by understanding the principles behind effective CoV vaccine design such as protective immunity and antibody responses. To study which epitopes and subdomains contribute to protection, we utilized the prefusion-stabilized spike protein of MERS-CoV, MERS S-2P, as a vaccine immunogen. Vaccination with MERS S-2P elicited both receptor-binding domain (RBD)- and non-RBD-specific antibodies, including N-terminal domain (NTD)-specific G2-and CDC2-A2-like antibodies. Intriguingly, the immunogen MERS S-2P_ΔRBD, MERS S-2P with the RBDs removed, protects comparably to S1 and S-2P immunogens against MERS-CoV challenge. Moreover, passive transfer studies of polyclonal IgG from MERS S-2P immunized mice depleted of subdomain-specific antibodies demonstrated that non-RBD antibodies protected more than non-NTD antibodies. Altogether, these findings illustrate that protection is not solely driven by RBD-specific antibodies and highlights the importance of targeting non-RBD sites in future CoV vaccine designs.
履歴
登録2024年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46715.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46715.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 524.8 Å		2.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 524.8 Å		2.05 Å/pix.
x 256 pix.
= 524.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.03812811 - 0.104234196
平均 (標準偏差)-0.000005818567 (±0.0038975643)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 524.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_46715_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_46715_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MERS spike protein complexed with RBD-depleted polyclonal Fabs fr...

全体名称: MERS spike protein complexed with RBD-depleted polyclonal Fabs from MERS-vaccinated mice sera
要素
  • 複合体: MERS spike protein complexed with RBD-depleted polyclonal Fabs from MERS-vaccinated mice sera

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超分子 #1: MERS spike protein complexed with RBD-depleted polyclonal Fabs fr...

超分子名称: MERS spike protein complexed with RBD-depleted polyclonal Fabs from MERS-vaccinated mice sera
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 6.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 56000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 3560
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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