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万見
- EMDB-46652: Cryo-EM structure of Human Enterovirus D94 empty particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46652
タイトルCryo-EM structure of Human Enterovirus D94 empty particle
マップデータ
試料Enterovirus D != enterovirus D94

Enterovirus D

  • ウイルス: enterovirus D94 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3
キーワードEnterovirus / EV-D94 / Picornavirus / empty-particle / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種enterovirus D94 (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fu J / Klose T / Rossmann MR / Kuhn R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI011219 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structures of Human Enterovirus D94
著者: Fu J / Klose T / Rossmann MR / vanKuppeveld FJM / Kuhn RJ
履歴
登録2024年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46652.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46652.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 600 pix.
= 671.22 Å		1.12 Å/pix.
x 600 pix.
= 671.22 Å		1.12 Å/pix.
x 600 pix.
= 671.22 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1187 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.005808412 - 2.1216319
平均 (標準偏差)0.0050604437 (±0.055914838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 671.22003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46652_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46652_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Enterovirus D

全体名称: Enterovirus D (エンテロウイルス)
要素
  • ウイルス: enterovirus D94 (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3

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超分子 #1: enterovirus D94

超分子名称: enterovirus D94 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2015550 / 生物種: enterovirus D94 / Sci species strain: E210 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: enterovirus D94 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 26.358289 KDa
配列文字列: AIQTRAVINQ HGTSETLVEN FLGRAALVMM KDFEYKNHVT GTQKVQQNFF KWTINTRSYV QLRRKFELFT YIRFDSEITI VPTIRLYTS TGASYSGLPN LTLQAMFVPV GAPTPKSQDS YEWQSACNPS VFFKIDDPPA RMTIPFMCIN SAYGMFYDGF A GFEKTANG ...文字列:
AIQTRAVINQ HGTSETLVEN FLGRAALVMM KDFEYKNHVT GTQKVQQNFF KWTINTRSYV QLRRKFELFT YIRFDSEITI VPTIRLYTS TGASYSGLPN LTLQAMFVPV GAPTPKSQDS YEWQSACNPS VFFKIDDPPA RMTIPFMCIN SAYGMFYDGF A GFEKTANG LYGINPANTM GNLCIRVVNA YQPVQYTITI RIYLKPKHIK AWVPRPPRTM PYMSIANTNY TGH

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: enterovirus D94 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 26.191848 KDa
配列文字列: VLQLKLGNSA IVTQEAANMC CAYGEWPSYL PDNEATAIDK PTQPETSTDR FYTLKSVKWE GTSTGWWWKL PDALNQTGMF GQNVQYHYL YRSGFLCHVQ CNATKFHQGA LLVVAIPEHQ LGKYNTGTSA SFDDVMKGKT GGVFTHPYVL DDGTSLACSL I FPHQWINL ...文字列:
VLQLKLGNSA IVTQEAANMC CAYGEWPSYL PDNEATAIDK PTQPETSTDR FYTLKSVKWE GTSTGWWWKL PDALNQTGMF GQNVQYHYL YRSGFLCHVQ CNATKFHQGA LLVVAIPEHQ LGKYNTGTSA SFDDVMKGKT GGVFTHPYVL DDGTSLACSL I FPHQWINL RTNNSATIML PWMNCAPMDF ALRHNQWTLA IIPVVPLNTS GGTTMVPITV SIAPMCCEFN GLRNAITQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: enterovirus D94 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 25.653336 KDa
配列文字列: GVPTYLLPGS SQFMTTDDHS SAPAFPDFSP TPEIHIPGRV HNMLELVQVE SMMEINNVAG SSGMERLRVE ISVQTDMDAL LFNIPLDIQ LDGPLRSTLL ANIARYYTHW SGSMEMTFMF CGSFMATGKV ILCYTPPGGS CPTDRESAML GTHIVWDFGL Q SSITLVIP ...文字列:
GVPTYLLPGS SQFMTTDDHS SAPAFPDFSP TPEIHIPGRV HNMLELVQVE SMMEINNVAG SSGMERLRVE ISVQTDMDAL LFNIPLDIQ LDGPLRSTLL ANIARYYTHW SGSMEMTFMF CGSFMATGKV ILCYTPPGGS CPTDRESAML GTHIVWDFGL Q SSITLVIP WISGSHFRMF NSDAKSINAN VGYVTCFMQT NLIVPKEAAT STYIIGFAAA KNDFSLRLMR DSPDI

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 27.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4wm8

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34954
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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