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- EMDB-46646: HIV-1 BaL Env in complex with CD4 mimetic CJF-III-288 and 17b IgG -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46646
タイトルHIV-1 BaL Env in complex with CD4 mimetic CJF-III-288 and 17b IgG
マップデータPrimary map made from recombining two half maps with relion_postprocess
試料
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
キーワードEnv / IgG / CD4mc / HIV-1 / VIRAL PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.5 Å
データ登録者Grunst MW
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R37AI150560 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI176904 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI150471 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F31AI176650 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32 AI055403 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: The asymmetric opening of HIV-1 Env by a potent CD4 mimetic enables anti-coreceptor binding site antibodies to mediate ADCC.
著者: Jonathan Richard / Michael W Grunst / Ling Niu / Marco A Díaz-Salinas / William D Tolbert / Lorie Marchitto / Fei Zhou / Catherine Bourassa / Derek Yang / Ta Jung Chiu / Hung-Ching Chen / ...著者: Jonathan Richard / Michael W Grunst / Ling Niu / Marco A Díaz-Salinas / William D Tolbert / Lorie Marchitto / Fei Zhou / Catherine Bourassa / Derek Yang / Ta Jung Chiu / Hung-Ching Chen / Mehdi Benlarbi / / Suneetha Gottumukkala / Wenwei Li / Katrina Dionne / Étienne Bélanger / Debashree Chatterjee / Halima Medjahed / Wayne A Hendrickson / Joseph Sodroski / Zabrina C Lang / Abraham J Morton / Rick K Huang / Doreen Matthies / Amos B Smith / Walther Mothes / James B Munro / Marzena Pazgier / Andrés Finzi /
要旨: HIV-1 envelope glycoproteins (Env) from primary HIV-1 isolates typically adopt a pretriggered "closed" conformation that resists to CD4-induced (CD4i) non-neutralizing antibodies (nnAbs) mediating ...HIV-1 envelope glycoproteins (Env) from primary HIV-1 isolates typically adopt a pretriggered "closed" conformation that resists to CD4-induced (CD4i) non-neutralizing antibodies (nnAbs) mediating antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC). CD4-mimetic compounds (CD4mcs) "open-up" Env allowing binding of CD4i nnAbs, thereby sensitizing HIV-1-infected cells to ADCC. Two families of CD4i nnAbs, the anti-cluster A and anti-coreceptor binding site (CoRBS) Abs, are required to mediate ADCC in combination with the indane CD4mc BNM-III-170. Recently, new indoline CD4mcs with improved potency and breadth have been described. Here, we show that the lead indoline CD4mc, CJF-III-288, sensitizes HIV-1-infected cells to ADCC mediated by anti-CoRBS Abs alone, contributing to improved ADCC activity. Structural and conformational analyses reveal that CJF-III-288, in combination with anti-CoRBS Abs, potently stabilizes an asymmetric "open" State-3 Env conformation, This Env conformation orients the anti-CoRBS Ab to improve ADCC activity and therapeutic potential.
履歴
登録2024年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46646.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46646.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map made from recombining two half maps with relion_postprocess
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.69 Å/pix.
x 112 pix.
= 301.504 Å		2.69 Å/pix.
x 112 pix.
= 301.504 Å		2.69 Å/pix.
x 112 pix.
= 301.504 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.692 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 140.0
最小 - 最大-117.721869999999996 - 357.344359999999995
平均 (標準偏差)17.43805 (±39.163756999999997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ112112112
Spacing112112112
セルA=B=C: 301.504 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46646_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HalfMap of 1696 particles generated using PEET

ファイルemd_46646_half_map_1.map
注釈HalfMap of 1696 particles generated using PEET
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HalfMap of 1811 particles generated using PEET

ファイルemd_46646_half_map_2.map
注釈HalfMap of 1811 particles generated using PEET
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human immunodeficiency virus 1

全体名称: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1

超分子名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / Sci species strain: BaL / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 3507
抽出トモグラム数: 84 / 使用した粒子像数: 9419 / 参照モデル: Formless Blob on Membrane
詳細: PEET program spikeInit was used to generate an initial reference.
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: PEET
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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