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- EMDB-46632: E. coli 50S ribosomal subunit in complex with PrAMP rumicidin-2 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46632
タイトルE. coli 50S ribosomal subunit in complex with PrAMP rumicidin-2 (focused refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: E. coli 70S ribosome in complex with PrAMP rumicidin-2
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 5種
キーワードProline-rich antimicrobial peptides / PrAMP / Ribosome / Cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / response to radiation / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly ...DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / response to radiation / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, short-form / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type ...Ribosomal protein L25, short-form / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain superfamily / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL3 ...Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL19
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Beatragus hunteri (ヒロラダマリスクス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Pichkur EB / Panteleev PV / Konevega AL
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Rumicidins are a family of mammalian host-defense peptides plugging the 70S ribosome exit tunnel.
著者: Pavel V Panteleev / Eugene B Pichkur / Roman N Kruglikov / Alena Paleskava / Olga V Shulenina / Ilia A Bolosov / Ivan V Bogdanov / Victoria N Safronova / Sergey V Balandin / Valeriya I Marina ...著者: Pavel V Panteleev / Eugene B Pichkur / Roman N Kruglikov / Alena Paleskava / Olga V Shulenina / Ilia A Bolosov / Ivan V Bogdanov / Victoria N Safronova / Sergey V Balandin / Valeriya I Marina / Tatiana I Kombarova / Olga V Korobova / Olga V Shamova / Alexander G Myasnikov / Alexander I Borzilov / Ilya A Osterman / Petr V Sergiev / Alexey A Bogdanov / Olga A Dontsova / Andrey L Konevega / Tatiana V Ovchinnikova /
要旨: The antimicrobial resistance crisis along with challenges of antimicrobial discovery revealed the vital necessity to develop new antibiotics. Many of the animal proline-rich antimicrobial peptides ...The antimicrobial resistance crisis along with challenges of antimicrobial discovery revealed the vital necessity to develop new antibiotics. Many of the animal proline-rich antimicrobial peptides (PrAMPs) inhibit the process of bacterial translation. Genome projects allowed to identify immune-related genes encoding animal host defense peptides. Here, using genome mining approach, we discovered a family of proline-rich cathelicidins, named rumicidins. The genes encoding these peptides are widespread among ruminant mammals. Biochemical studies indicated that rumicidins effectively inhibited the elongation stage of bacterial translation. The cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with one of the representatives of the family revealed that the binding site of rumicidins span the ribosomal A-site cleft and the nascent peptide exit tunnel interacting with its constriction point by the conservative Trp23-Phe24 dyad. Bacterial resistance to rumicidins is mediated by knockout of the SbmA transporter or modification of the MacAB-TolC efflux pump. A wide spectrum of antibacterial activity, a high efficacy in the animal infection model, and lack of adverse effects towards human cells in vitro make rumicidins promising molecular scaffolds for development of ribosome-targeting antibiotics.
履歴
登録2024年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月22日-
マップ公開2025年1月22日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_46632.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46632.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 441.856 Å		0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 441.856 Å		0.86 Å/pix.
x 512 pix.
= 441.856 Å

表面

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.863 Å
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表面レベル登録者による: 1.1
最小 - 最大-0.6738536 - 6.2402387
平均 (標準偏差)-0.0060214223 (±0.27447963)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 441.856 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46632_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: #1

ファイルemd_46632_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46632_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46632_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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試料の構成要素

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全体 : E. coli 70S ribosome in complex with PrAMP rumicidin-2

全体名称: E. coli 70S ribosome in complex with PrAMP rumicidin-2
要素
  • 複合体: E. coli 70S ribosome in complex with PrAMP rumicidin-2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein bL25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: Large ribosomal subunit protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: Rumicidin-2 (12-27)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: (2S)-2-amino-4-(methylsulfanyl)butane-1-thiol
  • リガンド: water

+
超分子 #1: E. coli 70S ribosome in complex with PrAMP rumicidin-2

超分子名称: E. coli 70S ribosome in complex with PrAMP rumicidin-2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.388631 KDa
配列文字列:
MAKGIREKIK LVSSAGTGHF YTTTKNKRTK PEKLELKKFD PVVRQHVIYK EAKIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 7.313032 KDa
配列文字列:
MPKIKTVRGA AKRFKKTGKG GFKHKHANLR HILTKKATKR KRHLRPKAMV SKGDLGLVIA CLPYA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 29.923619 KDa
配列文字列: MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD ...文字列:
MAVVKCKPTS PGRRHVVKVV NPELHKGKPF APLLEKNSKS GGRNNNGRIT TRHIGGGHKQ AYRIVDFKRN KDGIPAVVER LEYDPNRSA NIALVLYKDG ERRYILAPKG LKAGDQIQSG VDAAIKPGNT LPMRNIPVGS TVHNVEMKPG KGGQLARSAG T YVQIVARD GAYVTLRLRS GEMRKVEADC RATLGEVGNA EHMLRVLGKA GAARWRGVRP TVRGTAMNPV DHPHGGGEGR NF GKHPVTP WGVQTKGKKT RSNKRTDKFI VRRRSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 22.291562 KDa
配列文字列: MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN (MEQ)TPGKVF KG ...文字列:
MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN (MEQ)TPGKVF KG KKMAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.008471 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEIRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.505746 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDR

+
分子 #12: Large ribosomal subunit protein uL23

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.546472 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.419629 KDa
配列文字列:
GSTRNGRDSE AKRLGVKRFG GESVLAGSII VRQRGTKFHA GANVGCGRDH TLFAKADGKV KFEVKGPKNR KFISIEAE

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.332249 KDa
配列文字列:
AVQQNKPTRS KRGMRRSHDA LTAVTSLSVD KTSGEKHLRH HITADGYYRG RKVIAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 20.073234 KDa
配列文字列:
AKLHDYYKDE VVKKLMTEFN YNSVMQVPRV EKITLNMGVG EAIADKKLLD NAAADLAAIS GQKPLITKAR KSVAGFKIRQ GYPIGCKVT LRGERMWEFF ERLITIAVPR IRDFRGLSAK SFDGRGNYSM GVREQIIFPE IDYDKVDRVR GLDITITTTA K SDEEGRAL LAAFDFPFR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #16: Large ribosomal subunit protein uL6

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 18.801598 KDa
配列文字列:
SRVAKAPVVV PAGVDVKING QVITIKGKNG ELTRTLNDAV EVKHADNTLT FGPRDGYADG WAQAGTARAL LNSMVIGVTE GFTKKLQLV GVGYRAAVKG NVINLSLGFS HPVDHQLPAG ITAECPTQTE IVLKGADKQV IGQVAADLRA YRRPEPYKGK G VRYADEVV RTKEAKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 4.028719 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVP

+
分子 #18: Large ribosomal subunit protein uL13

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.565067 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.196062 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV (4D4)GKGKGNVE YWVALIQPGK VLYEMDGVPE ELAREAFKLA AAKLPIKTTF VTKTVM

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 12.663471 KDa
配列文字列:
DKKSARIRRA TRARRKLQEL GATRLVVHRT PRHIYAQVIA PNGSEVLVAA STVEKAIAEQ LKYTGNKDAA AAVGKAVAER ALEKGIKDV SFDRSGFQYH GRVQALADAA REAGLQF

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.028082 KDa
配列文字列:
SNIIKQLEQE QMKQDVPSFR PGDTVEVKVW VVEGSKKRLQ AFEGVVIAIR NRGLHSAFTV RKISNGEGVE RVFQTHSPVV DSISVKRRG AVRKAKLYYL RERTGKAARI KERLN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #23: Large ribosomal subunit protein bL20

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.396828 KDa
配列文字列:
ARVKRGVIAR ARHKKILKQA KGYYGARSRV YRVAFQAVIK AGQYAYRDRR QRKRQFRQLW IARINAAARQ NGISYSKFIN GLKKASVEI DRKILADIAV FDKVAFTALV EKAKAALA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #26: Large ribosomal subunit protein uL24

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.078874 KDa
配列文字列:
AAKIRRDDEV IVLTGKDKGK RGKVKNVLSS GKVIVEGINL VKKHQKPVPA LNQPGGIVEK EAAIQVSNVA IFNAATGKAD RVGFRFEDG KKVRFFKSNS ETI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #27: Large ribosomal subunit protein bL25

分子名称: Large ribosomal subunit protein bL25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.896354 KDa
配列文字列:
SRVCQVTGKR PVTGNNRSHA LNATKRRFLP NLHSHRFWVE SEKRFVTLRV SAKGMRVIDK KGIDTVLAEL RARGEKY

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #29: Large ribosomal subunit protein uL29

分子名称: Large ribosomal subunit protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 7.155267 KDa
配列文字列:
KAKELREKSV EELNTELLNL LREQFNLRMQ AASGQLQQSH LLKQVRRDVA RVKTLLNEKA GA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.423625 KDa
配列文字列:
AKTIKITQTR SAIGRLPKHK ATLLGLGLRR IGHTVEREDT PAIRGMINAV SFMVKVEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #31: Rumicidin-2 (12-27)

分子名称: Rumicidin-2 (12-27) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Beatragus hunteri (ヒロラダマリスクス)
分子量理論値: 2.008397 KDa
配列文字列:
PPHRPRPRPL PWFPPR

+
分子 #5: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 885.0645 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACAG CUGUGUGACU GCGUAC CUU UUGUAUAAUG GGUCAGCGAC UUAUAUUCUG UAGCAAGGUU AACCGAAUAG GGGAGCCGAA GGGAAACCGA GUCUUAA CU GGGCGUUAAG UUGCAGGGUA UAGACCCGAA ACCCGGUGAU CUAGCCAUGG GCAGGUUGAA GGUUGGGUAA CACUAACU G GAGGACCGAA CCGACUAAU(1MG) (PSU)(5MU)GAAAAAUU AGCGGAUGAC UUGUGGCUGG GGGUGAAAGG CCAAUCA AA CCGGGAGAUA GCUGGUUCUC CCCGAAAGCU AUUUAGGUAG CGCCUCGUGA AUUCAUCUCC GGGGGUAGAG CACUGUUU C GGCAAAACCC GAUGCAAACU GCGAAUACCG GAGAAUGUUA UCACGGGAGA CACACGGCGG G(PSU)GCUAACGU CCGUC GUGA AGAGGGAAAC AACCCAGACC GCCAGCUAAG GUCCCAAAGU CAUGGUUAAG UGGGAAACGA UGUGGGAAGG CCCAGA CAG CGUCGAGUCG GCCUGCGCGG AAGAUGUAAC GGGGCUAAAC CAUGCACCGA AGCUGCGGCA GCGACGCGCG UUGUUGG GU AGGGGAGCGU UCUGUAAGCC UGUGAAGGUG UGCUGUGAGG CAUGCUGGAG GUAUCAGAAG UGCGAAUGCU GACAUAAG U AACGAUAAAG CGGGUGAAAA GCCCGCUCGC CGGAAGACCA AGGGUUCCUG UCCAACGUUA AUCGGGGCAG GGUGAGUCG ACCCCUAAGG CGAGGCCGAA AGGCGUAGUC GAUGGGAAAC AGGUUAAUAU UCCUGUACUU GGUGUUACUG CGAAGGGGGG ACGGAGAAG GCUAUGUUGG CCGGGCGACG GUUGUCCCGG UUUAAGCGUG UAGGCUGGUU UUCCAGGCAA AUCCGGAAAA U CAAGGCUG AGGCGUGAUG ACGAGGCACU ACGGUGCUGA AGCAACAAAU GCCCUGCUUC CAGGAAAAGC CUCUAAGCAU CA GGUAACA UCAAAUCGUA CCCCAAACCG ACAC(6MZ)GGUGG UCAGGUAGAG AAUACCAAGG CGCUUGAGAG AACUCGGGU GAAGGAACUA GGCAAAAUGG UGCCGUAACU UCGGGAGAAG GCACGCUGAU AUGUAGGUGA GGUCCCUCGC GGAUGGAGCU GAAAUCAGU CGAAGAUACC AGCUGGCUGC AACUGUUUAU UAAAAACACA GCACUGUGCA AACACGAAAG UGGACGUAUA C GGUGUGAC GCCU(2MG)CCCGG UGCCGGAAGG UUAAUUGAUG GGGUUAGCGG CGCGAAGCUC UUGAUCGAAG CCCCGGUA A ACGGCGGCCG (PSU)AAC(3TD)A(PSU)AAC GGUCCUAAGG UAGCGAAA(5MU)U CCUUGUCGGG UAAGUUCCGA C (5MC)UGCACGA AUGGCGUAAU GAUGGCCAGG CUGUCUCCAC CCGAGACUCA GUGAAAUUGA ACUCGCUGUG (6MZ)AGA UGCAG UGUACCCGCG GCAAGACGGA AAGACCCCGU (G7M)AACCUUUAC UAUAGCUUGA CACUGAACAU AUGUUCUAAC G UUGGCCCG UGAUCCGGGU UGCGGACAGU GUCUGGUGGG UAGUUUGACU G(OMG)GGCGGUCU CCUCCUAAAG AGUAACGG A GGAGCACGAA GGUUGGCUAA UCCUGGUCGG ACAUCAGGAG GUUAGUGCAA UGGCAUAAGC CAGCUUGACU GCGAGCGUG ACGGCGCGAG CAGGUGCGAA AGCAGGUCAU AGUGAUCCGG UGGUUCUGAA UGGAAGGGCC AUCGCUCAAC GGAUAAAAGG UACUCCG(2MG)G GA(H2U)AACAGGC (PSU)GAUACCGCC CAAGAGUUCA UAUCGACGGC GGUGUUUGGC A(OMC)CUC G(2MA)(PSU)G UCGGCUCAUC ACAUCCUGGG GCUGAAGUAG GUCCCAAGGG UAUGGC(OMU)GUU CGCCAUUUAA AGUG GUACG CGAGC(PSU)GGGU UUAGAACGUC GUGAGACAG(PSU) (PSU)CGGUCCCUA UCUGCCGUGG GCGCUGGAGA ACU GAGGGG GGCUGCUCCU AGUACGAGAG GACCGGAGUG GACGCAUCAC UGGUGUUCGG GUUGUCAUGC CAAUGGCACU GCCC GGUAG CUAAAUGCGG AAGAGAUAAG UGCUGAAAGC AUCUAAGCAC GAAACUUGCC CCGAGAUGAG UUCUCCCUGA CUCCU UGAG AGUCCUGAAG GAACGUUGAA GACGACGACG UUGAUAGGCC GGGUGUGUAA GCGCAGCGAU GCGUUGAGCU AACCGG UAC UAAUGAACCG UGAGGCUUAA CCU

+
分子 #6: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 38.483926 KDa
配列文字列:
UGCCUGGCGG CCGUAGCGCG GUGGUCCCAC CUGACCCCAU GCCGAACUCA GAAGUGAAAC GCCGUAGCGC CGAUGGUAGU GUGGGGUCU CCCCAUGCGA GAGUAGGGAA CUGCCAGGCA

GENBANK: GENBANK: CP049050.1

+
分子 #32: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #33: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 204 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #34: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 93 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #35: (2S)-2-amino-4-(methylsulfanyl)butane-1-thiol

分子名称: (2S)-2-amino-4-(methylsulfanyl)butane-1-thiol / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: MS6
分子量理論値: 151.293 Da
Chemical component information

ChemComp-MS6:
(2S)-2-amino-4-(methylsulfanyl)butane-1-thiol / (S)-2-アミノ-4-(メチルチオ)ブタン-1-チオ-ル

+
分子 #36: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 4308 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 371000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8b0x


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9d89:
E. coli 50S ribosomal subunit in complex with PrAMP rumicidin-2 (focused refinement)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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