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万見
- EMDB-46619: The spm-bound structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46619
タイトルThe spm-bound structure
マップデータSpm-bound structure
試料
  • 細胞器官・細胞要素: fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescence protein,MFS-type transporter SLC18B1,membrane protein with spm
  • リガンド: SPERMINE
  • リガンド: water
キーワードmembrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


polyamine:proton antiporter activity / spermidine transport / spermine transport / monoamine:proton antiporter activity / serotonin uptake / transmembrane transporter activity / bioluminescence / secretory granule membrane / generation of precursor metabolites and energy / synaptic vesicle membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescence protein / MFS-type transporter SLC18B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lu M / Liu B
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM145642 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure and mechanism of human vesicular polyamine transporter.
著者: Yi Guo / Ge Yang / Haijiao Liu / Jin Chai / Jie Chen / John Shanklin / Qun Liu / Bin Liu / Min Lu /
要旨: Polyamines play essential roles in gene expression and modulate neuronal transmission in mammals. Vesicular polyamine transporters (VPAT) from the SLC18 family exploit the transmembrane H gradient to ...Polyamines play essential roles in gene expression and modulate neuronal transmission in mammals. Vesicular polyamine transporters (VPAT) from the SLC18 family exploit the transmembrane H gradient to translocate polyamines into secretory vesicles, enabling the quantal release of polyamine neuromodulators and underpinning learning and memory formation. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of human VPAT in complex with spermine, spermidine, H, or tetrabenazine, elucidating discrete lumen-facing states of the antiporter and pivotal interactions between VPAT and its substrate or inhibitor. Leveraging structure-inspired mutagenesis studies and protein structure prediction, we deduce an unforeseen mechanism whereby the polyamine and H compete for multiple acidic protein residues both directly and indirectly, and rationalize how the antidopaminergic therapeutic tetrabenazine impedes vesicular transport of polyamines. This study unravels the mechanism of an H-coupled polyamine antiporter, reveals mechanistic diversity between VPAT and other SLC18 antiporters, and raises new prospects for combating human disorders of polyamine homeostasis.
履歴
登録2024年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46619.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46619.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 86.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Spm-bound structure
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 283 pix.
= 283.307 Å		1 Å/pix.
x 283 pix.
= 283.307 Å		1 Å/pix.
x 283 pix.
= 283.307 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.00108 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-0.8114644 - 25.527947999999999
平均 (標準偏差)0.027663928 (±0.47513783)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ283283283
Spacing283283283
セルA=B=C: 283.30664 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_46619_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_46619_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : fusion protein

全体名称: fusion protein
要素
  • 細胞器官・細胞要素: fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Green fluorescence protein,MFS-type transporter SLC18B1,membrane protein with spm
  • リガンド: SPERMINE
  • リガンド: water

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超分子 #1: fusion protein

超分子名称: fusion protein / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 90 kDa/nm

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分子 #1: Green fluorescence protein,MFS-type transporter SLC18B1,membrane ...

分子名称: Green fluorescence protein,MFS-type transporter SLC18B1,membrane protein with spm
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.119766 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: VSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVS GEGEGDATYG KLTLKLICTT GKLPVPWPTL VTTLGYGLQC FARYPDHMKQ HDFFKSAMP EGYVQERTIF FKDDGNYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNYNSHN VYITADKQKN G IKANFKIR ...文字列:
VSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVS GEGEGDATYG KLTLKLICTT GKLPVPWPTL VTTLGYGLQC FARYPDHMKQ HDFFKSAMP EGYVQERTIF FKDDGNYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNYNSHN VYITADKQKN G IKANFKIR HNIEDGGVQL ADHYQQNTPI GDGPVLLPDN HYLSYQSKLS KDPNEKRDHM VLLEFVTAAG ITTPGWLSRE QV FVLISAA SVNLGSMMCY SILGPFFPKE AEKKGASNTI IGMIFGCFAL FELLASLVFG NYLVHIGAKF MFVAGMFVSG GVT ILFGVL DRVPDGPVFI AMCFLVRVMD AVSFAAAMTA SSSILAKAFP NNVATVLGSL ETFSGLGLIL GPPVGGFLYQ SFGY EVPFI VLGCVVLLMV PLNMYILPNY ESDPGEHSFW KLIALPKVGL IAFVINSLSS CFGFLDPTLS LFVLEKFNLP AGYVG LVFL GMALSYAISS PLFGLLSDKR PPLRKWLLVF GNLITAGCYM LLGPVPILHI KSQLWLLVLI LVVSGLSAGM SIIPTF PEI LSCAHENGFE EGLSTLGLVS GLFSAMWSIG AFMGPTLGGF LYEKIGFEWA AAIQGLWALI SGLAMGLFYL LEYSQVQ LV ESGGALVQPG GSLRLSCAAS GFPVNRYSMR WYRQAPGKER EWVAGMSSAG DRSSYEDSVK GRFTISRDDA RNTVYLQM N SLKPEDTAVY YCNVNVGFEY WGQGTQVTVS

UniProtKB: Green fluorescence protein, MFS-type transporter SLC18B1

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分子 #2: SPERMINE

分子名称: SPERMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: SPM
分子量理論値: 202.34 Da
Chemical component information

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 4.9
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69500
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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