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- EMDB-46556: Cryo-EM Map of yeast Exportin Msn5 bound to cargo Pho4 and RanGTP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46556
タイトルCryo-EM Map of yeast Exportin Msn5 bound to cargo Pho4 and RanGTP (State 3-2)
マップデータMain map
試料
  • 複合体: Msn5-Gsp1-pPho4(1-200)
    • タンパク質・ペプチド: Msn5
  • タンパク質・ペプチド: Gsp1
  • タンパク質・ペプチド: Pho4
キーワードKaryopherin / Exportin / Nuclear Export / TRANSPORT PROTEIN
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Fung HYJ / Chook YM
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP220582 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM141461 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM069909 米国
Welch FoundationI-1532 米国
Other privateUTSW Gilman Special Opportunities Award
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Phosphate-dependent nuclear export via a non-classical NES class recognized by exportin Msn5.
著者: Ho Yee Joyce Fung / Sanraj R Mittal / Ashley B Niesman / Jenny Jiou / Binita Shakya / Takuya Yoshizawa / Ahmet E Cansizoglu / Michael P Rout / Yuh Min Chook /
要旨: Gene expression in response to environmental stimuli is dependent on nuclear localization of key signaling components, which can be tightly regulated by phosphorylation. This is exemplified by the ...Gene expression in response to environmental stimuli is dependent on nuclear localization of key signaling components, which can be tightly regulated by phosphorylation. This is exemplified by the phosphate-sensing transcription factor Pho4, which requires phosphorylation for nuclear export by the yeast exportin Msn5. Here, we present a high resolution cryogenic-electron microscopy structure showing the phosphorylated 35-residue nuclear export signal of Pho4, which binds the concave surface of Msn5 through two Pho4 phospho-serines that align with two Msn5 basic patches. These findings characterize a mechanism of phosphate-specific recognition mediated by a non-classical signal distinct from that for Exportin-1. Furthermore, the discovery that unliganded Msn5 is autoinhibited explains the positive cooperativity of Pho4/Ran-binding and proposes a mechanism for Pho4's release in the cytoplasm. These findings advance our understanding of the diversity of signals that drive nuclear export and how cargo phosphorylation is crucial in regulating nuclear transport and controlling cellular signaling pathways.
履歴
登録2024年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46556.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 348 pix.
= 287.448 Å		0.83 Å/pix.
x 348 pix.
= 287.448 Å		0.83 Å/pix.
x 348 pix.
= 287.448 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.2078999 - 0.5866868
平均 (標準偏差)0.0019466028 (±0.014726412)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ348348348
Spacing348348348
セルA=B=C: 287.448 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_46556_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_46556_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Msn5-Gsp1-pPho4(1-200)

全体名称: Msn5-Gsp1-pPho4(1-200)
要素
  • 複合体: Msn5-Gsp1-pPho4(1-200)
    • タンパク質・ペプチド: Msn5
  • タンパク質・ペプチド: Gsp1
  • タンパク質・ペプチド: Pho4

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超分子 #1: Msn5-Gsp1-pPho4(1-200)

超分子名称: Msn5-Gsp1-pPho4(1-200) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Msn5 bound to RanGTP (Gsp1) and phosphorylated Pho4 fragment (1-200)
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Msn5

分子名称: Msn5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDSTGASQIV SALDVIYSPK SNNSQRQEAQ KFLDEVKLCS ESPFWGYEIA LQNPTNSILK YFGLGLLDHA VKKNWNDYDE GKRVALRKW VMELNFGVQD YDTRYIKEKL ATLWVEVAKR TWGEALKQTN PTEEQLLTSW VDMDNNLFEL WNINQSSREL A LIIFRILF ...文字列:
MDSTGASQIV SALDVIYSPK SNNSQRQEAQ KFLDEVKLCS ESPFWGYEIA LQNPTNSILK YFGLGLLDHA VKKNWNDYDE GKRVALRKW VMELNFGVQD YDTRYIKEKL ATLWVEVAKR TWGEALKQTN PTEEQLLTSW VDMDNNLFEL WNINQSSREL A LIIFRILF EDVFLLDDLI VLKRMTVIQP LCVMIVCPIE VFAIKYKFSD KWTKFKANEE GWFSVWIPEL NNALQQNNSE YI IRLLETL KTCLNWPLTE VIVRNDVLSS LLTCLSSNIP RAQSMALDSI HILLTRPYSN ESHYQMTIDR VFDNMDLLDS VYE SLLFDP TDDIDETKYP IIKKFVDMIS CLYVCVPKIK ETNGQIQKYF KLVLKTTYNP SLIVSGLTLD LWCTCLRNDE YLPK LEKYV IPDLLQFAAD ALVYYEQIDG HISKKFAEID FQSKSEFQTF CSTYRKRIRD IIRLISCVEL DLTYDWLNNR LNNYF SSPF GQQVLSSTFL DHKLEPYLGA LSQYMIVECF INGCIRWKIW YPTGDDYDEK LDSILQKLEI LSNQLIALNL REPLLL KKQ IQNFALFLTM LKDNVLFTLL EKIITSATMD YPEINLEERG AESDAVRDLR YACGIELNRM ALLMPESLKK IYPDLES VI ARIMPNLSYH EKISFKSFLL IIVLKSSLDM KEERFAAIVD PELLAWSDKT TVVGLSDLHW FMERLGIVQI AEYFQRRD I DENSDLLSIP IDDEGKELKS ELTKRWQSLF PVRATRMFIH YSMQSIKTDE EFKMLQDLWR PRIVPILPYI TRLLYQLQS YHDPDNWKGL PTVVQSFVKY STIERFWEAG ASNKSKDEFI DEHMKAMQTL RDFADSVGHI IRYTREYTLL VLSAISSLGS VFYLLDESP DLLLNSIAIF KPGSNEISPG VSTHGWKHIM NIAIRPILKG CPKDCLGKFM PAFLPKLFEI LDLLLCQKWS S HMNDMDMN PVPTDDDQMT EEILEENLLR QLTTVVVRIV IDCVGQGNAN PNSAKSRLNN HQMEMRKIIF NDLNTLAPFL KL LNHLISF KDTKCSFNSI LVMKCCLTSV LNQNNTVDEY FTFEVMKNLL LNVLCNSAFK DSFHEALYAF TVIFLTLCKE YPS ARAFLF EISNGYNIDE LYRNLRSVDE YKTQRALMID FIDWVKSTSG KEDGNVDHAG DERKRQEKRE AILKKANERL IKKN KENGD MLDDPNIEDG AVGNLFDDNE NLYFQ

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分子 #2: Gsp1

分子名称: Gsp1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MASAPAANGE VPTFKLVLVG DGGTGKTTFV KRHLTGEFEK KYIATIGVEV HPLSFYTNFG EIKFDVWDTA GLEKFGGLRD GYYINAQCA IIMFDVTSRI TYKNVPNWHR DLVRVCENIP IVLCGNKVDV KERKVKAKTI TFHRKKNLQY YDISAKSNYN F EKPFLWLA RKLAGNPQLE FVENLYFQ

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分子 #3: Pho4

分子名称: Pho4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: In vitro phosphorylated / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSMGRTTSEG IHGFVDDLEP KSSILDKVGD FITVNTKRHD GREDFNEQND ELNSQENHNS SENGNENENE QDSLALDDLD RAFELVEGM DMDWMMPSHA HH(SEP)PATTATI KPRLLY(SEP)PLI HTQSAVPVTI (SEP)PNLVATATS TTSANKVTK NKSNS(SEP) ...文字列:
GSMGRTTSEG IHGFVDDLEP KSSILDKVGD FITVNTKRHD GREDFNEQND ELNSQENHNS SENGNENENE QDSLALDDLD RAFELVEGM DMDWMMPSHA HH(SEP)PATTATI KPRLLY(SEP)PLI HTQSAVPVTI (SEP)PNLVATATS TTSANKVTK NKSNS(SEP)PYLN KRRGKPGPDS ATSLFELPDS VIPTPKPKPK PKQYPKVILP SNST

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 121812
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 6
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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