EMDB-46501: Nanotube of F5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-46501

タイトル

Nanotube of F5

マップデータ

試料

複合体: self-assembly of F5 nanotubes
- タンパク質・ペプチド: Nanotube of F5

キーワード

filament / self-assembly peptide filament / Cryo-EM / peptide fibril / nanotube / bolaphile / PROTEIN FIBRIL

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Das A

資金援助

米国, 8件

Organization	Grant number	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	G20-RR31199	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	SIG S10-RR025067	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	U24-GM116790	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	UL1TR000454	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	S10 RR025679	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	GM138756	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DBI-1726544	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Surfactant-like peptide-based materials display structural complexity comparable to amyloid fibrils
著者: Das A / Conticello V / Wang F / Gnewou O / Xuo Z

履歴

登録	2024年8月8日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年8月13日	-
マップ公開	2025年8月13日	-
更新	2025年8月13日	-
現状	2025年8月13日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_46501.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_46501.map.gz	24.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-46501-v30.xml emd-46501.xml	16.3 KB 16.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_46501_fsc.xml	10.6 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_46501.png	55 KB
Filedesc metadata	emd-46501.cif.gz	4.8 KB
その他	emd_46501_half_map_1.map.gz emd_46501_half_map_2.map.gz	116.2 MB 116.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46501 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46501	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d2nMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_46501.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.1 Å/pix. x 320 pix. = 352. Å	1.1 Å/pix. x 320 pix. = 352. Å	1.1 Å/pix. x 320 pix. = 352. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.1 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.12
最小 - 最大	-0.0047457297 - 1.1947699
平均 (標準偏差)	0.003497707 (±0.03739158)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_46501_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_46501_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : self-assembly of F5 nanotubes

全体	名称: self-assembly of F5 nanotubes
要素	複合体: self-assembly of F5 nanotubes タンパク質・ペプチド: Nanotube of F5

-
超分子 #1: self-assembly of F5 nanotubes

超分子	名称: self-assembly of F5 nanotubes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: synthetic construct (人工物)

-
分子 #1: Nanotube of F5

分子	名称: Nanotube of F5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: synthetic construct (人工物)
分子量	理論値: 787.068 Da
配列	文字列: (ACE)KIIIFK(NH2)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

緩衝液	pH: 4
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TALOS ARCTICA
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 48.2 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.27 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.523 µm
実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.24 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 89.59 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₁ (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 122105
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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