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万見
- EMDB-46496: Cryo-EM structure of amyloid fibril extracted from heart of a var... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46496
タイトルCryo-EM structure of amyloid fibril extracted from heart of a variant ATTR T60A amyloidosis patient 3
マップデータpost-processed map
試料
  • 組織: Amyloid fibril from heart of a variant ATTR T60A amyloidosis patient
    • タンパク質・ペプチド: Transthyretin
キーワードTransthyretin / Amyloidosis / ATTR / Heart / PROTEIN FIBRIL
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.64 Å
データ登録者Nguyen AB / Fernandez-Ramirez MC / Saelices L
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)1DP2HL163810-01 米国
American Heart Association847236 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural and molecular homogeneity of ATTRv-T60A amyloid fibrils across patients and organs
著者: Fernandez-Ramirez MDC / Nguyen BA / Afrin S / Singh V / Evers B / Shelton JM / Escobar CL / Bassett P / Wang L / Pekala M / Ahmed Y / Cabrera Hernandez LO / Pedretti R / Singh P / Canepa J / ...著者: Fernandez-Ramirez MDC / Nguyen BA / Afrin S / Singh V / Evers B / Shelton JM / Escobar CL / Bassett P / Wang L / Pekala M / Ahmed Y / Cabrera Hernandez LO / Pedretti R / Singh P / Canepa J / Wosztyl A / Li Y / Boyer DR / Cao Q / Saelices L
履歴
登録2024年8月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月13日-
マップ公開2025年8月13日-
更新2025年10月22日-
現状2025年10月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46496.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46496.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈post-processed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.504 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.504 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.504 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0038
最小 - 最大-0.014068701 - 0.01924958
平均 (標準偏差)0.00006118065 (±0.0006923243)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 213.504 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46496_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: combined map from two half-maps

ファイルemd_46496_additional_1.map
注釈combined map from two half-maps
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 01

ファイルemd_46496_half_map_1.map
注釈half-map 01
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map 02

ファイルemd_46496_half_map_2.map
注釈half-map 02
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Amyloid fibril from heart of a variant ATTR T60A amyloidosis patient

全体名称: Amyloid fibril from heart of a variant ATTR T60A amyloidosis patient
要素
  • 組織: Amyloid fibril from heart of a variant ATTR T60A amyloidosis patient
    • タンパク質・ペプチド: Transthyretin

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超分子 #1: Amyloid fibril from heart of a variant ATTR T60A amyloidosis patient

超分子名称: Amyloid fibril from heart of a variant ATTR T60A amyloidosis patient
タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Heart / 組織: Heart

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分子 #1: Transthyretin

分子名称: Transthyretin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Heart / 組織: Heart
配列文字列:
GPTGTGESKC PLMVKVLDAV RGSPAINVAV HVFRKAADDT WEPFASGKTS ESGELHGLTA EEEFVEGIYK VEIDTKSYWK ALGISPFHEH AEVVFTANDS GPRRYTIAAL LSPYSYSTTA VVTNPKE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7
詳細: We used water as the buffer for the final elution of fibrils
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6064 / 平均露光時間: 1.8 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 2
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.79 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -1.25 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 49669
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / ソフトウェア - 詳細: CTFFIND-4.1 / タイプ: NONE
Segment selection選択した数: 207988 / ソフトウェア - 名称: Topaz / 詳細: particle boxsize of 256 px
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Featureless cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細We did not build the model for this map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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