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- EMDB-46461: Core particle assembly intermediate 1 purified from Saccharomyces... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46461
タイトルCore particle assembly intermediate 1 purified from Saccharomyces cerevisiae
マップデータ
試料
  • 複合体: Proteasome assembly intermediate
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
キーワードProteasome / assembly chaperone / Blm10 / PA200 / Blm10-13S / Pba1 / CP / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex import into nucleus / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / myosin light chain binding / proteasome storage granule assembly / cardiac muscle tissue morphogenesis / proteasome core complex assembly / peptidase activator activity / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly ...proteasome core complex import into nucleus / myosin-light-chain kinase / myosin light chain kinase activity / myosin light chain binding / proteasome storage granule assembly / cardiac muscle tissue morphogenesis / proteasome core complex assembly / peptidase activator activity / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / proteasome binding / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / regulation of proteasomal protein catabolic process / chorismate biosynthetic process / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / aromatic amino acid family biosynthetic process / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / striated muscle contraction / amino acid biosynthetic process / : / Neutrophil degranulation / proteasome complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / calmodulin binding / DNA repair / DNA damage response / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome activator Blm10, N-terminal / Proteasome-substrate-size regulator, N-terminal / Myosin light chain kinase 2, catalytic domain / Proteasome activator complex subunit 4 C-terminal domain / Proteasome activator Blm10, mid region / Proteasome activator complex subunit 4 / : / Proteasome activator complex subunit 4-like, C-terminal / Proteasome activator complex subunit 4, mid HEAT repeats region / Proteasome activator complex subunit 4-like, HEAT repeat-like ...Proteasome activator Blm10, N-terminal / Proteasome-substrate-size regulator, N-terminal / Myosin light chain kinase 2, catalytic domain / Proteasome activator complex subunit 4 C-terminal domain / Proteasome activator Blm10, mid region / Proteasome activator complex subunit 4 / : / Proteasome activator complex subunit 4-like, C-terminal / Proteasome activator complex subunit 4, mid HEAT repeats region / Proteasome activator complex subunit 4-like, HEAT repeat-like / Proteasome maturation factor Ump1 / Proteasome maturation factor UMP1 / DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Aldolase-type TIM barrel / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome maturation factor UMP1 ...Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome maturation factor UMP1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4 / Proteasome activator BLM10
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Chen X / Kaur M / Roelofs J / Walters KJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1 ZIA BC011490 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM149314 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Structure of Blm10:13S proteasome intermediate reveals parallel assembly pathways for the proteasome core particle.
著者: Mandeep Kaur / Xiang Chen / Stella Y Lee / Tyler M Weaver / Bret D Freudenthal / Kylie J Walters / Jeroen Roelofs /
要旨: Proteasomes are formed by chaperone-assisted assembly of core particles (CPs) and regulatory particles (RPs). The CP chaperone dimer Pba1/Pba2 binds early to proteasome subunits, and is thought to be ...Proteasomes are formed by chaperone-assisted assembly of core particles (CPs) and regulatory particles (RPs). The CP chaperone dimer Pba1/Pba2 binds early to proteasome subunits, and is thought to be replaced by Blm10 to form Blm10:CP, which promotes ATP-independent degradation of disordered proteins. Here, we present evidence of distinct parallel assembly pathways for CP by solving five cryo-EM structures including a Blm10:13S pre-assembly intermediate. Our data conflict with the current model of Blm10 and Pba1/Pba2 sequential activity in a single assembly pathway, as we find their CP binding is mutually exclusive and both are present on early and late assembly intermediates. CP affinity for Pba1/Pba2 is reduced during maturation, promoting Pba1/Pba2 release. We find Blm10 undergoes no such affinity switch, suggesting this pathway predominantly yields mature Blm10-bound CP. Altogether, our findings conflict with the current paradigm of sequential CP binding to instead indicate parallel assembly pathways by Pba1/Pba2 and Blm10.
履歴
登録2024年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2024年12月4日-
現状2024年12月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46461.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.12 Å		1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.12 Å		1.07 Å/pix.
x 340 pix.
= 363.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-0.48313555 - 23.595661
平均 (標準偏差)0.028083785 (±0.6040232)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 363.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46461_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46461_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_46461_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Proteasome assembly intermediate

全体名称: Proteasome assembly intermediate
要素
  • 複合体: Proteasome assembly intermediate
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6
    • タンパク質・ペプチド: Probable proteasome subunit alpha type-7
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome activator BLM10
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome maturation factor UMP1,Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle

+
超分子 #1: Proteasome assembly intermediate

超分子名称: Proteasome assembly intermediate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 534 KDa

+
分子 #1: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.03383 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSGAAAASAA GYDRHITIFS PEGRLYQVEY AFKATNQTNI NSLAVRGKDC TVVISQKKVP DKLLDPTTVS YIFCISRTIG MVVNGPIPD ARNAALRAKA EAAEFRYKYG YDMPCDVLAK RMANLSQIYT QRAYMRPLGV ILTFVSVDEE LGPSIYKTDP A GYYVGYKA ...文字列:
MSGAAAASAA GYDRHITIFS PEGRLYQVEY AFKATNQTNI NSLAVRGKDC TVVISQKKVP DKLLDPTTVS YIFCISRTIG MVVNGPIPD ARNAALRAKA EAAEFRYKYG YDMPCDVLAK RMANLSQIYT QRAYMRPLGV ILTFVSVDEE LGPSIYKTDP A GYYVGYKA TATGPKQQEI TTNLENHFKK SKIDHINEES WEKVVEFAIT HMIDALGTEF SKNDLEVGVA TKDKFFTLSA EN IEERLVA IAEQD

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-1

+
分子 #2: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.191828 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTDRYSFSLT TFSPSGKLGQ IDYALTAVKQ GVTSLGIKAT NGVVIATEKK SSSPLAMSET LSKVSLLTPD IGAVYSGMGP DYRVLVDKS RKVAHTSYKR IYGEYPPTKL LVSEVAKIMQ EATQSGGVRP FGVSLLIAGH DEFNGFSLYQ VDPSGSYFPW K ATAIGKGS ...文字列:
MTDRYSFSLT TFSPSGKLGQ IDYALTAVKQ GVTSLGIKAT NGVVIATEKK SSSPLAMSET LSKVSLLTPD IGAVYSGMGP DYRVLVDKS RKVAHTSYKR IYGEYPPTKL LVSEVAKIMQ EATQSGGVRP FGVSLLIAGH DEFNGFSLYQ VDPSGSYFPW K ATAIGKGS VAAKTFLEKR WNDELELEDA IHIALLTLKE SVEGEFNGDT IELAIIGDEN PDLLGYTGIP TDKGPRFRKL TS QEINDRL EAL

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-2

+
分子 #3: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.74823 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGSRRYDSRT TIFSPEGRLY QVEYALESIS HAGTAIGIMA SDGIVLAAER KVTSTLLEQD TSTEKLYKLN DKIAVAVAGL TADAEILIN TARIHAQNYL KTYNEDIPVE ILVRRLSDIK QGYTQHGGLR PFGVSFIYAG YDDRYGYQLY TSNPSGNYTG W KAISVGAN ...文字列:
MGSRRYDSRT TIFSPEGRLY QVEYALESIS HAGTAIGIMA SDGIVLAAER KVTSTLLEQD TSTEKLYKLN DKIAVAVAGL TADAEILIN TARIHAQNYL KTYNEDIPVE ILVRRLSDIK QGYTQHGGLR PFGVSFIYAG YDDRYGYQLY TSNPSGNYTG W KAISVGAN TSAAQTLLQM DYKDDMKVDD AIELALKTLS KTTDSSALTY DRLEFATIRK GANDGEVYQK IFKPQEIKDI LV KTGITKK DEDEEADEDM K

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-3

+
分子 #4: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.478111 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSGYDRALSI FSPDGHIFQV EYALEAVKRG TCAVGVKGKN CVVLGCERRS TLKLQDTRIT PSKVSKIDSH VVLSFSGLNA DSRILIEKA RVEAQSHRLT LEDPVTVEYL TRYVAGVQQR YTQSGGVRPF GVSTLIAGFD PRDDEPKLYQ TEPSGIYSSW S AQTIGRNS ...文字列:
MSGYDRALSI FSPDGHIFQV EYALEAVKRG TCAVGVKGKN CVVLGCERRS TLKLQDTRIT PSKVSKIDSH VVLSFSGLNA DSRILIEKA RVEAQSHRLT LEDPVTVEYL TRYVAGVQQR YTQSGGVRPF GVSTLIAGFD PRDDEPKLYQ TEPSGIYSSW S AQTIGRNS KTVREFLEKN YDRKEPPATV EECVKLTVRS LLEVVQTGAK NIEITVVKPD SDIVALSSEE INQYVTQIEQ EK QEQQEQD KKKKSNH

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-4

+
分子 #5: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.649086 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFLTRSEYDR GVSTFSPEGR LFQVEYSLEA IKLGSTAIGI ATKEGVVLGV EKRATSPLLE SDSIEKIVEI DRHIGCAMSG LTADARSMI EHARTAAVTH NLYYDEDINV ESLTQSVCDL ALRFGEGASG EERLMSRPFG VALLIAGHDA DDGYQLFHAE P SGTFYRYN ...文字列:
MFLTRSEYDR GVSTFSPEGR LFQVEYSLEA IKLGSTAIGI ATKEGVVLGV EKRATSPLLE SDSIEKIVEI DRHIGCAMSG LTADARSMI EHARTAAVTH NLYYDEDINV ESLTQSVCDL ALRFGEGASG EERLMSRPFG VALLIAGHDA DDGYQLFHAE P SGTFYRYN AKAIGSGSEG AQAELLNEWH SSLTLKEAEL LVLKILKQVM EEKLDENNAQ LSCITKQDGF KIYDNEKTAE LI KELKEKE AAESPEEADV EMS

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-5

+
分子 #6: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.634 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFRNNYDGDT VTFSPTGRLF QVEYALEAIK QGSVTVGLRS NTHAVLVALK RNADELSSYQ KKIIKCDEHM GLSLAGLAPD ARVLSNYLR QQCNYSSLVF NRKLAVERAG HLLCDKAQKN TQSYGGRPYG VGLLIIGYDK SGAHLLEFQP SGNVTELYGT A IGARSQGA ...文字列:
MFRNNYDGDT VTFSPTGRLF QVEYALEAIK QGSVTVGLRS NTHAVLVALK RNADELSSYQ KKIIKCDEHM GLSLAGLAPD ARVLSNYLR QQCNYSSLVF NRKLAVERAG HLLCDKAQKN TQSYGGRPYG VGLLIIGYDK SGAHLLEFQP SGNVTELYGT A IGARSQGA KTYLERTLDT FIKIDGNPDE LIKAGVEAIS QSLRDESLTV DNLSIAIVGK DTPFTIYDGE AVAKYI

UniProtKB: Proteasome subunit alpha type-6

+
分子 #7: Probable proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Probable proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 31.575068 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTSIGTGYDL SNSVFSPDGR NFQVEYAVKA VENGTTSIGI KCNDGVVFAV EKLITSKLLV PQKNVKIQVV DRHIGCVYSG LIPDGRHLV NRGREEAASF KKLYKTPIPI PAFADRLGQY VQAHTLYNSV RPFGVSTIFG GVDKNGAHLY MLEPSGSYWG Y KGAATGKG ...文字列:
MTSIGTGYDL SNSVFSPDGR NFQVEYAVKA VENGTTSIGI KCNDGVVFAV EKLITSKLLV PQKNVKIQVV DRHIGCVYSG LIPDGRHLV NRGREEAASF KKLYKTPIPI PAFADRLGQY VQAHTLYNSV RPFGVSTIFG GVDKNGAHLY MLEPSGSYWG Y KGAATGKG RQSAKAELEK LVDHHPEGLS AREAVKQAAK IIYLAHEDNK EKDFELEISW CSLSETNGLH KFVKGDLLQE AI DFAQKEI NGDDDEDEDD SDNVMSSDDE NAPVATNANA TTDQEGDIHL E

UniProtKB: Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase

+
分子 #8: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.299889 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAGLSFDNYQ RNNFLAENSH TQPKATSTGT TIVGVKFNNG VVIAADTRST QGPIVADKNC AKLHRISPKI WCAGAGTAAD TEAVTQLIG SNIELHSLYT SREPRVVSAL QMLKQHLFKY QGHIGAYLIV AGVDPTGSHL FSIHAHGSTD VGYYLSLGSG S LAAMAVLE ...文字列:
MAGLSFDNYQ RNNFLAENSH TQPKATSTGT TIVGVKFNNG VVIAADTRST QGPIVADKNC AKLHRISPKI WCAGAGTAAD TEAVTQLIG SNIELHSLYT SREPRVVSAL QMLKQHLFKY QGHIGAYLIV AGVDPTGSHL FSIHAHGSTD VGYYLSLGSG S LAAMAVLE SHWKQDLTKE EAIKLASDAI QAGIWNDLGS GSNVDVCVME IGKDAEYLRN YLTPNVREEK QKSYKFPRGT TA VLKESIV NICDIQEEQV DITA

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-2

+
分子 #9: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 22.627842 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSDPSSINGG IVVAMTGKDC VAIACDLRLG SQSLGVSNKF EKIFHYGHVF LGITGLATDV TTLNEMFRYK TNLYKLKEER AIEPETFTQ LVSSSLYERR FGPYFVGPVV AGINSKSGKP FIAGFDLIGC IDEAKDFIVS GTASDQLFGM CESLYEPNLE P EDLFETIS ...文字列:
MSDPSSINGG IVVAMTGKDC VAIACDLRLG SQSLGVSNKF EKIFHYGHVF LGITGLATDV TTLNEMFRYK TNLYKLKEER AIEPETFTQ LVSSSLYERR FGPYFVGPVV AGINSKSGKP FIAGFDLIGC IDEAKDFIVS GTASDQLFGM CESLYEPNLE P EDLFETIS QALLNAADRD ALSGWGAVVY IIKKDEVVKR YLKMRQD

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-3

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分子 #10: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 22.545676 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDIILGIRVQ DSVILASSKA VTRGISVLKD SDDKTRQLSP HTLMSFAGEA GDTVQFAEYI QANIQLYSIR EDYELSPQAV SSFVRQELA KSIRSRRPYQ VNVLIGGYDK KKNKPELYQI DYLGTKVELP YGAHGYSGFY TFSLLDHHYR PDMTTEEGLD L LKLCVQEL ...文字列:
MDIILGIRVQ DSVILASSKA VTRGISVLKD SDDKTRQLSP HTLMSFAGEA GDTVQFAEYI QANIQLYSIR EDYELSPQAV SSFVRQELA KSIRSRRPYQ VNVLIGGYDK KKNKPELYQI DYLGTKVELP YGAHGYSGFY TFSLLDHHYR PDMTTEEGLD L LKLCVQEL EKRMPMDFKG VIVKIVDKDG IRQVDDFQAQ

UniProtKB: Proteasome subunit beta type-4

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分子 #11: Proteasome activator BLM10

分子名称: Proteasome activator BLM10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 246.282375 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTANNDDDIK SPIPITNKTL SQLKRFERSP GRPSSSQGEI KRKKSRLYAA DGRPHSPLRA RSATPTLQDQ KLFNGMDSTS LLNERLQHY TLDYVSDRAQ HMKNIYDPSS RWFSRSVRPE FPIEEFLPYK TESHEDQAKY LCHVLVNLYI AISSLDIQGL I SISSKDLA ...文字列:
MTANNDDDIK SPIPITNKTL SQLKRFERSP GRPSSSQGEI KRKKSRLYAA DGRPHSPLRA RSATPTLQDQ KLFNGMDSTS LLNERLQHY TLDYVSDRAQ HMKNIYDPSS RWFSRSVRPE FPIEEFLPYK TESHEDQAKY LCHVLVNLYI AISSLDIQGL I SISSKDLA DLKKEVDDLA LKTDLFRLSN NTAENDLLGN DIADYDDAEG LEDELDEYFD LAGPDFNATG KITAKSATIV NV NHWTNEL KNCLHFDFPV ALRKSLATVY YYLSLVQGQK VYRQMHVDMF ERLVSLDDDR TNFTELLQKQ GLLLDHQIML NFL CEFLPY PDPDYARYEL SSKEDLQLFR LLLKHAHNAK PFFDKSKESL LVDTMNFLLS SLAPSTMMAV MPIVTSVVPY HYHI HSKII DYFPFCYSIW SSVSANVAID THMYDFVGSI SKDVHNKILS SEHEKDVVGV EFGEFGIFTD DQMTFMFNRL QGHLR TDGQ IHSYSRTVKP FVYAINGSKK DRFFEKLVSL AKAIETFIHP SNNGFWTKPN AKFVHAFIKS YHGRVKYEED ICARGV TNG ICLTSFCHEE IVEIFLNIIS LGSQNKNPDI ANYYISCFAY LLELDPSNAY LIYDKILIDL YDTLADQFIN SRHRIIS SL KQFTRVIRFI VMDKLYRVHI TNVLSMLVSK LDMNDTNLTS NLINGIVSIA AFIPIQDLTG EDDYISFESD TLPLVQQH F YHIKCGESSK TFRVDDELLN NAFKASTTVF QSMLKVYVEK IFQLVDVDLE DSLVTKINQT TMILQESMDD KIFNYFASL LQRNFWSNDS FKEKDPNYEL VTIPLAALVR RNNGLSKELV RTLLFHIKEQ IKRGAGSVRS TSEIQQRDVK LVLYLTALND VLRQCHESL LEYSDELITF MKYLYDNVTN PPLDVITSIV IHSALATLCT TEITDCRLFP EDSKIPEKDR WGGLQFDPRR F DKQHLSFQ WHVPSSDEIT LSISILESLS EYCINNVEEL MKAPRHDSEY GDMIQKYVLV MTHTLSGSSL LFDPDFNKYR TQ SNLSYRE KLILLKNIRE NNCDPQELDI DIEQIRSGKD DEDYIESKDI EAGLNAGVSD VVQLRDEFPD ELIVDEEVVS EMP SGVNTP IAGTHGTDNS AMSSDLAFRD LDIYTCNYYF GNTTEEKLQN PQYLQVHRVR ARIGHFFHKL YVFLSTNFEN NTNM FQILL HGLKVWFTDL GQETVFNEDP NAFIDVDFLE NVQSLSHVNE PFTRTNFAIR ANSLHQSRVL LHSTNRKASK LENLL LVDI IQLATSLYPD IYKPAQGTLV HCMKQLVGSY GVVINKIIPS LEKAIKDHDY MKIQVILNVL LIKKIHRKLM TDYKDI GRL IFLLIECCRV NELEIGMYAD KILTDIVIGI KIPSSVCVIS DQAFLPLAPP DGTINLQVEA VKLAKKKKRE YYLSLLV DL QDKLLDKLDN EKDMGWKIRM FILRFVTQIQ SNLESKPDKR AVFSIISQIS TKHPEIIHLV VKSLLSTCNK IISLSDYE Y DITRAYKNEF NPSFVEILDT STTSFPKTFT EEMNNFDNPK YFIDLRAYVG WLCWGRLMYV MSPKALKLNL RENELEVLK TAGHLLTREF LRDVTMNLVQ DNETRGVFSS GNVSFFSLVI LLISSGFCEL NMSDLFELCE SYYNKDDKAS MIMSVEIVAG LVCGSKFMS VSDLDKRDTF IENFLAKCLD YELNHDAFEI WSTLAWWLPA VVDLRRSKTF FCHFINADGM FDRESDAATH Q TSKIYMLR SILMSMEFRA PDVGKLFDEL VFDHPYDQVR QAVAKLLTTL VQNQSNPSIS DPTTLLEAER NDPDGLGLPL KS VPEKVDA YIKKQFEIIK NLEDSVVGLN PQQFIKTDYF YRTSTIFYWI KEMARGPNKV LLVPYLVDYV LPFLIGLVKH KDV CALASL DPVRLYAGLG YMPIRKNHVA AIVDYVCSSN VALSSNQTKL QLAFIQHFLS AELLQLTEEE KNKILEFVVS NLYN EQFVE VRVRAASILS DIVHNWKEEQ PLLSLIERFA KGLDVNKYTS KERQKLSKTD IKIHGNVLGL GAIISAFPYV FPLPP WIPK QLSNLSSWAR TSGMTGQAAK NTISEFKKVR ADTWKFDRAS FNTEELEDLE GVLWRSYYA

UniProtKB: Proteasome activator BLM10

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分子 #12: Proteasome maturation factor UMP1,Myosin light chain kinase 2, sk...

分子名称: Proteasome maturation factor UMP1,Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: myosin-light-chain kinase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 22.753646 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNIVPQDTFK SQVSTDQDKS VLSSAVPSLP DTLRQQEGGA VPLSTQLNDR HPLESTLKNW ETTQRQRQME QYRQIFGIAE PMKRTMEME IVNRTDFNPL STNGSIHRDI LLNKECSIDW EDVYPGTGLQ ASTMVGDDVH SKIEKQLGIG RRIPGLINPW K RRWKKNFI ...文字列:
MNIVPQDTFK SQVSTDQDKS VLSSAVPSLP DTLRQQEGGA VPLSTQLNDR HPLESTLKNW ETTQRQRQME QYRQIFGIAE PMKRTMEME IVNRTDFNPL STNGSIHRDI LLNKECSIDW EDVYPGTGLQ ASTMVGDDVH SKIEKQLGIG RRIPGLINPW K RRWKKNFI AVSAANRFKK ISSSGALDYD IPTTASENLY FQ

UniProtKB: Proteasome maturation factor UMP1, Myosin light chain kinase 2, skeletal/cardiac muscle

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H12NO3ClTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
5.0 mMMgCl2Magnesium dichloride
2.0 mMC14H24N2O10EGTA
1.0 mMC14H9Cl5Dichlorodiphenyltrichloroethane

詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 5 mM MgCl2, 2 mM EGTA, 1 mM DDT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.042 kPa / 詳細: 0.42 mBar, 15mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 58 / 平均電子線量: 1.034 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4058518
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 586158
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4v7o

chain_id: CA, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4v7o

chain_id: DA, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4v7o

chain_id: EA, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7lsx

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7lsx

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7lsx

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7lsx

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7lsx

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7lsx

chain_id: F, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7lsx

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7lsx

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7lsx

chain_id: I, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7lsx

chain_id: J, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7lsx

chain_id: K, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 120.13
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9d0t:
Core particle assembly intermediate 1 purified from Saccharomyces cerevisiae

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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