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万見
- EMDB-46292: A non-averaged 3D density map of an individual particle, with a 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46292
タイトルA non-averaged 3D density map of an individual particle, with a 2D lattice formed by octahedral DNA origami and ferritin, was revealed by individual particle cryo-electron tomography (Particle #223).
マップデータ
試料
  • 複合体: 2D lattice of octahedral DNA origami without ferritin
キーワードNon-averaged structure / individual particle cryo-electron tomography / IPET / cryo-ET / structural flexibility / DNA origami / 2D lattice / DNA-protein lattice. / DNA
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 73.0 Å
データ登録者Liu J / Ren G
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL115153 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM104427 米国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01MH077303 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK042667 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Non-averaged 3D structure of low-ordered 2D lattice revealed by individual-particle cryo-electron tomography
著者: Liu J / Zhang M / Wang S / Hu Z / Wu H / Gang O / Ren G
履歴
登録2024年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46292.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.92 Å/pix.
x 256 pix.
= 747.52 Å		2.92 Å/pix.
x 256 pix.
= 747.52 Å		2.92 Å/pix.
x 256 pix.
= 747.52 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-1.0398229 - 3.2497618
平均 (標準偏差)0.0768035 (±0.29337168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 747.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 2D lattice of octahedral DNA origami without ferritin

全体名称: 2D lattice of octahedral DNA origami without ferritin
要素
  • 複合体: 2D lattice of octahedral DNA origami without ferritin

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超分子 #1: 2D lattice of octahedral DNA origami without ferritin

超分子名称: 2D lattice of octahedral DNA origami without ferritin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The octahedral DNA origami was folded by mixing 20 nM of M13mp18 scaffold DNA and 100 nM of each staple oligonucleotide in TAE buffer containing 12.5 mM MgCl2. The mixed solution was slowly ...詳細: The octahedral DNA origami was folded by mixing 20 nM of M13mp18 scaffold DNA and 100 nM of each staple oligonucleotide in TAE buffer containing 12.5 mM MgCl2. The mixed solution was slowly cooled down and purified. The octahedral DNA origami was mixed in TAE/MgCl2 buffer, then the mixed solution was slowly cooled to room temperature.
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態2D array

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試料調製

緩衝液pH: 8.6
構成要素:
濃度名称式
40.0 mMTris
20.0 mMAcetate
1.0 mMEDTA
12.5 mMMagnesium dichlorideMgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細The octahedral DNA origami was folded by mixing 20 nM of M13mp18 scaffold DNA and 100 nM of each staple oligonucleotide in TAE buffer containing 12.5 mM MgCl2. The mixed solution was slowly cooled down and purified. The octahedral DNA origami was mixed in TAE/MgCl2 buffer, then the mixed solution was slowly cooled to room temperature.
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 79.0 K / 最高: 80.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 35 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 6.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 53000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Motion correction of the multi-frame movie was conducted using MotionCor2. The tilt series of whole micrographs were initially aligned with IMOD. Additionally, to reduce image noise, the tilt series underwent further processing with a machine learning approach, a median filter process, and a contrast enhancement method.
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 73.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IPET
詳細: The resolution was measured using FSC curves from two half-maps reconstructed with even and odd tilt angles at FSC=0.5
使用した粒子像数: 1
CTF補正ソフトウェア: (名称: Gctf, TOMOCTF)
詳細: The Contrast Transfer Function (CTF) was determined by Gctf and then corrected by TOMOCTF.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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