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- EMDB-4616: Structural basis of cohesin ring opening -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4616
タイトルStructural basis of cohesin ring opening
マップデータ
試料
  • 複合体: Cohesin ATPase head module
    • 複合体: Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein
    • 複合体: Sister chromatid cohesion protein 1, Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
機能・相同性
機能・相同性情報


Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic cohesin complex / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / synaptonemal complex assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / meiotic sister chromatid cohesion / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange ...Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / meiotic cohesin complex / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / synaptonemal complex assembly / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / meiotic sister chromatid cohesion / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / reciprocal meiotic recombination / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / protein acetylation / chromosome, centromeric region / condensed nuclear chromosome / G2/M transition of mitotic cell cycle / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / cell division / DNA damage response / chromatin binding / apoptotic process / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge ...Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural maintenance of chromosomes protein / Structural maintenance of chromosomes protein 3 / Sister chromatid cohesion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Panne D / Muir KW / Li Y / Weis F
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: The structure of the cohesin ATPase elucidates the mechanism of SMC-kleisin ring opening.
著者: Kyle W Muir / Yan Li / Felix Weis / Daniel Panne /
要旨: Genome regulation requires control of chromosome organization by SMC-kleisin complexes. The cohesin complex contains the Smc1 and Smc3 subunits that associate with the kleisin Scc1 to form a ring- ...Genome regulation requires control of chromosome organization by SMC-kleisin complexes. The cohesin complex contains the Smc1 and Smc3 subunits that associate with the kleisin Scc1 to form a ring-shaped complex that can topologically engage chromatin to regulate chromatin structure. Release from chromatin involves opening of the ring at the Smc3-Scc1 interface in a reaction that is controlled by acetylation and engagement of the Smc ATPase head domains. To understand the underlying molecular mechanisms, we have determined the 3.2-Å resolution cryo-electron microscopy structure of the ATPγS-bound, heterotrimeric cohesin ATPase head module and the 2.1-Å resolution crystal structure of a nucleotide-free Smc1-Scc1 subcomplex from Saccharomyces cerevisiae and Chaetomium thermophilium. We found that ATP-binding and Smc1-Smc3 heterodimerization promote conformational changes within the ATPase that are transmitted to the Smc coiled-coil domains. Remodeling of the coiled-coil domain of Smc3 abrogates the binding surface for Scc1, thus leading to ring opening at the Smc3-Scc1 interface.
履歴
登録2019年2月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月3日-
マップ公開2020年2月5日-
更新2020年3月18日-
現状2020年3月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qpw
  • 表面レベル: 0.008
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4616.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4616.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 350 pix.
= 283.5 Å		0.81 Å/pix.
x 350 pix.
= 283.5 Å		0.81 Å/pix.
x 350 pix.
= 283.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大-0.05741336 - 0.10685454
平均 (標準偏差)0.00004681285 (±0.0011952366)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 283.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.810.810.81
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z283.500283.500283.500
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ29921935
NX/NY/NZ271234450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.0570.1070.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cohesin ATPase head module

全体名称: Cohesin ATPase head module
要素
  • 複合体: Cohesin ATPase head module
    • 複合体: Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein
    • 複合体: Sister chromatid cohesion protein 1, Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3
      • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Cohesin ATPase head module

超分子名称: Cohesin ATPase head module / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintena...

超分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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超分子 #3: Sister chromatid cohesion protein 1, Structural maintenance of ch...

超分子名称: Sister chromatid cohesion protein 1, Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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分子 #1: Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintena...

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 27.570475 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGKLIRLELF NFKSYKGHHT LLFGDSYFTS IIGPNGSGKS NSMDAISFVL GIKSSHLRSS NLRDLIYRGR VMKTSKIQDD GTTAPATNG DVNGYENGDA GDDEDTSQRT SRNDPKTAWV MAVYEDDAGE LHRWKRTITA NGTSEYRIND RVVNAQQYNE A LEKENILI ...文字列:
MGKLIRLELF NFKSYKGHHT LLFGDSYFTS IIGPNGSGKS NSMDAISFVL GIKSSHLRSS NLRDLIYRGR VMKTSKIQDD GTTAPATNG DVNGYENGDA GDDEDTSQRT SRNDPKTAWV MAVYEDDAGE LHRWKRTITA NGTSEYRIND RVVNAQQYNE A LEKENILI KARNFLVFQG DVEAIASQSP QDLTRLIEQI SGSLEYKEEY ERLEEEVRQA TEEQAYKLQR RRAANSEIKQ YM EQ

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分子 #2: Sister chromatid cohesion protein 1

分子名称: Sister chromatid cohesion protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 9.48994 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MASKAIVQMA KILRKELSEE KEVIFTDVLK SQANTEPENI TKREASRGFF DILSLATEGC IGLSQTEAFG NIKIDAKPAL FERFI

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分子 #3: Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural mainte...

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 3,Structural maintenance of chromosomes protein 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 61.051789 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAYIKRVIIK GFKTYRNETI IDNFSPHQNV IIGSNGSGKS NFFAAIRFVL SDDYSNLKRE ERQGLIHQGS GGSVMSASVE IVFHDPDHS MILPSGVLSR GDDEVTIRRT VGLKKDDYQL NDRNVTKGDI VRMLETAGFS MNNPYNIVPQ GKIVALTNAK D KERLQLLE ...文字列:
MAYIKRVIIK GFKTYRNETI IDNFSPHQNV IIGSNGSGKS NFFAAIRFVL SDDYSNLKRE ERQGLIHQGS GGSVMSASVE IVFHDPDHS MILPSGVLSR GDDEVTIRRT VGLKKDDYQL NDRNVTKGDI VRMLETAGFS MNNPYNIVPQ GKIVALTNAK D KERLQLLE DVVGAKSFEV KLKASLKKME ETEQKKIQIN KEMGELNSKL SEMEQERKEL EKYNELERNR KIYQFTLYDR EL NEVINQM ERLDGDYNNT VYSSESSKHP TSLVPRGSDI TSDQLLQRLN DMNTEISGLK NVNKRAFENF KKFNERRKDL AER ASELDE SKDSIQDLIV KLKQQKVNAV DSTFQKVSEN FEAVFERLVP RGTAKLIIHR KNDNANDHDE SIDVDMDAES NESQ NGKDS EIMYTGVSIS VSFNSKQNEQ LHVEQLSGGQ KTVCAIALIL AIQMVDPASF YLFDEIDACL DKQYRTAVAT LLKEL SKNA QFICTTFRTD MLQVADKFFR VKYECKISTV IEVNREEAIG FIRGSNKFAE V

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分子 #4: Sister chromatid cohesion protein 1,Structural maintenance of chr...

分子名称: Sister chromatid cohesion protein 1,Structural maintenance of chromosomes protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 42.292125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MVTENPQRLT VLRLATNKGP LAQIWLASNM SNIPRGSVIQ THIAESAKEI AKASGSDDES GDNEYITLRT SGELLQGIVR VYSKQATFL LTDIKDTLTK ISMLFKTSQK MTSTVNRLNT VTRVHQLMLE DAVTEREVLV TPGLEFLDDT TIPVGLMAQE N PNLRAMDR ...文字列:
MVTENPQRLT VLRLATNKGP LAQIWLASNM SNIPRGSVIQ THIAESAKEI AKASGSDDES GDNEYITLRT SGELLQGIVR VYSKQATFL LTDIKDTLTK ISMLFKTSQK MTSTVNRLNT VTRVHQLMLE DAVTEREVLV TPGLEFLDDT TIPVGLMAQE N PNLRAMDR LDHVRKQLEQ TEQEFEASKA KLRQARESFQ AVKQKRLELF NKAFTHIQEQ ITHVYKELTR SEAYPLGGQA YL DIEEDTD TPFLSGVKYH AMPPCKRFRD MEHLSGGEKT MAALALLFAI HSYQPSPFFV LDEVDCALDN ANVEKIKKYI REH AGPGMQ FIVISLKPAL FQASESLIGV YRDQEANTSR TLTLDLRKYR HHHHHH

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 42.08 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1b) / 使用した粒子像数: 178162
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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