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万見
- EMDB-4601: In situ defocus subtomogram average of phycobilisome array from S... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4601
タイトルIn situ defocus subtomogram average of phycobilisome array from Synechocystis sp. PCC 6803
マップデータIn situ defocus subtomogram average of phycobilisome array from Synechocystis sp. PCC 6803
試料
  • 複合体: In situ defocus subtomogram average of phycobilisome array from Synechocystis
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.6 Å
データ登録者Rast A / Wan W / Pfeffer S / Engel BD
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Biogenic regions of cyanobacterial thylakoids form contact sites with the plasma membrane.
著者: Anna Rast / Miroslava Schaffer / Sahradha Albert / William Wan / Stefan Pfeffer / Florian Beck / Jürgen M Plitzko / Jörg Nickelsen / Benjamin D Engel /
要旨: Little is known about how the photosynthetic machinery is arranged in time and space during the biogenesis of thylakoid membranes. Using in situ cryo-electron tomography to image the three- ...Little is known about how the photosynthetic machinery is arranged in time and space during the biogenesis of thylakoid membranes. Using in situ cryo-electron tomography to image the three-dimensional architecture of the cyanobacterium Synechocystis, we observed that the tips of multiple thylakoids merge to form a substructure called the 'convergence membrane'. This high-curvature membrane comes into close contact with the plasma membrane at discrete sites. We generated subtomogram averages of 70S ribosomes and array-forming phycobilisomes, then mapped these structures onto the native membrane architecture as markers for protein synthesis and photosynthesis, respectively. This molecular localization identified two distinct biogenic regions in the thylakoid network: thylakoids facing the cytosolic interior of the cell that were associated with both marker complexes, and convergence membranes that were decorated by ribosomes but not phycobilisomes. We propose that the convergence membranes perform a specialized biogenic function, coupling the synthesis of thylakoid proteins with the integration of cofactors from the plasma membrane and the periplasmic space.
履歴
登録2019年2月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
マップ公開2019年2月20日-
更新2019年4月17日-
現状2019年4月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4601.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4601.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In situ defocus subtomogram average of phycobilisome array from Synechocystis sp. PCC 6803
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 875.52 Å		3.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 875.52 Å		3.42 Å/pix.
x 256 pix.
= 875.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055 / ムービー #1: 0.065
最小 - 最大-0.40795508 - 0.38164684
平均 (標準偏差)-0.001255502 (±0.10330404)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 875.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.423.423.42
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z875.520875.520875.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.4080.382-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : In situ defocus subtomogram average of phycobilisome array from S...

全体名称: In situ defocus subtomogram average of phycobilisome array from Synechocystis
要素
  • 複合体: In situ defocus subtomogram average of phycobilisome array from Synechocystis

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超分子 #1: In situ defocus subtomogram average of phycobilisome array from S...

超分子名称: In situ defocus subtomogram average of phycobilisome array from Synechocystis
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Each unit of the array has a molecular weight of ~6 MDa.
由来(天然)生物種: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 細胞中の位置: Cytosol
分子量理論値: 30 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time: 10 sec Blot force: 10.
詳細Vitrious Synechocystis cell milled with a Ga2+ focused ion beam.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 12 frames per second. Higher tilts had longer exposures.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.006 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.004 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: Averaging was performed with STOPGAP 0.3.1 / 使用したサブトモグラム数: 1710
抽出トモグラム数: 20 / 使用した粒子像数: 3850 / ソフトウェア - 名称: PyTom (ver. 0.97)
詳細: Template matching followed by oversampling of splines along arrays. Duplicate points were removed following the alignment process.
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9)
最終 角度割当タイプ: OTHER / 詳細: Template matching with PyTom

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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