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- EMDB-46006: Outward-facing cyclosporine A-bound OATP1B1 with sybody 5 (Sb5) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46006
タイトルOutward-facing cyclosporine A-bound OATP1B1 with sybody 5 (Sb5)
マップデータ
試料
  • 複合体: Outward-facing cyclosporine A-bound OATP1B1 with sybody 5
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1
    • タンパク質・ペプチド: Sybody 5
  • タンパク質・ペプチド: Cyclosporin A
キーワードsolute carrier / sybody / membrane protein / drug-drug interactions / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLCO1B1 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / heme catabolic process / Atorvastatin ADME / organic anion transmembrane transporter activity ...Defective SLCO1B1 causes hyperbilirubinemia, Rotor type (HBLRR) / Transport of organic anions / sodium-independent organic anion transport / sodium-independent organic anion transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / prostaglandin transmembrane transporter activity / organic anion transport / heme catabolic process / Atorvastatin ADME / organic anion transmembrane transporter activity / bile acid transmembrane transporter activity / Heme degradation / bile acid and bile salt transport / Recycling of bile acids and salts / monoatomic ion transport / xenobiotic metabolic process / basal plasma membrane / basolateral plasma membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier organic anion transporter family member 1B1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Sung MW / Lees JA / Han S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Cyclosporine A sterically inhibits statin transport by solute carrier OATP1B1.
著者: Min Woo Sung / Kuan Hu / Lea M Hurlimann / Joshua A Lees / Kimberly F Fennell / Mark A West / Chester Costales / Amilcar David Rodrigues / Iwan Zimmermann / Roger J P Dawson / Shenping Liu / Seungil Han /
要旨: Members of the Organic Anion Transporter Polypeptides (OATP) are integral membrane proteins responsible for facilitating the transport of organic anions across the cell membrane. OATP1B1 (SLCO1B1), ...Members of the Organic Anion Transporter Polypeptides (OATP) are integral membrane proteins responsible for facilitating the transport of organic anions across the cell membrane. OATP1B1 (SLCO1B1), the prototypic OATP family member, is the most abundant uptake transporter in the liver and a key mediator of the hepatic uptake and clearance of numerous endogenous and xenobiotic compounds. It serves as a locus of important drug-drug interactions, such as those between statins and cyclosporine A, and carries the potential to enable liver-targeting therapeutics. In this study, we report cryo-EM structures of OATP1B1 and its complexes with one of its statin substrates, atorvastatin, and an inhibitor, cyclosporine A. This structural analysis has yielded insights into the mechanisms underlying the OATP1B1-mediated transport of statins and the inhibitory effect of cyclosporine A. These findings contribute to a better understanding of the molecular processes involved in drug transport and offer potential avenues for the development of targeted medications for liver-related conditions.
履歴
登録2024年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月16日-
マップ公開2025年4月16日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46006.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46006.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 263.76 Å		1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 263.76 Å		1.1 Å/pix.
x 240 pix.
= 263.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

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断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.099 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.8286686 - 1.5281332
平均 (標準偏差)0.00024304156 (±0.024402058)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 263.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46006_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46006_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Outward-facing cyclosporine A-bound OATP1B1 with sybody 5

全体名称: Outward-facing cyclosporine A-bound OATP1B1 with sybody 5
要素
  • 複合体: Outward-facing cyclosporine A-bound OATP1B1 with sybody 5
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1
    • タンパク質・ペプチド: Sybody 5
  • タンパク質・ペプチド: Cyclosporin A

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超分子 #1: Outward-facing cyclosporine A-bound OATP1B1 with sybody 5

超分子名称: Outward-facing cyclosporine A-bound OATP1B1 with sybody 5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1

分子名称: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 79.880977 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHHHH HDYKDDDDKE NLYFQGMDQN QHLNKTAEAQ PSENKKTRYC NGLKMFLAAL SLSFIAKTLG AIIMKSSIIH IERRFEISS SLVGFIDGSF EIGNLLVIVF VSYFGSKLHR PKLIGIGCFI MGIGGVLTAL PHFFMGYYRY SKETNINSSE N STSTLSTC ...文字列:
MHHHHHHHHH HDYKDDDDKE NLYFQGMDQN QHLNKTAEAQ PSENKKTRYC NGLKMFLAAL SLSFIAKTLG AIIMKSSIIH IERRFEISS SLVGFIDGSF EIGNLLVIVF VSYFGSKLHR PKLIGIGCFI MGIGGVLTAL PHFFMGYYRY SKETNINSSE N STSTLSTC LINQILSLNR ASPEIVGKGC LKESGSYMWI YVFMGNMLRG IGETPIVPLG LSYIDDFAKE GHSSLYLGIL NA IAMIGPI IGFTLGSLFS KMYVDIGYVD LSTIRITPTD SRWVGAWWLN FLVSGLFSII SSIPFFFLPQ TPNKPQKERK ASL SLHVLE TNDEKDQTAN LTNQGKNITK NVTGFFQSFK SILTNPLYVM FVLLTLLQVS SYIGAFTYVF KYVEQQYGQP SSKA NILLG VITIPIFASG MFLGGYIIKK FKLNTVGIAK FSCFTAVMSL SFYLLYFFIL CENKSVAGLT MTYDGNNPVT SHRDV PLSY CNSDCNCDES QWEPVCGNNG ITYISPCLAG CKSSSGNKKP IVFYNCSCLE VTGLQNRNYS AHLGECPRDD ACTRKF YFF VAIQVLNLFF SALGGTSHVM LIVKIVQPEL KSLALGFHSM VIRALGGILA PIYFGALIDT TCIKWSTNNC GTRGSCR TY NSTSFSRVYL GLSSMLRVSS LVLYIILIYA MKKKYQEKDI NASENGSVMD EANLESLNKN KHFVPSAGAD SETHC

UniProtKB: Solute carrier organic anion transporter family member 1B1

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分子 #2: Sybody 5

分子名称: Sybody 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.88551 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GSSSQVQLVE SGGGLVQAGG SLRLSCAASG FPVNLSYMHW YRQAPGKERE WVAAISSWGW HTEYADSVKG RFTISRDNAK NTVYLQMNS LKPEDTAVYY CHVRVGRSYF GQGTQVSVSA GRAGEQKLIS EEDLNSAVDH HHHHH

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分子 #3: Cyclosporin A

分子名称: Cyclosporin A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.220625 KDa
配列文字列:
(DAL)(MLE)(MLE)(MVA)(BMT)(ABA)(SAR)(MLE)V(MLE) A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 38974
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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