[日本語] English
万見
- EMDB-45988: Cryo-EM structure of the Rail RNA motif -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45988
タイトルCryo-EM structure of the Rail RNA motif
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Bacterial RaiA RNA motif
    • RNA: RNA (200-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードnon-coding RNA / cryo-EM / structural biology / RNA
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Rudolfs B / Haack DB / Toor N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM141706 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Scaffold-enabled high-resolution cryo-EM structure determination of RNA.
著者: Daniel B Haack / Boris Rudolfs / Shouhong Jin / Kevin M Weeks / Navtej Toor /
要旨: Cryo-EM structure determination of protein-free RNAs has remained difficult with most attempts yielding low to moderate resolution and lacking nucleotide-level detail. These difficulties are ...Cryo-EM structure determination of protein-free RNAs has remained difficult with most attempts yielding low to moderate resolution and lacking nucleotide-level detail. These difficulties are compounded for small RNAs as cryo-EM is inherently more difficult for lower molecular weight macromolecules. Here we present a strategy for fusing small RNAs to a group II intron that yields high resolution structures of the appended RNA, which we demonstrate with the 86-nucleotide thiamine pyrophosphate (TPP) riboswitch, and visualizing the riboswitch ligand binding pocket at 2.5 Å resolution. We also determined the structure of the ligand-free apo state and observe that the aptamer domain of the riboswitch undergoes a large-scale conformational change upon ligand binding, illustrating how small molecule binding to an RNA can induce large effects on gene expression. This study both sets a new standard for cryo-EM riboswitch visualization and offers a versatile strategy applicable to a broad range of small to moderate-sized RNAs, which were previously intractable for high-resolution cryo-EM studies.
履歴
登録2024年7月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_45988.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45988.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 325.632 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 325.632 Å		0.85 Å/pix.
x 384 pix.
= 325.632 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.848 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.175
最小 - 最大-0.2125182 - 0.66790056
平均 (標準偏差)-0.000113026384 (±0.008755612)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 325.632 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: Sharpened Map

ファイルemd_45988_additional_1.map
注釈Sharpened Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_45988_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_45988_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Bacterial RaiA RNA motif

全体名称: Bacterial RaiA RNA motif
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Bacterial RaiA RNA motif
    • RNA: RNA (200-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: Bacterial RaiA RNA motif

超分子名称: Bacterial RaiA RNA motif / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Clostridium acetobutylicum (バクテリア) / Synthetically produced: Yes

-
分子 #1: RNA (200-MER)

分子名称: RNA (200-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
分子量理論値: 192.022938 KDa
配列文字列: GUGUGCCCGG CAUGGGUGCA GUCUAUAGGG UGAGAGUCCC GAACUGUGAA GGCAGAAGUA ACAGUUAGCC UAACGCAAGG GUGUCCGUG GCGACAUGGA AUCUGAAGGA AGCGGACGGC AAACCUUCGG UCUGAGGAAC ACGAACUUCA UAUGAGGCUA G GUAUCAAU ...文字列:
GUGUGCCCGG CAUGGGUGCA GUCUAUAGGG UGAGAGUCCC GAACUGUGAA GGCAGAAGUA ACAGUUAGCC UAACGCAAGG GUGUCCGUG GCGACAUGGA AUCUGAAGGA AGCGGACGGC AAACCUUCGG UCUGAGGAAC ACGAACUUCA UAUGAGGCUA G GUAUCAAU GGAUGAGUUU GCAUAACAAA ACAAAGUCCU UUCUGCCAAA GUUGGUACAG AGUAAAUGAA GCAGAUUGAU GA AGGGAAA GACUGCAUUC UUACCCGGGG AGGUCUGAGC UUUCGAGCUC AGAAGUCAGC AGAAGUCAUA GUACCCUUAA GUU AGGUUU GUGGUUGAAA GUCGAUGCCA GUCGCAGGCA AAACGAUCCA CGUAAGUUAA ACAAAGUUUU AAUGAGCAUG GUGC GGCUU AGAAGUAAGU CCUGCCGCUU UAGGCGAGAG UAUUAGUAGU GAGAGGGUAA UUCCGGGUAG CGAAACUUCC AGCAG GCGA GUGUGGGGUC AAAGACCAGG UCAACUAACU UAAGGGGAAG GACGGAACAA GUAUGGCGUU CGCGCCAUGC UUGAAC CAC CGUAUACCGA ACGGUACGUA CGGUGGUGU

-
分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 22 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 308340
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る