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万見
- EMDB-4597: T=4 quasi symmetric bacterial microcompartment particle with one ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4597
タイトルT=4 quasi symmetric bacterial microcompartment particle with one missing pentameric EutN unit
マップデータ
試料
  • 複合体: bacterial microcompartment particles
    • タンパク質・ペプチド: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein
    • タンパク質・ペプチド: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.75 Å
データ登録者Kalnins G
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Encapsulation mechanisms and structural studies of GRM2 bacterial microcompartment particles.
著者: Gints Kalnins / Eva-Emilija Cesle / Juris Jansons / Janis Liepins / Anatolij Filimonenko / Kaspars Tars /
要旨: Bacterial microcompartments (BMCs) are prokaryotic organelles consisting of a protein shell and an encapsulated enzymatic core. BMCs are involved in several biochemical processes, such as choline, ...Bacterial microcompartments (BMCs) are prokaryotic organelles consisting of a protein shell and an encapsulated enzymatic core. BMCs are involved in several biochemical processes, such as choline, glycerol and ethanolamine degradation and carbon fixation. Since non-native enzymes can also be encapsulated in BMCs, an improved understanding of BMC shell assembly and encapsulation processes could be useful for synthetic biology applications. Here we report the isolation and recombinant expression of BMC structural genes from the Klebsiella pneumoniae GRM2 locus, the investigation of mechanisms behind encapsulation of the core enzymes, and the characterization of shell particles by cryo-EM. We conclude that the enzymatic core is encapsulated in a hierarchical manner and that the CutC choline lyase may play a secondary role as an adaptor protein. We also present a cryo-EM structure of a pT = 4 quasi-symmetric icosahedral shell particle at 3.3 Å resolution, and demonstrate variability among the minor shell forms.
履歴
登録2019年2月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月25日-
マップ公開2019年12月25日-
更新2020年2月12日-
現状2020年2月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0227
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0227
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4597.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4597.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.6 Å		1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.6 Å		1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0234 / ムービー #1: 0.0227
最小 - 最大-0.024936749 - 0.06889794
平均 (標準偏差)0.0023785545 (±0.010672679)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 393.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.600393.600393.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0250.0690.002

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_4597_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_4597_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : bacterial microcompartment particles

全体名称: bacterial microcompartment particles
要素
  • 複合体: bacterial microcompartment particles
    • タンパク質・ペプチド: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein
    • タンパク質・ペプチド: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein

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超分子 #1: bacterial microcompartment particles

超分子名称: bacterial microcompartment particles / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: bacterial microcompartment particle obtained by recombinant expression of pentameric EutN and hexameric cmcC subunits
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: MSCL535
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET-Duet1
分子量実験値: 2.55 MDa

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分子 #1: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein

分子名称: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MILAKVTGHV VATQKCDELR GSNLLLITRL DDKQQPMKDQ TWVAVDNVGA GMHDIVLAEE YFALNKDRYK AMSVVAIVEK VFRD

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分子 #2: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein

分子名称: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MKEALGLIET KGLVACIEAA DAMCKAANVE LIGYENVGSG LVTAMVKGDV GAVNAAVDSG VEAAKRIGEV VSSRVIARPH NDIEKIAG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaCl
20.0 mMTris-HCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4 seconds before plunging.
詳細Sample was purified with gel filtration

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 1316 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.4 µm / 倍率（公称値）: 120000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 62533
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Made in Relion 3.0 using stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 11639
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 5820 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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