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- EMDB-45968: Cryo EM structure of Nipah virus L-P polymerase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45968
タイトルCryo EM structure of Nipah virus L-P polymerase complex
マップデータ
試料
  • 複合体: L-P polymerase complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
キーワードNipah / virus / RNA polymerase. / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoprotein P region PNT disordered / Phosphoprotein P region PNT disordered / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain ...Phosphoprotein P region PNT disordered / Phosphoprotein P region PNT disordered / Paramyxovirus structural protein P/V, N-terminal domain / Paramyxovirus structural protein V/P N-terminus / Phosphoprotein P soyouz module / N-terminal region of Paramyxovirinae phosphoprotein (P) / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L / Phosphoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Henipavirus nipahense (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Deniston C / Buffalo C / Rohaim A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI171413 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo EM structure of Nipah virus L-P polymerase complex
著者: Deniston C / Buffalo C / Rohaim A
履歴
登録2024年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45968.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 416 pix.
= 357.76 Å		0.86 Å/pix.
x 416 pix.
= 357.76 Å		0.86 Å/pix.
x 416 pix.
= 357.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-4.6079535 - 6.1642785
平均 (標準偏差)0.00019318995 (±0.08472493)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 357.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45968_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_45968_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_45968_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : L-P polymerase complex

全体名称: L-P polymerase complex
要素
  • 複合体: L-P polymerase complex
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein

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超分子 #1: L-P polymerase complex

超分子名称: L-P polymerase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
分子量理論値: 185.001125 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MASHHHHHHH HHHAQHDEAV DNKFNKEQQN AFYEILHLPN LNEEQRNAFI QSLKDDPSQS ANRRAEAKKL NDAQAPKVDN KFNKEQQNA FYEILHLPNL NEEQRNAFIQ SLKDDPSQSA NLLAEAKKLN DAQAPKVDAN GGGGSGGGGS LEVLFQGPAD E LSISDIIY ...文字列:
MASHHHHHHH HHHAQHDEAV DNKFNKEQQN AFYEILHLPN LNEEQRNAFI QSLKDDPSQS ANRRAEAKKL NDAQAPKVDN KFNKEQQNA FYEILHLPNL NEEQRNAFIQ SLKDDPSQSA NLLAEAKKLN DAQAPKVDAN GGGGSGGGGS LEVLFQGPAD E LSISDIIY PECHLDSPIV SGKLISAIEY AQLKHNQPSD DKRLSENIRL NLHGKRKSLY ILRQSKQGNY IRNNVKNLKE FM HIAYPEC NNTLFSITSQ GMTSKLDNIM RKSFKAYNII SKKVIGMLQN ITRNLITQDR RDEIINIHEC RRLGDLGKNM SQS KWYECF LFWFTIKTEM RAVIKNSQKP KFRSDSCIIH MRDKSTEIIL NPNLICIFKS DKTGKKCYYL TPEMVLMYCD VLEG RMMME TTIKSDIKYQ PLISRSNALW GLIDPLFPVM GNRIYNIVSM IEPLVLALLQ LKDEARILRG AFLHHCIKEM HQELS ECGF TDQKIRSMFI DDLLSILNID NIHLLAEFFS FFRTFGHPIL EAKVAAEKVR EHMLADKVLE YAPIMKAHAI FCGTII NGY RDRHGGAWPP LYLPAHASKH IIRLKNSGES LTIDDCVKNW ESFCGIQFDC FMELKLDSDL SMYMKDKALS PIKDEWD SV YPREVLSYTP PKSTEPRRLV DVFVNDENFD PYNMLEYVLS GAYLEDDQFN VSYSLKEKET KQAGRLFAKM TYKMRACQ V IAEALIASGV GKYFKENGMV KDEHELLKTL FQLSISSVPR GNSQGNDPQS INNIEKDFQC FKGVTTSVKD KKNDPFYKV KSALNNPCQA DGVYHNMSPN IRNRYKCSNT SKSFLDYHTE FNPHNHYKSD NTEAAVLSKY EDNTGTKFDT VSAFLTTDLK KFCLNWRYE SMAIFAERLD EIYGLPGFFN WMHKRLERSV IYVADPNCPP NIDKHMELEE TPEDDIFIHY PKGGIEGYSQ K TWTIATIP FLFLSAYETN TRIAAIVQGD NESIAITQKV HPNLPYKVKK EICAKQAQLY FERLRMNLRA LGHNLKATET II STHLFVY SKKIHYDGAV LSQALKSMSR CCFWSETLVD ETRSACSNIS TTIAKAIENG LSRNVGYCIN ILKVIQQLLI STE FSINET LTLDVTSPIS NNLDWLITAA LIPAPIGGFN YLNLSRIFVR NIGDPVTASL ADLKRMIDHS IMTESVLQKV MNQE PGDAS FLDWASDPYS GNLPDSQSIT KTIKNITART ILRNSPNPML KGLFHDKSFD EDLELASFLM DRRVILPRAA HEILD NSLT GAREEIAGLL DTTKGLIRSG LRKSGIQPRL VSRLSHHDYN QFLILNKLLS NRKQNDLISS NTCSVDLARA LRSHMW REL ALGRVIYGLE VPDALEAMVG RYITGSLECQ ICEQGNTMYG WFFVPRDSQL DQVDKEHSSI RVPYVGSSTD ERSDIKL GN VKRPTKALRS AIRIATVYTW AYGDNEECWY EAWYLASQRV NIDLDVLKAI TPVSTSNNLS HRLRDKSTQF KFAGSVLN R VSRYVNISND NLDFRIEGEK VDTNLIYQQA MLLGLSVLEG KFRLRLETDD YNGIYHLHVK DNCCVKEVAD VGQVDAELP IPEYTEVDNN HLIYDPDPV

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス)
分子量理論値: 79.183242 KDa
組換発現生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス)
配列文字列: MDKLELVNDG LNIIDFIQKN QKEIQKTYGR SSIQQPSIKD RTKAWEDFLQ CTSGESEQVE GGMSKDDGGV ERRSLEDLSS TSPTDGTIG KRVSNTRDWA EGSDDIQLDP VVTDVVYHDH GGECTGYGFT SSPERGWSDH SSGANNGDVC LVSDAKVLSY A PEIAVSKE ...文字列:
MDKLELVNDG LNIIDFIQKN QKEIQKTYGR SSIQQPSIKD RTKAWEDFLQ CTSGESEQVE GGMSKDDGGV ERRSLEDLSS TSPTDGTIG KRVSNTRDWA EGSDDIQLDP VVTDVVYHDH GGECTGYGFT SSPERGWSDH SSGANNGDVC LVSDAKVLSY A PEIAVSKE DRETDLVHLE DKLSATGLNP TAIPFTPKNL SVPAKDSPVI AEHYYGLGVR EQNVDPQTNR NVNLDSIKLY TS DDEEADQ LEFEDEFAGS SSEVIVGISP EEEEPSSAGR KPIESVGHII EGQSTRDSLQ IKGNKPADAP GAGPKDSAVK EKS PQKRLP MLAEEFECSG SEDPIIQELL KENSFINSQQ GKDAQPLYYR GIEGSRSPDK TEITSDAVQT ANKQRPGTPM PKSR GIPIK KGTDEKYPSA GTENVPGSKS GATRHVRGSP PYQEGKSVNA ENVQLNVPTV VKETDKSEAN PADDNDSLDD KYIMP SDDF SNTFFPHDTD RLNYHADHLG DYDLETLCEE SVLMGVINSI KLINLDMRLN HIEEQVKEIP KIINKLESID RVLAKT NTA LSTIEGHLVS MMIMIPGKGK GERKGKSNPE LKPVIGRDVL EQQSLFSFDN VKNFRDGSLT NEPYGAAVQL RGDLILP EL NFEETNASQF VPMADDSSRD VVKTLIRTHI KDRELRSELI GYLNRAENDE EIQEIANTVN DIIDGNIWSH PQFEK

UniProtKB: Phosphoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 1.2 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 335177
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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