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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45967
タイトルCryo-EM structure of human Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
マップデータ
試料
  • 複合体: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードhuman / kidney / Low-density lipoprotein receptor-related protein 2 / LRP2 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of RCbl within the body / diol metabolic process / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / pulmonary artery morphogenesis / secondary heart field specification / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / folate import across plasma membrane / cobalamin transport / protein transporter activity / ventricular compact myocardium morphogenesis ...Transport of RCbl within the body / diol metabolic process / positive regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / pulmonary artery morphogenesis / secondary heart field specification / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / folate import across plasma membrane / cobalamin transport / protein transporter activity / ventricular compact myocardium morphogenesis / response to leptin / Vitamin D (calciferol) metabolism / low-density lipoprotein particle receptor activity / metal ion transport / transcytosis / vitamin D metabolic process / cranial skeletal system development / neuron projection arborization / coronary artery morphogenesis / insulin-like growth factor I binding / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of neurogenesis / cargo receptor activity / aorta development / ventricular septum development / amyloid-beta clearance / hormone binding / vagina development / negative regulation of BMP signaling pathway / forebrain development / transport across blood-brain barrier / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / clathrin-coated pit / receptor-mediated endocytosis / endosome lumen / neural tube closure / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / brush border membrane / kidney development / sensory perception of sound / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cellular response to growth factor stimulus / SH3 domain binding / lipid metabolic process / endocytosis / male gonad development / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein transport / protein-folding chaperone binding / gene expression / lysosome / cell population proliferation / receptor complex / apical plasma membrane / axon / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / dendrite / calcium ion binding / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / LRP2-like, EGF-like domain / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A ...: / LRP2-like, EGF-like domain / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / : / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang Z / Lyu M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
著者: Zhang Z / Lyu M
履歴
登録2024年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45967.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 547.84 Å
1.07 Å/pix.
x 512 pix.
= 547.84 Å
1.07 Å/pix.
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= 547.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.059676185 - 1.0332347
平均 (標準偏差)0.008305931 (±0.02260741)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 547.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Low-density lipoprotein receptor-related protein 2

全体名称: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
要素
  • 複合体: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2

超分子名称: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2

分子名称: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 522.502562 KDa
配列文字列: MDRGPAAVAC TLLLALVACL APASGQECDS AHFRCGSGHC IPADWRCDGT KDCSDDADEI GCAVVTCQQG YFKCQSEGQC IPNSWVCDQ DQDCDDGSDE RQDCSQSTCS SHQITCSNGQ CIPSEYRCDH VRDCPDGADE NDCQYPTCEQ LTCDNGACYN T SQKCDWKV ...文字列:
MDRGPAAVAC TLLLALVACL APASGQECDS AHFRCGSGHC IPADWRCDGT KDCSDDADEI GCAVVTCQQG YFKCQSEGQC IPNSWVCDQ DQDCDDGSDE RQDCSQSTCS SHQITCSNGQ CIPSEYRCDH VRDCPDGADE NDCQYPTCEQ LTCDNGACYN T SQKCDWKV DCRDSSDEIN CTEICLHNEF SCGNGECIPR AYVCDHDNDC QDGSDEHACN YPTCGGYQFT CPSGRCIYQN WV CDGEDDC KDNGDEDGCE SGPHDVHKCS PREWSCPESG RCISIYKVCD GILDCPGRED ENNTSTGKYC SMTLCSALNC QYQ CHETPY GGACFCPPGY IINHNDSRTC VEFDDCQIWG ICDQKCESRP GRHLCHCEEG YILERGQYCK ANDSFGEASI IFSN GRDLL IGDIHGRSFR ILVESQNRGV AVGVAFHYHL QRVFWTDTVQ NKVFSVDING LNIQEVLNVS VETPENLAVD WVNNK IYLV ETKVNRIDMV NLDGSYRVTL ITENLGHPRG IAVDPTVGYL FFSDWESLSG EPKLERAFMD GSNRKDLVKT KLGWPA GVT LDMISKRVYW VDSRFDYIET VTYDGIQRKT VVHGGSLIPH PFGVSLFEGQ VFFTDWTKMA VLKANKFTET NPQVYYQ AS LRPYGVTVYH SLRQPYATNP CKDNNGGCEQ VCVLSHRTDN DGLGFRCKCT FGFQLDTDER HCIAVQNFLI FSSQVAIR G IPFTLSTQED VMVPVSGNPS FFVGIDFDAQ DSTIFFSDMS KHMIFKQKID GTGREILAAN RVENVESLAF DWISKNLYW TDSHYKSISV MRLADKTRRT VVQYLNNPRS VVVHPFAGYL FFTDWFRPAK IMRAWSDGSH LLPVINTTLG WPNGLAIDWA ASRLYWVDA YFDKIEHSTF 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NEWQ CANKR CIPESWQCDT FNDCEDNSDE DSSHCASRTC RPGQFRCANG RCIPQAWKCD VDNDCGDHSD EPIEECMSSA HLCDN FTEF SCKTNYRCIP KWAVCNGVDD CRDNSDEQGC EERTCHPVGD FRCKNHHCIP LRWQCDGQND CGDNSDEENC APRECT ESE FRCVNQQCIP SRWICDHYND CGDNSDERDC EMRTCHPEYF QCTSGHCVHS ELKCDGSADC LDASDEADCP TRFPDGA YC QATMFECKNH VCIPPYWKCD GDDDCGDGSD EELHLCLDVP CNSPNRFRCD NNRCIYSHEV CNGVDDCGDG TDETEEHC R KPTPKPCTEY EYKCGNGHCI PHDNVCDDAD DCGDWSDELG CNKGKERTCA ENICEQNCTQ LNEGGFICSC TAGFETNVF DRTSCLDINE CEQFGTCPQH CRNTKGSYEC VCADGFTSMS DRPGKRCAAE GSSPLLLLPD NVRIRKYNLS SERFSEYLQD EEYIQAVDY DWDPKDIGLS VVYYTVRGEG SRFGAIKRAY IPNFESGRNN LVQEVDLKLK YVMQPDGIAV DWVGRHIYWS D VKNKRIEV AKLDGRYRKW LISTDLDQPA AIAVNPKLGL MFWTDWGKEP KIESAWMNGE DRNILVFEDL GWPTGLSIDY LN NDRIYWS DFKEDVIETI KYDGTDRRVI AKEAMNPYSL DIFEDQLYWI SKEKGEVWKQ NKFGQGKKEK TLVVNPWLTQ VRI FHQLRY NKSVPNLCKQ ICSHLCLLRP GGYSCACPQG SSFIEGSTTE CDAAIELPIN LPPPCRCMHG GNCYFDETDL PKCK CPSGY TGKYCEMAFS KGISPGTTAV AVLLTILLIV VIGALAIAGF FHYRRTGSLL PALPKLPSLS SLVKPSENGN GVTFR SGAD LNMDIGVSGF GPETAIDRSM AMSEDFVMEM GKQPIIFENP MYSARDSAVK VVQPIQVTVS ENVDNKNYGS PINPSE IVP ETNPTSPAAD GTQVTKWNLF KRKSKQTTNF ENPIYAQMEN EQKESVAATP PPSPSLPAKP KPPSRRDPTP TYSATED TF KDTANLVKED SEV

UniProtKB: Low-density lipoprotein receptor-related protein 2

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 23 / : NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 81000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 111811
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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