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万見
- EMDB-45966: Melbournevirus Mini variant Nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45966
タイトルMelbournevirus Mini variant Nucleosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Melbourne nucleosome mini variant
    • 複合体: Melbourne nucleosome mini variant histone doublet proteins
      • タンパク質・ペプチド: Histone doublet miniH2B-H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone doublet H4-H3
    • 複合体: Widom 601 DNA
      • DNA: Widom 601 Strand 1
      • DNA: Widom 601 Strand 2
キーワードHistone / Nucleosome / Virus / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome condensation / virion component / structural constituent of chromatin / host cell cytoplasm / protein heterodimerization activity / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Histone H2A / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone doublet miniH2B-H2A / Histone doublet H4-H3
類似検索 - 構成要素
生物種Melbournevirus (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.41 Å
データ登録者Villalta A / Luger K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Melbournevirus encodes a shorter H2B-H2A doublet histone variant that forms structurally distinct nucleosome structures.
著者: Alejandro Villalta / Hugo Bisio / Chelsea M Toner / Chantal Abergel / Karolin Luger /
要旨: Unique among viruses, some giant viruses utilize histones to organize their genomes into nucleosomes. Melbournevirus encodes a distinct H2B-H2A histone doublet variant in addition to the canonical H4- ...Unique among viruses, some giant viruses utilize histones to organize their genomes into nucleosomes. Melbournevirus encodes a distinct H2B-H2A histone doublet variant in addition to the canonical H4-H3 and H2B-H2A doublets. This viral histone variant has a truncated H2B portion and its amino acid sequence deviates from that of the main viral H2B-H2A throughout the entire coding region. It is less abundant than the main H2B-H2A doublet, is likely essential for melbournevirus fitness, and is conserved in all Marseilleviridae. The cryo-EM structure of a nucleosome-like particle reconstituted with this H2B-H2A variant and viral H4-H3 reveals that only 90 base pairs of DNA are stably bound, significantly less than in eukaryotic nucleosomes and viral nucleosomes made with the main fused viral histone doublets. The reduced ability to bind DNA can be attributed to structural differences between variant and main H2B-H2A. Variant melbournevirus nucleosomes are less stable, possibly aiding rapid genome unpacking to initiate gene expression. Our results highlight the remarkable propensity of giant viruses to appropriate the utility of histones for their specialized purposes.
履歴
登録2024年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45966.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45966.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.49 Å/pix.
x 448 pix.
= 217.28 Å		0.49 Å/pix.
x 448 pix.
= 217.28 Å		0.49 Å/pix.
x 448 pix.
= 217.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.485 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0222
最小 - 最大-0.050159745 - 0.09790043
平均 (標準偏差)0.0007370428 (±0.004613047)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 217.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45966_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45966_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Melbourne nucleosome mini variant

全体名称: Melbourne nucleosome mini variant
要素
  • 複合体: Melbourne nucleosome mini variant
    • 複合体: Melbourne nucleosome mini variant histone doublet proteins
      • タンパク質・ペプチド: Histone doublet miniH2B-H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone doublet H4-H3
    • 複合体: Widom 601 DNA
      • DNA: Widom 601 Strand 1
      • DNA: Widom 601 Strand 2

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超分子 #1: Melbourne nucleosome mini variant

超分子名称: Melbourne nucleosome mini variant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Melbourne nucleosome mini variant histone doublet proteins

超分子名称: Melbourne nucleosome mini variant histone doublet proteins
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Melbournevirus (ウイルス)

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超分子 #3: Widom 601 DNA

超分子名称: Widom 601 DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Histone doublet miniH2B-H2A

分子名称: Histone doublet miniH2B-H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Melbournevirus (ウイルス)
分子量理論値: 19.168326 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDRVGKYGLF IKRISPKDAD ITKESLETVN NMLVFLAEKL TKQANIIIDQ KTLRHDAFLW LLTDIQGELG KHSQDFANSV LYGEKELVF PTKRTENLMR KNTCLRISQS AVKTLTAILE YFCGQIMEAS FSQAKKSKRK RIRPIDIEAA ISQDKELHSM F GKGVISGR

UniProtKB: Histone doublet miniH2B-H2A

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分子 #2: Histone doublet H4-H3

分子名称: Histone doublet H4-H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Melbournevirus (ウイルス)
分子量理論値: 23.56468 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSKAGKKVKA QQHGHLADHV SVGETQIPKA STQHLLRKAG SLSAAGDTEV PIRGFVHMKL HKLVQKSLLA MQLAKRKTIM KSDVKKAAE LMHLPVFAIP TKDSGAKGSV FLSCRQKGAG SAGTGSETNS QEVRSQMKST CLIIPKERFR TMAKEISKKE G HDVHIAEA ...文字列:
MSKAGKKVKA QQHGHLADHV SVGETQIPKA STQHLLRKAG SLSAAGDTEV PIRGFVHMKL HKLVQKSLLA MQLAKRKTIM KSDVKKAAE LMHLPVFAIP TKDSGAKGSV FLSCRQKGAG SAGTGSETNS QEVRSQMKST CLIIPKERFR TMAKEISKKE G HDVHIAEA ALDMLQVIVE SCTVRLLEKA LVITYSGKRT RVTSKDIETA FMLEHGPL

UniProtKB: Histone doublet H4-H3

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分子 #3: Widom 601 Strand 1

分子名称: Widom 601 Strand 1 / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.153781 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DT)

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分子 #4: Widom 601 Strand 2

分子名称: Widom 601 Strand 2 / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.594043 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DC)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 36051
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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