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万見
- EMDB-45959: CDAN1 dimer with three ASF1A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45959
タイトルCDAN1 dimer with three ASF1A
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: CDAN1 bound to ASF1A
    • タンパク質・ペプチド: Codanin-1
    • タンパク質・ペプチド: Histone chaperone ASF1A
キーワードcytosolic / MIF4G / histone chaperone / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


histone chaperone activity / import into nucleus / DNA replication-dependent chromatin assembly / muscle cell differentiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / replication fork processing / endomembrane system / osteoblast differentiation / intracellular protein localization ...histone chaperone activity / import into nucleus / DNA replication-dependent chromatin assembly / muscle cell differentiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / DNA repair-dependent chromatin remodeling / replication fork processing / endomembrane system / osteoblast differentiation / intracellular protein localization / nucleosome assembly / chromatin organization / site of double-strand break / histone binding / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Codanin-1, C-terminal domain / Codanin-1 / Codanin-1 C-terminus / Histone chaperone ASF1-like / Histone chaperone ASF1-like superfamily / ASF1 like histone chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
Codanin-1 / Histone chaperone ASF1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Sedor SF / Shao S
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM137415 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)F31HL157976 米国
David and Lucile Packard Foundation 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Mechanism of ASF1 engagement by CDAN1.
著者: Samantha F Sedor / Sichen Shao /
要旨: Codanin-1 (CDAN1) is an essential and ubiquitous protein named after congenital dyserythropoietic anemia type I, an autosomal recessive disease that manifests from mutations in CDAN1 or CDIN1 (CDAN1 ...Codanin-1 (CDAN1) is an essential and ubiquitous protein named after congenital dyserythropoietic anemia type I, an autosomal recessive disease that manifests from mutations in CDAN1 or CDIN1 (CDAN1 interacting nuclease 1). CDAN1 interacts with CDIN1 and the paralogous histone H3-H4 chaperones ASF1A (Anti-Silencing Function 1 A) and ASF1B. However, CDAN1 function remains unclear. Here, we analyze CDAN1 complexes using biochemistry, single-particle cryo-EM, and structural predictions. We find that CDAN1 dimerizes and assembles into cytosolic complexes with CDIN1 and multiple copies of ASF1A/B. One CDAN1 can engage two ASF1 through two B-domains commonly found in ASF1 binding partners and two helices that mimic histone H3 binding. We additionally show that ASF1A and ASF1B have different requirements for CDAN1 engagement. Our findings explain how CDAN1 sequesters ASF1A/B by occupying all functional binding sites known to facilitate histone chaperoning and provide molecular-level insights into this enigmatic complex.
履歴
登録2024年7月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45959.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45959.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.46309817 - 0.6773878
平均 (標準偏差)-0.00063498743 (±0.013575906)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_45959_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_45959_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_45959_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CDAN1 bound to ASF1A

全体名称: CDAN1 bound to ASF1A
要素
  • 複合体: CDAN1 bound to ASF1A
    • タンパク質・ペプチド: Codanin-1
    • タンパク質・ペプチド: Histone chaperone ASF1A

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超分子 #1: CDAN1 bound to ASF1A

超分子名称: CDAN1 bound to ASF1A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 430 KDa

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分子 #1: Codanin-1

分子名称: Codanin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 139.934047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGAWSHPQFE KGSWSHPQFE KGPAGSENLY FQGSGIRDRT MAAVLESLLR EEVSVAAVVR WIARSTQGSE DNAGEAAAL SSLRALRKEF VPFLLNFLRE QSSRVLPQGP PTPAKTPGAS AALPGRPGGP PRGSRGARSQ LFPPTEAQST A AEAPLARR ...文字列:
MASWSHPQFE KGAWSHPQFE KGSWSHPQFE KGPAGSENLY FQGSGIRDRT MAAVLESLLR EEVSVAAVVR WIARSTQGSE DNAGEAAAL SSLRALRKEF VPFLLNFLRE QSSRVLPQGP PTPAKTPGAS AALPGRPGGP PRGSRGARSQ LFPPTEAQST A AEAPLARR GGRRRGPGPA RERGGRGLEE GVSGESLPGA GGRRLRGSGS PSRPSLTLSD PPNLSNLEEF PPVGSVPPGP TG TKPSRRI NPTPVSEERS LSKPKTCFTS PPISCVPSSQ PSALDTSPWG LGLPPGCRSL QEEREMLRKE RSKQLQQSPT PTC PTPELG SPLPSRTGSL TDEPADPARV SSRQRLELVA LVYSSCIAEN LVPNLFLELF FVFQLLTARR MVTAKDSDPE LSPA VLDSL ESPLFQSIHD CVFFAVQVLE CHFQVLSNLD KGTLKLLAEN ERLLCFSPAL QGRLRAAYEG SVAVVSLVMP PSTQA VSFQ PETDNRANFS SDRAFHTFKK QRDVFYEVLR EWEDHHEEPG WDFEKGLGSR IRAMMGQLSA ACSHSHFVRL FQKQLL QMC QSPGGAGGTV LGEAPDVLSM LGADKLGRLW RLQERLMAPQ SSGGPCPPPT FPGCQGFFRD FILSASSFQF NQHLMDS LS LKIQELNGLA LPQHEPNDED GESDVDWQGE RKQFAVVLLS LRLLAKFLGF VAFLPYRGPE PPPTGELQDS ILALRSQV P PVLDVRTLLQ RGLQARRAVL TVPWLVEFLS FADHVVPLLE YYRDIFTLLL RLHRSLVLSQ ESEGKMCFLN KLLLLAVLG WLFQIPTVPE DLFFLEEGPS YAFEVDTVAP EHGLDNAPVV DQQLLYTCCP YIGELRKLLA SWVSGSSGRS GGFMRKITPT TTTSLGAQP SQTSQGLQAQ LAQAFFHNQP PSLRRTVEFV AERIGSNCVK HIKATLVADL VRQAESLLQE QLVTQGEEGG D PAQLLEIL CSQLCPHGAQ ALALGREFCQ RKSPGAVRAL LPEETPAAVL SSAENIAVGL ATEKACAWLS ANITALIRRE VK AAVSRTL RAQGPEPAAR GERRGCSRAC EHHAPLPSHL ISEIKDVLSL AVGPRDPDEG VSPEHLEQLL GQLGQTLRCR QFL CPPAEQ HLAKCSVELA SLLVADQIPI LGPPAQYRLE RGQARRLLHM LLSLWKEDFQ GPVPLQLLLS PRNVGLLADT RPRE WDLLL FLLRELVEKG LMGRMEIEAC LGSLHQAQWP GDFAEELATL SNLFLAEPHL PEPQLRACEL VQPNRGTVLA QS

UniProtKB: Codanin-1

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分子 #2: Histone chaperone ASF1A

分子名称: Histone chaperone ASF1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.051857 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAVYPYDVPD YAGYPYDVPD YAGSYPYDVP DYAPAGSMAK VQVNNVVVLD NPSPFYNPFQ FEITFECIED LSEDLEWKII YVGSAESEE YDQVLDSVLV GPVPAGRHMF VFQADAPNPG LIPDADAVGV TVVLITCTYR GQEFIRVGYY VNNEYTETEL R ENPPVKPD ...文字列:
MAVYPYDVPD YAGYPYDVPD YAGSYPYDVP DYAPAGSMAK VQVNNVVVLD NPSPFYNPFQ FEITFECIED LSEDLEWKII YVGSAESEE YDQVLDSVLV GPVPAGRHMF VFQADAPNPG LIPDADAVGV TVVLITCTYR GQEFIRVGYY VNNEYTETEL R ENPPVKPD FSKLQRNILA SNPRVTRFHI NWEDNTEKLE DAESSNPNLQ SLLSTDALPS ASKGWSTSEN SLNVMLESHM DC M

UniProtKB: Histone chaperone ASF1A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 25056
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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