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- EMDB-45930: Structure of 16.ND.92 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/200... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45930
タイトルStructure of 16.ND.92 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006(H1N1) influenza virus Hemagglutinin
マップデータ
試料
  • 複合体: 16.ND.92 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006 (H1N1) Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Variable Heavy Chain of 16.ND.92 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Variable Light Chain of 16.ND.92 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2
キーワードAntibody / Influenza / Hemagglutinin / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Ouyang WO / Pholcharee T / Wu NC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Center for Complementary and Integrative Health (NIH/NCCIH)DP2 AT011966 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2025
タイトル: High-throughput synthesis and specificity characterization of natively paired influenza hemagglutinin antibodies with oPool display.
著者: Wenhao O Ouyang / Huibin Lv / Wenkan Liu / Ruipeng Lei / Zongjun Mou / Tossapol Pholcharee / Logan Talmage / Meixuan Tong / Wei Ji / Yiquan Wang / Katrine E Dailey / Akshita B Gopal / Danbi ...著者: Wenhao O Ouyang / Huibin Lv / Wenkan Liu / Ruipeng Lei / Zongjun Mou / Tossapol Pholcharee / Logan Talmage / Meixuan Tong / Wei Ji / Yiquan Wang / Katrine E Dailey / Akshita B Gopal / Danbi Choi / Madison R Ardagh / Lucia A Rodriguez / Jenna J Guthmiller / Xinghong Dai / Nicholas C Wu /
要旨: Antibody discovery is crucial for developing therapeutics and vaccines and for understanding adaptive immunity. However, the lack of approaches to synthesize antibodies with defined sequences in a ...Antibody discovery is crucial for developing therapeutics and vaccines and for understanding adaptive immunity. However, the lack of approaches to synthesize antibodies with defined sequences in a high-throughput manner represents a major bottleneck in antibody discovery. Here, we present oPool display, a high-throughput cell-free platform that combined oligo pool synthesis and mRNA display to rapidly construct and characterize hundreds to thousands of natively paired antibodies in parallel. As a proof of concept, we applied oPool display to probe the binding specificity of more than 300 uncommon influenza hemagglutinin-specific antibodies against nine hemagglutinin variants through 16 screens. More than 5000 binding tests were performed in 3 to 5 days of hands-on time with further scaling potential. Follow-up structural and functional analysis of two antibodies revealed the versatility of the human immunoglobulin gene segment D3-3 () in recognizing the hemagglutinin stem. Overall, this study established an experimental platform that not only accelerates antibody characterization but also enables unbiased discovery of recurring molecular signatures among antibodies with the same specificity.
履歴
登録2024年7月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45930.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45930.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.53 Å/pix.
x 720 pix.
= 380.88 Å		0.53 Å/pix.
x 720 pix.
= 380.88 Å		0.53 Å/pix.
x 720 pix.
= 380.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.529 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.089
最小 - 最大-0.0018061608 - 1.8738102
平均 (標準偏差)0.00070432463 (±0.01964024)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720720720
Spacing720720720
セルA=B=C: 380.87997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45930_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45930_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 16.ND.92 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006 (H1N1) Hema...

全体名称: 16.ND.92 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006 (H1N1) Hemagglutinin
要素
  • 複合体: 16.ND.92 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006 (H1N1) Hemagglutinin
    • タンパク質・ペプチド: Variable Heavy Chain of 16.ND.92 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Variable Light Chain of 16.ND.92 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2

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超分子 #1: 16.ND.92 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006 (H1N1) Hema...

超分子名称: 16.ND.92 Fab in complex with A/Solomon Islands/3/2006 (H1N1) Hemagglutinin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Both Hemagglutinin and Fab were recombinantly expressed and purified. The Fab was then mixed with Hemagglutinin at 3.5:1 ratio. The complex were then isolated using size exclusion chromatography.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Variable Heavy Chain of 16.ND.92 Fab

分子名称: Variable Heavy Chain of 16.ND.92 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.659272 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VQLVESGGGL VQPGGSLRLS CEASGFTLSS YWMHWVRQDP GKGLVWVAVI NSDGSSTDYA DFVKGRFTIS RDNAKNTVYL QMNSLRAED TAVYYCARAP QGTVFGVVII GADGFDIWGQ GTMVTVSS

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分子 #2: Variable Light Chain of 16.ND.92 Fab

分子名称: Variable Light Chain of 16.ND.92 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.800195 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
IQMTHIPVSL SASVGDRVTI TCRASQSISS WLAWYQQKPG KAPKLLIYKA STLESGVPSR FSGSGSGTDF TLTINSLQPD DFATYYCQH YNTYSRAWTF GQGTKVEV

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分子 #3: Hemagglutinin HA1

分子名称: Hemagglutinin HA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 35.851199 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCRLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISRESWSYIV EKPNPENGT CYPGHFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTTT GVSASCSHNG ESSFYKNLLW LTGKNGLYPN L SKSYANNK ...文字列:
DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCRLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISRESWSYIV EKPNPENGT CYPGHFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTTT GVSASCSHNG ESSFYKNLLW LTGKNGLYPN L SKSYANNK EKEVLVLWGV HHPPNIGDQR ALYHKENAYV SVVSSHYSRK FTPEIAKRPK VRDQEGRINY YWTLLEPGDT II FEANGNL IAPRYAFALS RGFGSGIINS NAPMDECDAK CQTPQGAINS SLPFQNVHPV TIGECPKYVR SAKLRMVTGL RNI P

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #4: Hemagglutinin HA2

分子名称: Hemagglutinin HA2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Solomon Islands/3/2006(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 19.412537 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
LFGAIAGFIE GGWTGMVDGW YGYHHQNEQG SGYAADQKST QNAINGITNK VNSVIEKMNT QFTAVGKEFN KLERRMENLN KKVDDGFID IWTYNAELLV LLENERTLDF HDSNVKNLYE KVKSQLKNNA KEIGNGCFEF YHKCNDECME SVKNGTYDYP K YSEESKLN R

UniProtKB: Hemagglutinin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 150mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot force: 0, Blot time: 3 s, Humidity 90%, and 4 C..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.35 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.82 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / 使用した粒子像数: 152449
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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