[日本語] English
万見
- EMDB-45872: Ciliary 96-nm repeat unit from EHNA-inhibited sperm cells of the ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45872
タイトルCiliary 96-nm repeat unit from EHNA-inhibited sperm cells of the American eel (Anguilla rostrata)
マップデータSubtomogram average of the 96-nm repeating axonemal unit from EHNA-inhibited eel sperm flagella.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: 96-nm axoneme repeat unit from EHNA-inhbited American eel sperm flagella
キーワードcilia / flagella / axoneme / MOTOR PROTEIN
生物種Anguilla rostrata (魚類)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Schrad JR / Fu G / Hable WE / Tayar AM / Oliveira K / Nicastro D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM083122 米国
Life Sciences Research Foundation 米国
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2025
タイトル: Cryo-electron tomography of eel sperm flagella reveals a molecular "minimum system" for motile cilia.
著者: Jason R Schrad / Gang Fu / Whitney E Hable / Alexandra M Tayar / Kenneth Oliveira / Daniela Nicastro /
要旨: Cilia and flagella play a crucial role in the development and function of eukaryotes. The activity of thousands of dyneins is precisely regulated to generate flagellar motility. The complex proteome ...Cilia and flagella play a crucial role in the development and function of eukaryotes. The activity of thousands of dyneins is precisely regulated to generate flagellar motility. The complex proteome (600+ proteins) and architecture of the structural core of flagella, the axoneme, have made it challenging to dissect the functions of the different complexes, like the regulatory machinery. Previous reports suggested that the flagellum of American eel sperm lacks many of the canonical axonemal complexes yet is still motile. Here, we use cryo-electron tomography for molecular characterization of this proposed "minimal" motile flagellum. We observed different diameters for the eel sperm flagellum: narrow at the base and wider toward the flagellar tip. Subtomogram averaging revealed the three-dimensional (3D) structure of the eel sperm flagellum. As expected, major complexes were missing, for example, outer dynein arms, radial spokes, and the central pair complex, but we found molecular remnants of most complexes. We also identified bend direction-specific patterns in the inter-DMT distance in actively beating eel sperm flagella and we propose a model for the regulation of dynein activity during their motility. Together, our results shed light on the structure and function of the eel sperm flagellum and provide insight into the minimum requirements for ciliary beating.
履歴
登録2024年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_45872.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45872.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 54.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of the 96-nm repeating axonemal unit from EHNA-inhibited eel sperm flagella.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.15 Å/pix.
x 232 pix.
= 731.032 Å		3.15 Å/pix.
x 196 pix.
= 617.596 Å		3.15 Å/pix.
x 315 pix.
= 992.565 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.151 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 124.5
最小 - 最大109.030060000000006 - 138.72908000000001
平均 (標準偏差)123.361949999999993 (±3.3832338)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-119-134-79
サイズ196315232
Spacing315196232
セルA: 992.565 Å / B: 617.596 Å / C: 731.032 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half maps are unwindowed, they need to be...

ファイルemd_45872_half_map_1.map
注釈Half maps are unwindowed, they need to be windowed, tapered, masked or etc. before FSC calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half maps are unwindowed, they need to be...

ファイルemd_45872_half_map_2.map
注釈Half maps are unwindowed, they need to be windowed, tapered, masked or etc. before FSC calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : 96-nm axoneme repeat unit from EHNA-inhbited American eel sperm f...

全体名称: 96-nm axoneme repeat unit from EHNA-inhbited American eel sperm flagella
要素
  • 細胞器官・細胞要素: 96-nm axoneme repeat unit from EHNA-inhbited American eel sperm flagella

-
超分子 #1: 96-nm axoneme repeat unit from EHNA-inhbited American eel sperm f...

超分子名称: 96-nm axoneme repeat unit from EHNA-inhbited American eel sperm flagella
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Anguilla rostrata (魚類) / 組織: Sperm cells / Organelle: Flagella

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

-
試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
360.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMMgCl2magnesium chloride
10.0 mMCaCl2calcium chloride
10.0 mMKClpotassium chloride
30.0 mMHEPES

詳細: Artificial sea water, used for sperm cell activation
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Back-side blotting for 3-5 seconds before plunging..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: IMOD, PEET) / 使用したサブトモグラム数: 2324
抽出トモグラム数: 20 / 使用した粒子像数: 2324 / ソフトウェア: (名称: IMOD, PEET)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る