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- EMDB-45805: Infectious bronchitis virus core polymerase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45805
タイトルInfectious bronchitis virus core polymerase complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Core polymerase complex of the infectious bronchitis virus composed of nsp12, nsp8, nsp7, and an dsRNA substrate
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase nsp12
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • RNA: RNA Primer
    • RNA: RNA template
  • リガンド: ZINC ION
キーワードIBV / Coronavirus / nsp12 / RdRp / RTC / Viral Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / endonuclease activity / methyltransferase cap1 ...転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / endonuclease activity / methyltransferase cap1 / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nonstructural protein 14, gammacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, gammacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal, gammacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 6, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 5, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, IBV-like / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain ...Nonstructural protein 14, gammacoronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, gammacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal, gammacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 6, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, gammacoronavirus / Non-structural protein 5, gammacoronavirus / Non-structural protein 2, IBV-like / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hoferle PJ / Anderson TK / Kirchdoerfer RN
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158463 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: A genus-specific nsp12 region impacts polymerase assembly in Alpha- and Gammacoronaviruses.
著者: Peter J Hoferle / Thomas K Anderson / Robert N Kirchdoerfer
要旨: Coronavirus relevancy for human health has surged over the past 20 years as they have a propensity for spillover into humans from animal reservoirs resulting in pandemics such as COVID-19. The ...Coronavirus relevancy for human health has surged over the past 20 years as they have a propensity for spillover into humans from animal reservoirs resulting in pandemics such as COVID-19. The diversity within the subfamily and high infection frequency in animal species worldwide creates a looming threat that calls for research across all genera within the subfamily. We sought to contribute to the limited structural knowledge within the genera and determined the structure of the viral core replication-transcription complex (RTC) from Infectious Bronchitis Virus (IBV) using single-particle cryo-EM. Comparison between our IBV structure with published RTC structures from other genera reveals structural differences across genera. Using biochemical assays, we characterized these differences and revealed their differing involvement in core RTC formation across different genera. Our findings highlight the value of cross-genera studies, as they show genera specific features in coronavirus genome replication. A broader knowledge of coronavirus replication will better prepare us for future coronavirus spillovers.
履歴
登録2024年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45805.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45805.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.122
最小 - 最大-1.4769253 - 2.1568408
平均 (標準偏差)0.0016667 (±0.045570824)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 272.384 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45805_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45805_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Core polymerase complex of the infectious bronchitis virus compos...

全体名称: Core polymerase complex of the infectious bronchitis virus composed of nsp12, nsp8, nsp7, and an dsRNA substrate
要素
  • 複合体: Core polymerase complex of the infectious bronchitis virus composed of nsp12, nsp8, nsp7, and an dsRNA substrate
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase nsp12
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • RNA: RNA Primer
    • RNA: RNA template
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Core polymerase complex of the infectious bronchitis virus compos...

超分子名称: Core polymerase complex of the infectious bronchitis virus composed of nsp12, nsp8, nsp7, and an dsRNA substrate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
分子量理論値: 194.379 KDa

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase nsp12

分子名称: RNA-directed RNA polymerase nsp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
分子量理論値: 107.473109 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: FDKNYLNRVR GSSEARLIPL ANGCDPDVVK RAFDVCNKES AGMFQNLKRN CARFQEVRDT EDGNLEYCDS YFVVKQTTPS NYEHEKACY EDLKSEVTAD HDFFVFNKNI YNISRQRLTK YTMMDFCYAL RHFDPKDCEV LKEILVTYGC IEDYHPKWFE E NKDWYDPI ...文字列:
FDKNYLNRVR GSSEARLIPL ANGCDPDVVK RAFDVCNKES AGMFQNLKRN CARFQEVRDT EDGNLEYCDS YFVVKQTTPS NYEHEKACY EDLKSEVTAD HDFFVFNKNI YNISRQRLTK YTMMDFCYAL RHFDPKDCEV LKEILVTYGC IEDYHPKWFE E NKDWYDPI ENPKYYAMLA KMGPIVRRAL LNAIEFGNLM VEKGYVGVIT LDNQDLNGKF YDFGDFQKTA PGAGVPVFDT YY SYMMPII AMTDALAPER YFEYDVHKGY KSYDLLKYDY TEEKQDLFQK YFKYWDQEYH PNCRDCSDDR CLIHCANFNI LFS TLVPQT SFGNLCRKVF VDGVPFIATC GYHSKELGVI MNQDNTMSFS KMGLSQLMQF VGDPALLVGT SNKLVDLRTS CFSV CALAS GITHQTVKPG HFNKDFYDFA EKAGMFKEGS SIPLKHFFYP QTGNAAINDY DYYRYNRPTM FDIRQLLFCL EVTSK YFEC YEGGCIPASQ VVVNNLDKSA GYPFNKFGKA RLYYEMSLEE QDQLFESTKK NVLPTITQMN LKYAISAKNR ARTVAG VSI LSTMTNRQFH QKILKSIVNT RNAPVVIGTT KFYGGWDNML RNLIQGVEDP ILMGWDYPKC DRAMPNLLRI AASLVLA RK HTNCCTWSER VYRLYNECAQ VLSETVLATG GIYVKPGGTS SGDATTAYAN SVFNIIQATS ANVARLLSVI TRDIVYDD I KSLQYELYQQ VYRRVNFDPA FVEKFYSYLC KNFSLMILSD DGVVCYNNTL AKQGLVADIS GFREVLYYQN NVFMADSKC WVEPDLEKGP HEFCSQHTML VEVDGEPRYL PYPDPSRILC ACVFVDDLDK TESVAVMERY IALAIDAYPL VHHENEEYKK VFFVLLSYI RKLYQELSQN MLMDYSFVMD IDKGSKFWEQ EFYENMYRAP T

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #2: Non-structural protein 8

分子名称: Non-structural protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
分子量理論値: 21.567691 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: FSHIPSYAEY ERAKSIYEKV LADSKNGGVT QQELAAYRKA ANIAKSVFDR DLAVQKKLDS MAERAMTTMY KEARVTDRRA KLVSSLHAL LFSMLKKIDS EKLNVLFDQA NSGVVPLATV PIVCSNKLTL VIPDPETWVK CVEGVHVTYS TVVWNIDCVT D ADGTELHP ...文字列:
FSHIPSYAEY ERAKSIYEKV LADSKNGGVT QQELAAYRKA ANIAKSVFDR DLAVQKKLDS MAERAMTTMY KEARVTDRRA KLVSSLHAL LFSMLKKIDS EKLNVLFDQA NSGVVPLATV PIVCSNKLTL VIPDPETWVK CVEGVHVTYS TVVWNIDCVT D ADGTELHP TSTGSGLTYC ISGDNIAWPL KVNLTRN

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #3: Non-structural protein 7

分子名称: Non-structural protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス)
分子量理論値: 8.014378 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
KLSDVKCTTV VLMQLLTKLN VEANSKMHAY LVELHNKILA SDDVGECMDN LLGMLITLFC IDSTIDLGEY CD

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #4: RNA Primer

分子名称: RNA Primer / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 9.527713 KDa
配列文字列:
UCUCCUAAGA AGCUAUUAAA AUCACAGAUU

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分子 #5: RNA template

分子名称: RNA template / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 10.566281 KDa
配列文字列:
AAAAAUCUGU GAUUUUAAUA GCUUCUUAGG AGA

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 79000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 179183
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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