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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-45805 | |||||||||
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タイトル | Infectious bronchitis virus core polymerase complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | IBV / Coronavirus / nsp12 / RdRp / RTC / Viral Protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / endonuclease activity ...転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 3'-5'-RNA exonuclease activity / mRNA guanylyltransferase / omega peptidase activity / methyltransferase cap1 / endonuclease activity / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Hoferle PJ / Anderson TK / Kirchdoerfer RN | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: A genus-specific nsp12 region impacts polymerase assembly in Alpha- and Gammacoronaviruses 著者: Hoferle PJ / Anderson TK / Kirchdoerfer RN | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_45805.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-45805-v30.xml emd-45805.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_45805_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_45805.png | 67.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-45805.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_45805_half_map_1.map.gz emd_45805_half_map_2.map.gz | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45805 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-45805 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_45805_validation.pdf.gz | 841.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_45805_full_validation.pdf.gz | 841.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_45805_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_45805_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45805 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-45805 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9cpoMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_45805.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_45805_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_45805_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Core polymerase complex of the infectious bronchitis virus compos...
全体 | 名称: Core polymerase complex of the infectious bronchitis virus composed of nsp12, nsp8, nsp7, and an dsRNA substrate |
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要素 |
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-超分子 #1: Core polymerase complex of the infectious bronchitis virus compos...
超分子 | 名称: Core polymerase complex of the infectious bronchitis virus composed of nsp12, nsp8, nsp7, and an dsRNA substrate タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 194.379 KDa |
-分子 #1: RNA-directed RNA polymerase nsp12
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase nsp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 107.473109 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: FDKNYLNRVR GSSEARLIPL ANGCDPDVVK RAFDVCNKES AGMFQNLKRN CARFQEVRDT EDGNLEYCDS YFVVKQTTPS NYEHEKACY EDLKSEVTAD HDFFVFNKNI YNISRQRLTK YTMMDFCYAL RHFDPKDCEV LKEILVTYGC IEDYHPKWFE E NKDWYDPI ...文字列: FDKNYLNRVR GSSEARLIPL ANGCDPDVVK RAFDVCNKES AGMFQNLKRN CARFQEVRDT EDGNLEYCDS YFVVKQTTPS NYEHEKACY EDLKSEVTAD HDFFVFNKNI YNISRQRLTK YTMMDFCYAL RHFDPKDCEV LKEILVTYGC IEDYHPKWFE E NKDWYDPI ENPKYYAMLA KMGPIVRRAL LNAIEFGNLM VEKGYVGVIT LDNQDLNGKF YDFGDFQKTA PGAGVPVFDT YY SYMMPII AMTDALAPER YFEYDVHKGY KSYDLLKYDY TEEKQDLFQK YFKYWDQEYH PNCRDCSDDR CLIHCANFNI LFS TLVPQT SFGNLCRKVF VDGVPFIATC GYHSKELGVI MNQDNTMSFS KMGLSQLMQF VGDPALLVGT SNKLVDLRTS CFSV CALAS GITHQTVKPG HFNKDFYDFA EKAGMFKEGS SIPLKHFFYP QTGNAAINDY DYYRYNRPTM FDIRQLLFCL EVTSK YFEC YEGGCIPASQ VVVNNLDKSA GYPFNKFGKA RLYYEMSLEE QDQLFESTKK NVLPTITQMN LKYAISAKNR ARTVAG VSI LSTMTNRQFH QKILKSIVNT RNAPVVIGTT KFYGGWDNML RNLIQGVEDP ILMGWDYPKC DRAMPNLLRI AASLVLA RK HTNCCTWSER VYRLYNECAQ VLSETVLATG GIYVKPGGTS SGDATTAYAN SVFNIIQATS ANVARLLSVI TRDIVYDD I KSLQYELYQQ VYRRVNFDPA FVEKFYSYLC KNFSLMILSD DGVVCYNNTL AKQGLVADIS GFREVLYYQN NVFMADSKC WVEPDLEKGP HEFCSQHTML VEVDGEPRYL PYPDPSRILC ACVFVDDLDK TESVAVMERY IALAIDAYPL VHHENEEYKK VFFVLLSYI RKLYQELSQN MLMDYSFVMD IDKGSKFWEQ EFYENMYRAP T UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab |
-分子 #2: Non-structural protein 8
分子 | 名称: Non-structural protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 21.567691 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: FSHIPSYAEY ERAKSIYEKV LADSKNGGVT QQELAAYRKA ANIAKSVFDR DLAVQKKLDS MAERAMTTMY KEARVTDRRA KLVSSLHAL LFSMLKKIDS EKLNVLFDQA NSGVVPLATV PIVCSNKLTL VIPDPETWVK CVEGVHVTYS TVVWNIDCVT D ADGTELHP ...文字列: FSHIPSYAEY ERAKSIYEKV LADSKNGGVT QQELAAYRKA ANIAKSVFDR DLAVQKKLDS MAERAMTTMY KEARVTDRRA KLVSSLHAL LFSMLKKIDS EKLNVLFDQA NSGVVPLATV PIVCSNKLTL VIPDPETWVK CVEGVHVTYS TVVWNIDCVT D ADGTELHP TSTGSGLTYC ISGDNIAWPL KVNLTRN UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab |
-分子 #3: Non-structural protein 7
分子 | 名称: Non-structural protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Infectious bronchitis virus (伝染性気管支炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 8.014378 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: KLSDVKCTTV VLMQLLTKLN VEANSKMHAY LVELHNKILA SDDVGECMDN LLGMLITLFC IDSTIDLGEY CD UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab |
-分子 #4: RNA Primer
分子 | 名称: RNA Primer / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 9.527713 KDa |
配列 | 文字列: UCUCCUAAGA AGCUAUUAAA AUCACAGAUU |
-分子 #5: RNA template
分子 | 名称: RNA template / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 10.566281 KDa |
配列 | 文字列: AAAAAUCUGU GAUUUUAAUA GCUUCUUAGG AGA |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 79000 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |