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- EMDB-45789: Yeast RAVE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45789
タイトルYeast RAVE complex
マップデータThe original primary map was highly anisotropic, so it was low-pass filtered to a resolution of 12 A. The unfiltered map is also included as an additional map.
試料
  • 複合体: yeast RAVE complex
    • タンパク質・ペプチド: Rav1p
    • タンパク質・ペプチド: Rav2p
    • タンパク質・ペプチド: Skp1p
キーワードRAVE / assembly / CHAPERONE
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Wang H / Rubinstein JL
資金援助 米国, カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R35GM145256 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT166152 カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure of yeast RAVE bound to a partial V complex.
著者: Hanlin Wang / Maureen Tarsio / Patricia M Kane / John L Rubinstein /
要旨: Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are membrane-embedded proton pumps that acidify intracellular compartments in almost all eukaryotic cells. Homologous with ATP synthases, these multisubunit enzymes ...Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are membrane-embedded proton pumps that acidify intracellular compartments in almost all eukaryotic cells. Homologous with ATP synthases, these multisubunit enzymes consist of a soluble catalytic V subcomplex and a membrane-embedded proton-translocating V subcomplex. The V and V subcomplexes can undergo reversible dissociation to regulate proton pumping, with reassociation of V and V requiring the protein complex known as RAVE (regulator of the ATPase of vacuoles and endosomes). In the yeast , RAVE consists of subunits Rav1p, Rav2p, and Skp1p. We used electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine a structure of yeast RAVE bound to V. In the structure, RAVE is an L-shaped complex with Rav2p pointing toward the membrane and Skp1p distant from both the membrane and V. Only Rav1p interacts with V, binding to a region of subunit A not found in the corresponding ATP synthase subunit. When bound to RAVE, V is in a rotational state suitable for binding the free V complex, but in the structure, it is partially disrupted, missing five of its 16 subunits. Other than these missing subunits and the conformation of the inhibitory subunit H, the V complex with RAVE appears poised for reassembly with V.
履歴
登録2024年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2024年12月18日-
現状2024年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45789.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The original primary map was highly anisotropic, so it was low-pass filtered to a resolution of 12 A. The unfiltered map is also included as an additional map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 263.68 Å		1.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 263.68 Å		1.03 Å/pix.
x 256 pix.
= 263.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.36068696 - 0.6551732
平均 (標準偏差)0.00037837512 (±0.01693494)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 263.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Original unfiltered map

ファイルemd_45789_additional_1.map
注釈Original unfiltered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45789_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45789_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : yeast RAVE complex

全体名称: yeast RAVE complex
要素
  • 複合体: yeast RAVE complex
    • タンパク質・ペプチド: Rav1p
    • タンパク質・ペプチド: Rav2p
    • タンパク質・ペプチド: Skp1p

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超分子 #1: yeast RAVE complex

超分子名称: yeast RAVE complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Rav1p

分子名称: Rav1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLNFLPGRP NATPQTACQ A TWQNHTIF AY CSGNNLI ILT NKFTRL QTIY TQSDC TAVDI NSQN GFIALS FHN RVLIYKP IH QIMQNPKW T QCCQLFHDD TPVNCLRWSS DNELAIGSD F LSFWKIKD NF GVYQPIL QWN QKQPKP VYNV IISQD ...文字列:
MSLNFLPGRP NATPQTACQ A TWQNHTIF AY CSGNNLI ILT NKFTRL QTIY TQSDC TAVDI NSQN GFIALS FHN RVLIYKP IH QIMQNPKW T QCCQLFHDD TPVNCLRWSS DNELAIGSD F LSFWKIKD NF GVYQPIL QWN QKQPKP VYNV IISQD SQLIV SIGK YDCNAK LWK RVSIVGE QA IFNLTMLP H PKPITAMRW KKEPDQVSKN NTASHALYT L CEDKVLRI WS CFEMEKN HTV QIWGEV PLSP TQKFC VIIDN WIIR QTLSVK DSE IFDISDS DI VILGSMTG E MEVLALNNL SQDPPKPMTK KTISHKKVK K ATMLNDTR YL YLPEIQP YDN VKGKLS FLVH DLQGV IRHLL IDIL QLINNK TED LSAALEH KF TGHNKSVQ K LVRSSDGEA LLTTSRFSEN GVWYPQKLN H GVSLRLQN TI QTESPIK FAV VHELGK QVIC LLENG ALQAW ECPT NRKEDS EQK QSYLRVE TR LKEEKKIH P IVMLNTPEP KHSHERHFTA LIFSDGSIK A FEVSLTRG IF EVKSDSL DID GDDIYK ISII DPVHQ TFVSN RPLI SLITKK GLT RTYKAIV NY NDRHVQWI K ACEINTGIM NCTCIRGSST GKLCIVNST G KVMSLWDL NR GVLEYEE TFH NPIEDI DWTS TEYGQ SIVSI GFTG YALLYT QLR YDYTNNT PS YLPIEKID I TAHTAHNIG DSVWMKNGTF VVASGNQFY I KDKSLDLT DP FTYQSIG SRK ILSNDI LHLS SVLNG PLPVY HPQF LIQAIY ANK LQLVKEL LL RLFLALRK L DFESQDVSN LDSNLGMDPL KYFIAKDRD Y PVESFPDP YP CFNKTVS LAL TEQLTK TTLP YLTRH QQITL ITVI EAVDEV TKN ENIVDYN GV RFLLGVKL F LSHKNIQKS ILMRDVSWAL HSDNKEILL S SIDRHITS WN RAREYRI AYW IKEQDL VKKF EDIAK YEFSK DDKR DPSRCA IFY LALKKKQ IL LSLWKMAI G HPEQQKMVR FISNDFTVPR WRTAALKNA F VLLSKHRY MD AAVFFLL TDS LKDCVN VLCK QVHDM DLAIG VCRV YEGDNG PVL GELLTAQ ML PETIKEND R WKASFIYWK LRKQEVAIKA LLTAPIDLE N NSSIVDKE VC VNRSFLV EDP ALLYLY NHLR NRNLK YFIGS LNVE AKIECT LIL RVTDILC RM GCNYLAVS L VKNWKFIER NSIPVQKLLK SPTKDRAYS A IGAMASEP IS TARMRPS LFD KFGSPS ASDI ESPNP KLPNS LLDD FLQPPP NST SSNSLAQ SS SSAPRSIL D EFVSPSYSQ HKENLTPKAP NDSVGETDN S ENRKDKLS KD ILDDLSS QKP QKPKKS AITK NLLDD FV

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分子 #2: Rav2p

分子名称: Rav2p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSVDLFPNDR FGAEDKYDN F KDAVKECS WL IEEIVKP QLP NIIDNF SKCL EMLES DQIFK MPVS NGIPNE SNK QNDSPTV KG VITRQGQY I VDFHIVVRF PQFQRGKQVM FRMNTGLNF L LIQFSKIM TH LKNILEI LNQ LQVATD VSEF VSKFG ...文字列:
MSVDLFPNDR FGAEDKYDN F KDAVKECS WL IEEIVKP QLP NIIDNF SKCL EMLES DQIFK MPVS NGIPNE SNK QNDSPTV KG VITRQGQY I VDFHIVVRF PQFQRGKQVM FRMNTGLNF L LIQFSKIM TH LKNILEI LNQ LQVATD VSEF VSKFG VAMEL LNHS LILLQN PPR DLVFPED NN FAMKEMFQ D CYSVCESTA HILGLELTLC RNELCIELR N LIKVTKKP WC EIDSKTG RSF CDQIRN QVTN ERNKT LSKIL SENG VQVQDS TLL NHIISSF QS EAITLPEA Q ELLRRGVTF DNRVVMECEK LIVSTSDPT L ISISAKLN SL KASMANH QAN LVASKQ LSTY K

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分子 #3: Skp1p

分子名称: Skp1p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MVTSNVVLVS GEGERFTVD K KIAERSLL LK NYLNDMH DSN LQNNSD SESD SDSET NHKSK DNNN GDDDDE DDD EIVMPVP NV RSSVLQKV I EWAEHHRDS NFPDEDDDDS RKSAPVDSW D REFLKVDQ EM LYEIILA ANY LNIKPL LDAG CKVVA ...文字列:
MVTSNVVLVS GEGERFTVD K KIAERSLL LK NYLNDMH DSN LQNNSD SESD SDSET NHKSK DNNN GDDDDE DDD EIVMPVP NV RSSVLQKV I EWAEHHRDS NFPDEDDDDS RKSAPVDSW D REFLKVDQ EM LYEIILA ANY LNIKPL LDAG CKVVA EMIRG RSPE EIRRTF NIV NDFTPEE EA AIRRENEW A EDR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 92040
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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