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- EMDB-45788: Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45788
タイトルYeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 2種
キーワードV-ATPase / RAVE / assembly / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / vacuole-mitochondrion membrane contact site / septin ring assembly / Insulin receptor recycling ...RAVE complex / Iron uptake and transport / CBF3 complex / regulation of transcription by galactose / regulation of sulfur amino acid metabolic process / cellular response to methylmercury / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / vacuole-mitochondrion membrane contact site / septin ring assembly / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / ROS and RNS production in phagocytes / Amino acids regulate mTORC1 / Golgi lumen acidification / proteasome storage granule assembly / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / endosomal lumen acidification / regulation of exit from mitosis / proton-transporting V-type ATPase complex / kinetochore assembly / early endosome to late endosome transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / pexophagy / intron homing / intein-mediated protein splicing / vacuolar acidification / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / fungal-type vacuole membrane / protein neddylation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / mitochondrial fusion / regulation of metabolic process / silent mating-type cassette heterochromatin formation / exit from mitosis / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / cullin family protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / DNA replication origin binding / regulation of protein-containing complex assembly / subtelomeric heterochromatin formation / ATP metabolic process / H+-transporting two-sector ATPase / negative regulation of cytoplasmic translation / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / endomembrane system / proton transmembrane transport / regulation of mitotic cell cycle / kinetochore / transmembrane transport / G1/S transition of mitotic cell cycle / intracellular calcium ion homeostasis / cytoplasmic stress granule / G2/M transition of mitotic cell cycle / protein transport / mitotic cell cycle / protein-containing complex assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / early endosome membrane / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / membrane raft / Golgi membrane / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RAVE complex protein Rav1 C-terminal / : / RAVE protein 1 C terminal / RAVE subunit 2/Rogdi / Rogdi leucine zipper containing protein / Homing endonuclease PI-Sce / Homing endonuclease / Hom-end-associated Hint / Hom_end-associated Hint / ATPase, V1 complex, subunit H ...RAVE complex protein Rav1 C-terminal / : / RAVE protein 1 C terminal / RAVE subunit 2/Rogdi / Rogdi leucine zipper containing protein / Homing endonuclease PI-Sce / Homing endonuclease / Hom-end-associated Hint / Hom_end-associated Hint / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / Intein / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / ATPase, V1 complex, subunit D / V-type ATPase subunit E / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / Hint domain superfamily / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit B / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit E / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit H / Regulator of V-ATPase in vacuolar membrane protein 1 / V-type proton ATPase subunit G / Suppressor of kinetochore protein 1 / Regulator of V-ATPase in vacuolar membrane protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang H / Rubinstein JL
資金援助 米国, カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)1R35GM145256 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT166152 カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure of yeast RAVE bound to a partial V complex.
著者: Hanlin Wang / Maureen Tarsio / Patricia M Kane / John L Rubinstein /
要旨: Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are membrane-embedded proton pumps that acidify intracellular compartments in almost all eukaryotic cells. Homologous with ATP synthases, these multisubunit enzymes ...Vacuolar-type ATPases (V-ATPases) are membrane-embedded proton pumps that acidify intracellular compartments in almost all eukaryotic cells. Homologous with ATP synthases, these multisubunit enzymes consist of a soluble catalytic V subcomplex and a membrane-embedded proton-translocating V subcomplex. The V and V subcomplexes can undergo reversible dissociation to regulate proton pumping, with reassociation of V and V requiring the protein complex known as RAVE (regulator of the ATPase of vacuoles and endosomes). In the yeast , RAVE consists of subunits Rav1p, Rav2p, and Skp1p. We used electron cryomicroscopy (cryo-EM) to determine a structure of yeast RAVE bound to V. In the structure, RAVE is an L-shaped complex with Rav2p pointing toward the membrane and Skp1p distant from both the membrane and V. Only Rav1p interacts with V, binding to a region of subunit A not found in the corresponding ATP synthase subunit. When bound to RAVE, V is in a rotational state suitable for binding the free V complex, but in the structure, it is partially disrupted, missing five of its 16 subunits. Other than these missing subunits and the conformation of the inhibitory subunit H, the V complex with RAVE appears poised for reassembly with V.
履歴
登録2024年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45788.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 226.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 390 pix.
= 401.7 Å		1.03 Å/pix.
x 390 pix.
= 401.7 Å		1.03 Å/pix.
x 390 pix.
= 401.7 Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-2.7796712 - 5.182949
平均 (標準偏差)-0.000053142503 (±0.09581577)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ390390390
Spacing390390390
セルA=B=C: 401.69998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex

全体名称: Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex
要素
  • 複合体: Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit B
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit E
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit G
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit H
    • タンパク質・ペプチド: Regulator of V-ATPase in vacuolar membrane protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Regulator of V-ATPase in vacuolar membrane protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Suppressor of kinetochore protein 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex

超分子名称: Yeast RAVE bound to V-ATPase V1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: V-type proton ATPase catalytic subunit A

分子名称: V-type proton ATPase catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 118.782547 KDa
配列文字列: MAGAIENARK EIKRISLEDH AESEYGAIYS VSGPVVIAEN MIGCAMYELV KVGHDNLVGE VIRIDGDKAT IQVYEETAGL TVGDPVLRT GKPLSVELGP GLMETIYDGI QRPLKAIKEE SQSIYIPRGI DTPALDRTIK WQFTPGKFQV GDHISGGDIY G SVFENSLI ...文字列:
MAGAIENARK EIKRISLEDH AESEYGAIYS VSGPVVIAEN MIGCAMYELV KVGHDNLVGE VIRIDGDKAT IQVYEETAGL TVGDPVLRT GKPLSVELGP GLMETIYDGI QRPLKAIKEE SQSIYIPRGI DTPALDRTIK WQFTPGKFQV GDHISGGDIY G SVFENSLI SSHKILLPPR SRGTITWIAP AGEYTLDEKI LEVEFDGKKS DFTLYHTWPV RVPRPVTEKL SADYPLLTGQ RV LDALFPC VQGGTTCIPG AFGCGKTVIS QSLSKYSNSD AIIYVGCFAK GTNVLMADGS IECIENIEVG NKVMGKDGRP REV IKLPRG RETMYSVVQK SQHRAHKSDS SREVPELLKF TCNATHELVV RTPRSVRRLS RTIKGVEYFE VITFEMGQKK APDG RIVEL VKEVSKSYPI SEGPERANEL VESYRKASNK AYFEWTIEAR DLSLLGSHVR KATYQTYAPI LYENDHFFDY MQKSK FHLT IEGPKVLAYL LGLWIGDGLS DRATFSVDSR DTSLMERVTE YAEKLNLCAE YKDRKEPQVA KTVNLYSKVV RGNGIR NNL NTENPLWDAI VGLGFLKDGV KNIPSFLSTD NIGTRETFLA GLIDSDGYVT DEHGIKATIK TIHTSVRDGL VSLARSL GL VVSVNAEPAK VDMNGTKHKI SYAIYMSGGD VLLNVLSKCA GSKKFRPAPA AAFARECRGF YFELQELKED DYYGITLS D DSDHQFLLAN QVVVHNCGER GNEMAEVLME FPELYTEMSG TKEPIMKRTT LVANTSNMPV AAREASIYTG ITLAEYFRD QGKNVSMIAD SSSRWAEALR EISGRLGEMP ADQGFPAYLG AKLASFYERA GKAVALGSPD RTGSVSIVAA VSPAGGDFSD PVTTATLGI TQVFWGLDKK LAQRKHFPSI NTSVSYSKYT NVLNKFYDSN YPEFPVLRDR MKEILSNAEE LEQVVQLVGK S ALSDSDKI TLDVATLIKE DFLQQNGYST YDAFCPIWKT FDMMRAFISY HDEAQKAVAN GANWSKLADS TGDVKHAVSS SK FFEPSRG EKEVHGEFEK LLSTMQERFA ESTD

UniProtKB: V-type proton ATPase catalytic subunit A

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分子 #2: V-type proton ATPase subunit B

分子名称: V-type proton ATPase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 57.815023 KDa
配列文字列: MVLSDKELFA INKKAVEQGF NVKPRLNYNT VSGVNGPLVI LEKVKFPRYN EIVNLTLPDG TVRQGQVLEI RGDRAIVQVF EGTSGIDVK KTTVEFTGES LRIPVSEDML GRIFDGSGRP IDNGPKVFAE DYLDINGSPI NPYARIYPEE MISTGVSAID T MNSIARGQ ...文字列:
MVLSDKELFA INKKAVEQGF NVKPRLNYNT VSGVNGPLVI LEKVKFPRYN EIVNLTLPDG TVRQGQVLEI RGDRAIVQVF EGTSGIDVK KTTVEFTGES LRIPVSEDML GRIFDGSGRP IDNGPKVFAE DYLDINGSPI NPYARIYPEE MISTGVSAID T MNSIARGQ KIPIFSASGL PHNEIAAQIC RQAGLVRPTK DVHDGHEENF SIVFAAMGVN LETARFFKQD FEENGSLERT SL FLNLAND PTIERIITPR LALTTAEYLA YQTERHVLTI LTDMSSYADA LREVSAAREE VPGRRGYPGY MYTDLSTIYE RAG RVEGRN GSITQIPILT MPNDDITHPI PDLTGYITEG QIFVDRQLHN KGIYPPINVL PSLSRLMKSA IGEGMTRKDH GDVS NQLYA KYAIGKDAAA MKAVVGEEAL SIEDKLSLEF LEKFEKTFIT QGAYEDRTVF ESLDQAWSLL RIYPKEMLNR ISPKI LDEF YDRARDDADE DEEDPDTRSS GKKKDASQEE SLI

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit B

+
分子 #3: V-type proton ATPase subunit E

分子名称: V-type proton ATPase subunit E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 26.508393 KDa
配列文字列: MSSAITALTP NQVNDELNKM QAFIRKEAEE KAKEIQLKAD QEYEIEKTNI VRNETNNIDG NFKSKLKKAM LSQQITKSTI ANKMRLKVL SAREQSLDGI FEETKEKLSG IANNRDEYKP ILQSLIVEAL LKLLEPKAIV KALERDVDLI ESMKDDIMRE Y GEKAQRAP ...文字列:
MSSAITALTP NQVNDELNKM QAFIRKEAEE KAKEIQLKAD QEYEIEKTNI VRNETNNIDG NFKSKLKKAM LSQQITKSTI ANKMRLKVL SAREQSLDGI FEETKEKLSG IANNRDEYKP ILQSLIVEAL LKLLEPKAIV KALERDVDLI ESMKDDIMRE Y GEKAQRAP LEEIVISNDY LNKDLVSGGV VVSNASDKIE INNTLEERLK LLSEEALPAI RLELYGPSKT RKFFD

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit E

+
分子 #4: V-type proton ATPase subunit G

分子名称: V-type proton ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 12.738706 KDa
配列文字列:
MSQKNGIATL LQAEKEAHEI VSKARKYRQD KLKQAKTDAA KEIDSYKIQK DKELKEFEQK NAGGVGELEK KAEAGVQGEL AEIKKIAEK KKDDVVKILI ETVIKPSAEV HINAL

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit G

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分子 #5: V-type proton ATPase subunit D

分子名称: V-type proton ATPase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 29.235023 KDa
配列文字列: MSGNREQVFP TRMTLGLMKT KLKGANQGYS LLKRKSEALT KRFRDITKRI DDAKQKMGRV MQTAAFSLAE VSYATGENIG YQVQESVST ARFKVRARQE NVSGVYLSQF ESYIDPEIND FRLTGLGRGG QQVQRAKEIY SRAVETLVEL ASLQTAFIIL D EVIKVTNR ...文字列:
MSGNREQVFP TRMTLGLMKT KLKGANQGYS LLKRKSEALT KRFRDITKRI DDAKQKMGRV MQTAAFSLAE VSYATGENIG YQVQESVST ARFKVRARQE NVSGVYLSQF ESYIDPEIND FRLTGLGRGG QQVQRAKEIY SRAVETLVEL ASLQTAFIIL D EVIKVTNR RVNAIEHVII PRTENTIAYI NSELDELDRE EFYRLKKVQE KKQNETAKLD AEMKLKRDRA EQDASEVAAD EE PQGETLV ADQEDDVIF

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit D

+
分子 #6: V-type proton ATPase subunit F

分子名称: V-type proton ATPase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 13.347975 KDa
配列文字列:
AEKRTLIAVI ADEDTTTGLL LAGIGQITPE TQEKNFFVYQ EGKTTKEEIT DKFNHFTEER DDIAILLINQ HIAENIRARV DSFTNAFPA ILEIPSKDHP YDPEKDSVLK RVRKLFGE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit F

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分子 #7: V-type proton ATPase subunit H

分子名称: V-type proton ATPase subunit H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 54.482609 KDa
配列文字列: MGATKILMDS THFNEIRSII RSRSVAWDAL ARSEELSEID ASTAKALESI LVKKNIGDGL SSSNNAHSGF KVNGKTLIPL IHLLSTSDN EDCKKSVQNL IAELLSSDKY GDDTVKFFQE DPKQLEQLFD VSLKGDFQTV LISGFNVVSL LVQNGLHNVK L VEKLLKNN ...文字列:
MGATKILMDS THFNEIRSII RSRSVAWDAL ARSEELSEID ASTAKALESI LVKKNIGDGL SSSNNAHSGF KVNGKTLIPL IHLLSTSDN EDCKKSVQNL IAELLSSDKY GDDTVKFFQE DPKQLEQLFD VSLKGDFQTV LISGFNVVSL LVQNGLHNVK L VEKLLKNN NLINILQNIE QMDTCYVCIR LLQELAVIPE YRDVIWLHEK KFMPTLFKIL QRATDSQLAT RIVATNSNHL GI QLQYHSL LLIWLLTFNP VFANELVQKY LSDFLDLLKL VKITIKEKVS RLCISIILQC CSTRVKQHKK VIKQLLLLGN ALP TVQSLS ERKYSDEELR QDISNLKEIL ENEYQELTSF DEYVAELDSK LLCWSPPHVD NGFWSDNIDE FKKDNYKIFR QLIE LLQAK VRNGDVNAKQ EKIIIQVALN DITHVVELLP ESIDVLDKTG GKADIMELLN HSDSRVKYEA LKATQAIIGY TFK

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit H

+
分子 #8: Regulator of V-ATPase in vacuolar membrane protein 1

分子名称: Regulator of V-ATPase in vacuolar membrane protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 155.127328 KDa
配列文字列: MSLNFLPGRP NATPQTACQA TWQNHTIFAY CSGNNLIILT NKFTRLQTIY TQSDCTAVDI NSQNGFIALS FHNRVLIYKP IHQIMQNPK WTQCCQLFHD DTPVNCLRWS SDNELAIGSD FLSFWKIKDN FGVYQPILQW NQKQPKPVYN VIISQDSQLI V SIGKYDCN ...文字列:
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UniProtKB: Regulator of V-ATPase in vacuolar membrane protein 1

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分子 #9: Regulator of V-ATPase in vacuolar membrane protein 2

分子名称: Regulator of V-ATPase in vacuolar membrane protein 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 40.061035 KDa
配列文字列: MSVDLFPNDR FGAEDKYDNF KDAVKECSWL IEEIVKPQLP NIIDNFSKCL EMLESDQIFK MPVSNGIPNE SNKQNDSPTV KGVITRQGQ YIVDFHIVVR FPQFQRGKQV MFRMNTGLNF LLIQFSKIMT HLKNILEILN QLQVATDVSE FVSKFGVAME L LNHSLILL ...文字列:
MSVDLFPNDR FGAEDKYDNF KDAVKECSWL IEEIVKPQLP NIIDNFSKCL EMLESDQIFK MPVSNGIPNE SNKQNDSPTV KGVITRQGQ YIVDFHIVVR FPQFQRGKQV MFRMNTGLNF LLIQFSKIMT HLKNILEILN QLQVATDVSE FVSKFGVAME L LNHSLILL QNPPRDLVFP EDNNFAMKEM FQDCYSVCES TAHILGLELT LCRNELCIEL RNLIKVTKKP WCEIDSKTGR SF CDQIRNQ VTNERNKTLS KILSENGVQV QDSTLLNHII SSFQSEAITL PEAQELLRRG VTFDNRVVME CEKLIVSTSD PTL ISISAK LNSLKASMAN HQANLVASKQ LSTYK

UniProtKB: Regulator of V-ATPase in vacuolar membrane protein 2

+
分子 #10: Suppressor of kinetochore protein 1

分子名称: Suppressor of kinetochore protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 22.35727 KDa
配列文字列: MVTSNVVLVS GEGERFTVDK KIAERSLLLK NYLNDMHDSN LQNNSDSESD SDSETNHKSK DNNNGDDDDE DDDEIVMPVP NVRSSVLQK VIEWAEHHRD SNFPDEDDDD SRKSAPVDSW DREFLKVDQE MLYEIILAAN YLNIKPLLDA GCKVVAEMIR G RSPEEIRR ...文字列:
MVTSNVVLVS GEGERFTVDK KIAERSLLLK NYLNDMHDSN LQNNSDSESD SDSETNHKSK DNNNGDDDDE DDDEIVMPVP NVRSSVLQK VIEWAEHHRD SNFPDEDDDD SRKSAPVDSW DREFLKVDQE MLYEIILAAN YLNIKPLLDA GCKVVAEMIR G RSPEEIRR TFNIVNDFTP EEEAAIRREN EWAEDR

UniProtKB: Suppressor of kinetochore protein 1

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #12: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71341
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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