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万見
- EMDB-45773: JN.1 spike/Nanosota-9 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45773
タイトルJN.1 spike/Nanosota-9 complex
マップデータunsharpened map of JN.1 spike/Nanosota-9 complex
試料
  • 複合体: JN.1 spike/Nanosota-9 complex
    • 複合体: JN.1 spike
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: Nanosota-9
      • タンパク質・ペプチド: Nanosota-9
キーワードEBOV glycoprotein / nanobody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Ye G / Bu F / Liu B / Li F
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI089728 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI110700 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI171954 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024
タイトル: Discovery of Nanosota-9 as anti-Omicron nanobody therapeutic candidate.
著者: Gang Ye / Fan Bu / Divyasha Saxena / Hailey Turner-Hubbard / Morgan Herbst / Benjamin Spiller / Brian E Wadzinski / Lanying Du / Bin Liu / Jian Zheng / Fang Li /
要旨: Omicron subvariants of SARS-CoV-2 continue to pose a significant global health threat. Nanobodies, single-domain antibodies derived from camelids, are promising therapeutic tools against pandemic ...Omicron subvariants of SARS-CoV-2 continue to pose a significant global health threat. Nanobodies, single-domain antibodies derived from camelids, are promising therapeutic tools against pandemic viruses due to their favorable properties. In this study, we identified a novel nanobody, Nanosota-9, which demonstrates high potency against a wide range of Omicron subvariants both in vitro and in a mouse model. Cryo-EM data revealed that Nanosota-9 neutralizes Omicron through a unique mechanism: two Nanosota-9 molecules crosslink two receptor-binding domains (RBDs) of the trimeric Omicron spike protein, preventing the RBDs from binding to the ACE2 receptor. This mechanism explains its strong anti-Omicron potency. Additionally, the Nanosota-9 binding epitopes on the spike protein are relatively conserved among Omicron subvariants, contributing to its broad anti-Omicron spectrum. Combined with our recently developed structure-guided in vitro evolution approach for nanobodies, Nanosota-9 has the potential to serve as the foundation for a superior anti-Omicron therapeutic.
履歴
登録2024年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45773.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45773.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened map of JN.1 spike/Nanosota-9 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.968 Å		0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.968 Å		0.89 Å/pix.
x 384 pix.
= 339.968 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88533 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0517
最小 - 最大-0.29838568 - 0.7123113
平均 (標準偏差)0.00018867679 (±0.0169767)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 339.968 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened map of JN.1 spike/Nanosota-9 complex

ファイルemd_45773_additional_1.map
注釈sharpened map of JN.1 spike/Nanosota-9 complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A of JN.1 spike/Nanosota-9 complex

ファイルemd_45773_half_map_1.map
注釈half map_A of JN.1 spike/Nanosota-9 complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B of JN.1 spike/Nanosota-9 complex

ファイルemd_45773_half_map_2.map
注釈half map_B of JN.1 spike/Nanosota-9 complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : JN.1 spike/Nanosota-9 complex

全体名称: JN.1 spike/Nanosota-9 complex
要素
  • 複合体: JN.1 spike/Nanosota-9 complex
    • 複合体: JN.1 spike
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • 複合体: Nanosota-9
      • タンパク質・ペプチド: Nanosota-9

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超分子 #1: JN.1 spike/Nanosota-9 complex

超分子名称: JN.1 spike/Nanosota-9 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: JN.1 spike

超分子名称: JN.1 spike / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Recombinant spike protein
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: Nanosota-9

超分子名称: Nanosota-9 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: recombinant nanobody
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: JN.1 spike / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 139.255891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SASQCVMPLF NLITTTQSYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH LTQDLFLPFF SNVTWFHAIS GTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVFIKV CEFQFCNDPF LDVYHKNNKS W MESESGVY ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SASQCVMPLF NLITTTQSYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH LTQDLFLPFF SNVTWFHAIS GTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVFIKV CEFQFCNDPF LDVYHKNNKS W MESESGVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI IGRDFPQGFS ALEPLVDLPI GI NITRFQT LLALNRSYLT PGDSSSGWTA GAADYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIY QTSNFR VQPTESIVRF PNVTNLCPFH EVFNATRFAS VYAWNRTRIS NCVADYSVLY NFAPFFAFKC YGVSPTKLND LCFT NVYAD SFVIKGNEVS QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKHSGN YDYWYRSFRK SKLKPFERDI STEIY QAGN KPCKGKGPNC YFPLQSYGFR PTYGVGHQPY RVVVLSFELL HAPATVCGPK KSTNLVKNKC VNFNFNGLTG TGVLTK SNK KFLPFQQFGR DIVDTTDAVR DPQTLEILDI TPCSFGGVSV ITPGTNTSNQ VAVLYQGVNC TEVSVAIHAD QLTPTWR VY STGSNVFQTR AGCLIGAEYV NNSYECDIPI GAGICASYQT QTKSRAGARS VASQSIIAYT MSLGAENSVA YSNNSIAI P TNFTISVTTE ILPVSMTKTS VDCTMYICGD STECSNLLLQ YGSFCTQLKR ALTGIAVEQD KNTQEVFAQV KQIYKTPPI KYFGGFNFSQ ILPDPSKPSK RSPIEDLLFN KVTLADAGFI KQYGDCLGDI AARDLICAQK FNGLTVLPPL LTDEMIAQYT SALLAGTIT SGWTFGAGPA LQIPFPMQMA YRFNGIGVTQ NVLYENQKLI ANQFNSAIGK IQDSLFSTPS ALGKLQDVVN H NAQALNTL VKQLSSKFGA ISSVLNDILS RLDPPEAEVQ IDRLITGRLQ SLQTYVTQQL IRAAEIRASA NLAATKMSEC VL GQSKRVD FCGKGYHLMS FPQSAPHGVV FLHVTYVPAQ EKNFTTAPAI CHDGKAHFPR EGVFVSNGTH WFVTQRNFYE PQI ITTDNT FVSGNCDVVI GIVNNTVYDP LQLELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVVNIQ KEIDRLNEVA KNLN ESLID LQELGKYEQY IKGSGYIPEA PRDGQAYVRK DGEWVLLSTF LGHHHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: Nanosota-9

分子名称: Nanosota-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 16.311601 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCTASGIALH THATGWFRQA PGKEREGVSC ISSGDGTTYY EDSVEGRFTI SRDNAKNTVY LQMNSLKLE DTAVYYCAAD PGAVCHSGSY YYTDDDFYYR GQGTQVTVSS GGQHHHHHHG AYPYDVPDYA S

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 248315
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8ios


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9co8:
JN.1 spike/Nanosota-9 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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