[日本語] English
万見
- EMDB-45752: Structure of human Argonaute2-guide-target complex in a fully pai... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45752
タイトルStructure of human Argonaute2-guide-target complex in a fully paired, slicing-competent conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: miR7-HsAGO2 RISC
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*UP*AP*GP*UP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(*CP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute-2
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードRNAi / Argonaute / Slicing / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation ...: / endoribonuclease activity, cleaving miRNA-paired mRNA / endoribonuclease activity, cleaving siRNA-paired mRNA / siRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / Post-transcriptional silencing by small RNAs / Competing endogenous RNAs (ceRNAs) regulate PTEN translation / Regulation of CDH11 mRNA translation by microRNAs / Regulation of NPAS4 mRNA translation / Regulation of PTEN mRNA translation / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / positive regulation of trophoblast cell migration / Transcriptional Regulation by MECP2 / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / mRNA cap binding / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / pre-miRNA processing / RNA 7-methylguanosine cap binding / siRNA processing / regulation of synapse maturation / siRNA binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / RISC complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / TGFBR3 expression / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / P-body assembly / miRNA binding / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / MicroRNA (miRNA) biogenesis / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / RNA polymerase II complex binding / Regulation of MECP2 expression and activity / core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor activity / RNA endonuclease activity / positive regulation of translation / post-embryonic development / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional regulation by small RNAs / P-body / MAPK6/MAPK4 signaling / Pre-NOTCH Transcription and Translation / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / positive regulation of angiogenesis / double-stranded RNA binding / Ca2+ pathway / Estrogen-dependent gene expression / single-stranded RNA binding / postsynapse / translation / dendrite / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain ...Protein argonaute-2 / Protein argonaute, Mid domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / Argonaute-like, PIWI domain / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein argonaute-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mohamed AA / Wang PY / Bartel DP / Vos SM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2 GM146254 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: The structural basis for RNA slicing by human Argonaute2.
著者: Abdallah A Mohamed / Peter Y Wang / David P Bartel / Seychelle M Vos /
要旨: Argonaute (AGO) proteins associate with guide RNAs to form complexes that slice transcripts that pair to the guide. This slicing drives post-transcriptional gene-silencing pathways that are essential ...Argonaute (AGO) proteins associate with guide RNAs to form complexes that slice transcripts that pair to the guide. This slicing drives post-transcriptional gene-silencing pathways that are essential for many eukaryotes and the basis for new clinical therapies. Despite this importance, structural information on eukaryotic AGOs in a fully paired, slicing-competent conformation-hypothesized to be intrinsically unstable-has been lacking. Here we present the cryogenic-electron microscopy structure of a human AGO-guide complex bound to a fully paired target, revealing structural rearrangements that enable this conformation. Critically, the N domain of AGO rotates to allow the RNA full access to the central channel and forms contacts that license rapid slicing. Moreover, a conserved loop in the PIWI domain secures the RNA near the active site to enhance slicing rate and specificity. These results explain how AGO accommodates targets possessing the pairing specificity typically observed in biological and clinical slicing substrates.
履歴
登録2024年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_45752.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45752.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 300 pix.
= 196.2 Å		0.65 Å/pix.
x 300 pix.
= 196.2 Å		0.65 Å/pix.
x 300 pix.
= 196.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.338
最小 - 最大-2.0067601 - 3.60319
平均 (標準偏差)0.004738944 (±0.09351491)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 196.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_45752_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_45752_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_45752_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : miR7-HsAGO2 RISC

全体名称: miR7-HsAGO2 RISC
要素
  • 複合体: miR7-HsAGO2 RISC
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*UP*AP*GP*UP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*U)-3')
    • RNA: RNA (5'-R(*CP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: Protein argonaute-2
  • リガンド: MAGNESIUM ION

-
超分子 #1: miR7-HsAGO2 RISC

超分子名称: miR7-HsAGO2 RISC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113 KDa

-
分子 #1: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*UP*AP*GP*UP*GP*AP*UP*UP*UP*UP...

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*GP*GP*AP*AP*GP*AP*CP*UP*AP*GP*UP*GP*AP*UP*UP*UP*UP*GP*UP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.078188 KDa
配列文字列:
UGGAAGACUA GUGAUUUUGU UG

-
分子 #2: RNA (5'-R(*CP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*GP*UP*CP*UP*...

分子名称: RNA (5'-R(*CP*AP*AP*CP*AP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*CP*UP*AP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*CP*A)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.813276 KDa
配列文字列:
UUUCAACAAA AUCACUAGUC UUCCAAAU

-
分子 #3: Protein argonaute-2

分子名称: Protein argonaute-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 97.319102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GSYSGAGPAL APPAPPPPIQ GYAFKPPPRP DFGTSGRTIK LQANFFEMDI PKIDIYHYEL DIKPEKCPRR VNREIVEHMV QHFKTQIFG DRKPVFDGRK NLYTAMPLPI GRDKVELEVT LPGEGKDRIF KVSIKWVSCV SLQALHDALS GRLPSVPFET I QALDVVMR ...文字列:
GSYSGAGPAL APPAPPPPIQ GYAFKPPPRP DFGTSGRTIK LQANFFEMDI PKIDIYHYEL DIKPEKCPRR VNREIVEHMV QHFKTQIFG DRKPVFDGRK NLYTAMPLPI GRDKVELEVT LPGEGKDRIF KVSIKWVSCV SLQALHDALS GRLPSVPFET I QALDVVMR HLPSMRYTPV GRSFFTASEG CSNPLGGGRE VWFGFHQSVR PSLWKMMLNI DVSATAFYKA QPVIEFVCEV LD FKSIEEQ QKPLTDSQRV KFTKEIKGLK VEITHCGQMK RKYRVCNVTR RPASHQTFPL QQESGQTVEC TVAQYFKDRH KLV LRYPHL PCLQVGQEQK HTYLPLEVCN IVAGQRCIKK LTDNQTSTMI RATARSAPDR QEEISKLMRS ASFNTDPYVR EFGI MVKDE MTDVTGRVLQ PPSILYGGRN KAIATPVQGV WDMRNKQFHT GIEIKVWAIA CFAPQRQCTE VHLKSFTEQL RKISR DAGM PIQGQPCFCK YAQGADSVEP MFRHLKNTYA GLQLVVVILP GKTPVYAEVK RVGDTVLGMA TQCVQMKNVQ RTTPQT LSN LCLKINVKLG GVNNILLPQG RPPVFQQPVI FLGADVTHPP AGDGKKPSIA AVVGSMDAHP NRYCATVRVQ QHRQEII QD LAAMVRELLI QFYKSTRFKP TRIIFYRAGV SEGQFQQVLH HELLAIREAC IKLEKDYQPG ITFIVVQKRH HTRLFCTD K NERVGKSGNI PAGTTVDTKI THPTEFDFYL CSHAGIQGTS RPSHYHVLWD DNRFSSDELQ ILTYQLCHTY VRCTRSVSI PAPAYYAHLV AFRARYHLVD KEHDSAEGSH TSGQSNGRDH QALAKAVQVH QDTLRTMYFA

UniProtKB: Protein argonaute-2

-
分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
150.0 mMsodium chlorideNaCl
1.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 12 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1427326
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 69008
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9cmp:
Structure of human Argonaute2-guide-target complex in a fully paired, slicing-competent conformation

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る