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- EMDB-45746: Substrate bound DosP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45746
タイトルSubstrate bound DosP
マップデータ
試料
  • 複合体: Dimer of DosP
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen sensor protein DosP
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: OXYGEN MOLECULE
  • リガンド: 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードHeme / DosP / Phosphodiesterase / c-di-GMP / OXYGEN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase / regulation of single-species biofilm formation / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / response to oxygen levels / oxygen sensor activity / heme binding / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diguanylate cyclase/phosphodiesterase / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. ...Diguanylate cyclase/phosphodiesterase / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxygen sensor protein DosP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Kumar P / Kober DL
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00 GM141261 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM129547 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structures of the multi-domain oxygen sensor DosP: remote control of a c-di-GMP phosphodiesterase by a regulatory PAS domain.
著者: Wenbi Wu / Pankaj Kumar / Chad A Brautigam / Shih-Chia Tso / Hamid R Baniasadi / Daniel L Kober / Marie-Alda Gilles-Gonzalez /
要旨: The heme-based direct oxygen sensor DosP degrades c-di-GMP, a second messenger nearly unique to bacteria. In stationary phase Escherichia coli, DosP is the most abundant c-di-GMP phosphodiesterase. ...The heme-based direct oxygen sensor DosP degrades c-di-GMP, a second messenger nearly unique to bacteria. In stationary phase Escherichia coli, DosP is the most abundant c-di-GMP phosphodiesterase. Ligation of O to a heme-binding PAS domain (hPAS) of the protein enhances the phosphodiesterase through an allosteric mechanism that has remained elusive. We determine six structures of full-length DosP in its aerobic or anaerobic conformations, with or without c-di-GMP. DosP is an elongated dimer with the regulatory heme containing domain and phosphodiesterase separated by nearly 180 Å. In the absence of substrate, regardless of the heme status, DosP presents an equilibrium of two distinct conformations. Binding of substrate induces DosP to adopt a single, ON-state or OFF-state conformation depending on its heme status. Structural and biochemical studies of this multi-domain sensor and its mutants provide insights into signal regulation of second-messenger levels.
履歴
登録2024年7月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月20日-
マップ公開2024年11月20日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45746.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45746.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 71.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 266 pix.
= 359.432 Å		1.35 Å/pix.
x 263 pix.
= 355.379 Å		1.35 Å/pix.
x 267 pix.
= 360.784 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35125 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.0042996476 - 1.9516482
平均 (標準偏差)0.00066531514 (±0.014733534)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ263267266
Spacing267263266
セルA: 360.78372 Å / B: 355.37872 Å / C: 359.4325 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dimer of DosP

全体名称: Dimer of DosP
要素
  • 複合体: Dimer of DosP
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen sensor protein DosP
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: OXYGEN MOLECULE
  • リガンド: 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one)
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Dimer of DosP

超分子名称: Dimer of DosP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Oxygen sensor protein DosP

分子名称: Oxygen sensor protein DosP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 89.202969 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GIFFPALEQN MMGAVLINEN DEVMFFNPAA EKLWGYKREE VIGNNIDMLI PRDLRPAHPE YIRHNREGGK ARVEGMSREL QLEKKDGSK IWTRFALSKV SAEGKVYYLA LVRDASVEMA QKEQTRQLII AVDHLDRPVI VLDPERHIVQ CNRAFTEMFG Y CISEASGM ...文字列:
GIFFPALEQN MMGAVLINEN DEVMFFNPAA EKLWGYKREE VIGNNIDMLI PRDLRPAHPE YIRHNREGGK ARVEGMSREL QLEKKDGSK IWTRFALSKV SAEGKVYYLA LVRDASVEMA QKEQTRQLII AVDHLDRPVI VLDPERHIVQ CNRAFTEMFG Y CISEASGM QPDTLLNTPE FPADNRIRLQ QLLWKTARDQ DEFLLLTRTG EKIWIKASIS PVYDVLAHLQ NLVMTFSDIT EE RQIRQLE GNILAAMCSS PPFHEMGEII CRNIESVLNE SHVSLFALRN GMPIHWASSS HGAEIQNAQS WSATIRQRDG APA GILQIK TSSGAETSAF IERVADISQH MAALALEQEK SRQHIEQLIQ FDPMTGLPNR NNLHNYLDDL VDKAVSPVVY LIGV DHIQD VIDSLGYAWA DQALLEVVNR FREKLKPDQY LCRIEGTQFV LVSLENDVSN ITQIADELRN VVSKPIMIDD KPFPL TLSI GISYDLGKNR DYLLSTAHNA MDYIRKNGGN GWQFFSPAMN EMVKERLVLG AALKEAISNN QLKLVYQPQI FAETGE LYG IEALARWHDP LHGHVPPSRF IPLAEEIGEI ENIGRWVIAE ACRQLAEWRS QNIHIPALSV NLSALHFRSN QLPNQVS DA MHAWGIDGHQ LTVEITESMM MEHDTEIFKR IQILRDMGVG LSVDDFGTGF SGLSRLVSLP VTEIKIDKSF VDRCLTEK R ILALLEAITS IGQSLNLTVV AEGVETKEQF EMLRKIHCRV IQGYFFSRPL PAEEIPGWMS SVLPLKI

UniProtKB: Oxygen sensor protein DosP

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分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #3: OXYGEN MOLECULE

分子名称: OXYGEN MOLECULE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: OXY
分子量理論値: 31.999 Da
Chemical component information

ChemComp-O2:
OXYGEN MOLECULE

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分子 #4: 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydr...

分子名称: 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one)
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: C2E
分子量理論値: 690.411 Da
Chemical component information

ChemComp-C2E:
9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: This is a composite map created by combining maps generated separately for each half of the protein. The particle count and resolution provided refer to the best map obtained.
使用した粒子像数: 307809
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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