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- EMDB-45745: Cryo-EM structure of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45745
タイトルCryo-EM structure of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi-associated nuclease 1
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
    • DNA: DNA (46-MER) with (CAG)2 extrusion
    • DNA: DNA (40-MER)
キーワードnuclease / CAG expansion / DNA repair / Huntington's disease / DNA BINDING PROTEIN / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / 5'-flap endonuclease activity / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity ...flap-structured DNA binding / phosphodiesterase I / positive regulation of deoxyribonuclease activity / dinucleotide insertion or deletion binding / PCNA-p21 complex / mitotic telomere maintenance via semi-conservative replication / 5'-flap endonuclease activity / purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / nuclear lamina / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / Polymerase switching / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / MutLalpha complex binding / Processive synthesis on the lagging strand / PCNA complex / Removal of the Flap Intermediate / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / ubiquitin-modified protein reader activity / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / replisome / 5'-3' exonuclease activity / phosphodiesterase I activity / response to L-glutamate / histone acetyltransferase binding / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / G1/S-Specific Transcription / response to dexamethasone / replication fork processing / nuclear replication fork / SUMOylation of DNA replication proteins / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / translesion synthesis / mismatch repair / interstrand cross-link repair / intercellular bridge / response to cadmium ion / estrous cycle / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / base-excision repair, gap-filling / DNA polymerase binding / epithelial cell differentiation / male germ cell nucleus / positive regulation of DNA repair / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / liver regeneration / Translesion synthesis by POLI / replication fork / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / positive regulation of DNA replication / nuclear estrogen receptor binding / nucleotide-excision repair / Fanconi Anemia Pathway / Termination of translesion DNA synthesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / double-strand break repair via homologous recombination / Translesion Synthesis by POLH / receptor tyrosine kinase binding / HDR through Homologous Recombination (HRR) / Dual Incision in GG-NER / cellular response to hydrogen peroxide / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / cellular response to UV / cellular response to xenobiotic stimulus / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / response to estradiol / heart development / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / cilium / DNA repair / centrosome / chromatin binding / protein-containing complex binding / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain ...: / : / : / Fanconi-associated nuclease 1, SAP subdomain / Fanconi-associated nuclease 1, TPR domain / Fanconi-associated nuclease 1-like / : / FAN1, HTH domain / VRR-NUC domain / VRR-NUC domain / VRR_NUC / Rad18-like CCHC zinc finger / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / Rad18, zinc finger UBZ4-type / Zinc finger UBZ4-type profile. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen / Fanconi-associated nuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Fenglin L / Anna P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state
著者: Fenglin L / Anna P
履歴
登録2024年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45745.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45745.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.76 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.76 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.101026624 - 0.201057
平均 (標準偏差)0.0013044137 (±0.010027693)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 213.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45745_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45745_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state

全体名称: Ternary complex of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state
要素
  • 複合体: Ternary complex of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state
    • タンパク質・ペプチド: Fanconi-associated nuclease 1
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
    • DNA: DNA (46-MER) with (CAG)2 extrusion
    • DNA: DNA (40-MER)

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超分子 #1: Ternary complex of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state

超分子名称: Ternary complex of FAN1 R507H-PCNA-DNA in final state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Fanconi-associated nuclease 1

分子名称: Fanconi-associated nuclease 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.540695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: HPYYLRSFLV VLKTVLENED DMLLFDEQEK GIVTKFYQLS ATGQKLYVRL FQRKLSWIKM TKLEYEEIAL DLTPVIEELT NAGFLQTES ELQELSEVLE LLSAPELKSL AKTFHLVNPN GQKQQLVDAF LKLAKQHSVC TWGKNKPGIG AVILKRAKAL A GQSVRICK ...文字列:
HPYYLRSFLV VLKTVLENED DMLLFDEQEK GIVTKFYQLS ATGQKLYVRL FQRKLSWIKM TKLEYEEIAL DLTPVIEELT NAGFLQTES ELQELSEVLE LLSAPELKSL AKTFHLVNPN GQKQQLVDAF LKLAKQHSVC TWGKNKPGIG AVILKRAKAL A GQSVRICK GPRAVFSRIL LLFSLTDSME DEDAACGGQG QLSTVLLVNL GRMEFPSYTI NRKTHIFQDR DDLIRYAAAT HM LSDISSA MANGNWEEAK ELAQCAKRDW NRLKNHPSLR CHEDLPLFLR CFTVGWIYTR ILSRFVEILQ RLHMYEEAVR ELE SLLSQR IYCPDSRGRW WDRLALNLHQ HLKRLEPTIK CITEGLADPE VRTGHRLSLY QRAVRLRESP SCKKFKHLFQ QLPE MAVQD VKHVTITGRL CPQRGMCKSV FVMEAGEAAD PTTVLCSVEE LALAHYRRSG FDQGIHGEGS TFSTLYGLLL WDIIF MDGI PDVFRNACQA FPLDLCTDSF FTSRRPALEA RLQLIHDAPE ESLRAWVAAT WHEQEGRVAS LVSWDRFTSL QQAQDL VSC LGGPVLSGVC RHLAADFRHC RGGLPDLVVW NSQSRHFKLV EVKGPNDRLS HKQMIWLAEL QKLGAEVEVC HVVAVGA KS QSLS

UniProtKB: Fanconi-associated nuclease 1

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分子 #2: Proliferating cell nuclear antigen

分子名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.795752 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MFEARLVQGS ILKKVLEALK DLINEACWDI SSSGVNLQSM DSSHVSLVQL TLRSEGFDTY RCDRNLAMGV NLTSMSKILK CAGNEDIIT LRAEDNADTL ALVFEAPNQE KVSDYEMKLM DLDVEQLGIP EQEYSCVVKM PSGEFARICR DLSHIGDAVV I SCAKDGVK ...文字列:
MFEARLVQGS ILKKVLEALK DLINEACWDI SSSGVNLQSM DSSHVSLVQL TLRSEGFDTY RCDRNLAMGV NLTSMSKILK CAGNEDIIT LRAEDNADTL ALVFEAPNQE KVSDYEMKLM DLDVEQLGIP EQEYSCVVKM PSGEFARICR DLSHIGDAVV I SCAKDGVK FSASGELGNG NIKLSQTSNV DKEEEAVTIE MNEPVQLTFA LRYLNFFTKA TPLSSTVTLS MSADVPLVVE YK IADMGHL KYYLAPKIED EEGS

UniProtKB: Proliferating cell nuclear antigen

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分子 #3: DNA (46-MER) with (CAG)2 extrusion

分子名称: DNA (46-MER) with (CAG)2 extrusion / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.231137 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG) (DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)

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分子 #4: DNA (40-MER)

分子名称: DNA (40-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.25689 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DC) (DG)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 220000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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