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- EMDB-45728: Structure of ecarin from the venom of Kenyan saw-scaled viper in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45728
タイトルStructure of ecarin from the venom of Kenyan saw-scaled viper in complex with the Fab of neutralizing antibody H11
マップデータSharpened consensus map
試料
  • 複合体: Ecarin in complex with neutralizing antibody H11
    • タンパク質・ペプチド: Zinc metalloproteinase-disintegrin-like ecarin
    • タンパク質・ペプチド: H11 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: H11 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Endogenous peptide
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードSnake venom metalloproteinase / neutralizing antibody / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activator activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADAM cysteine-rich / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin ...ADAM cysteine-rich / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc metalloproteinase-disintegrin-like ecarin
類似検索 - 構成要素
生物種Echis pyramidum leakeyi (ヘビ) / Echis carinatus (ヘビ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å
データ登録者Mindrebo JT / Lander GC
資金援助 米国, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM145143 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS095892 米国
Wellcome Trust221705/Z/20/Z 英国
引用ジャーナル: Toxins (Basel) / 年: 2024
タイトル: Importance of the Cysteine-Rich Domain of Snake Venom Prothrombin Activators: Insights Gained from Synthetic Neutralizing Antibodies.
著者: Laetitia E Misson Mindrebo / Jeffrey T Mindrebo / Quoc Tran / Mark C Wilkinson / Jessica M Smith / Megan Verma / Nicholas R Casewell / Gabriel C Lander / Joseph G Jardine /
要旨: Snake venoms are cocktails of biologically active molecules that have evolved to immobilize prey, but can also induce a severe pathology in humans that are bitten. While animal-derived polyclonal ...Snake venoms are cocktails of biologically active molecules that have evolved to immobilize prey, but can also induce a severe pathology in humans that are bitten. While animal-derived polyclonal antivenoms are the primary treatment for snakebites, they often have limitations in efficacy and can cause severe adverse side effects. Building on recent efforts to develop improved antivenoms, notably through monoclonal antibodies, requires a comprehensive understanding of venom toxins. Among these toxins, snake venom metalloproteinases (SVMPs) play a pivotal role, particularly in viper envenomation, causing tissue damage, hemorrhage and coagulation disruption. One of the current challenges in the development of neutralizing monoclonal antibodies against SVMPs is the large size of the protein and the lack of existing knowledge of neutralizing epitopes. Here, we screened a synthetic human antibody library to isolate monoclonal antibodies against an SVMP from saw-scaled viper (genus ) venom. Upon characterization, several antibodies were identified that effectively blocked SVMP-mediated prothrombin activation. Cryo-electron microscopy revealed the structural basis of antibody-mediated neutralization, pinpointing the non-catalytic cysteine-rich domain of SVMPs as a crucial target. These findings emphasize the importance of understanding the molecular mechanisms of SVMPs to counter their toxic effects, thus advancing the development of more effective antivenoms.
履歴
登録2024年7月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45728.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened consensus map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.57 Å/pix.
x 540 pix.
= 305.64 Å		0.57 Å/pix.
x 540 pix.
= 305.64 Å		0.57 Å/pix.
x 540 pix.
= 305.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.566 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.4479696 - 1.9809555
平均 (標準偏差)-0.000012183662 (±0.025619201)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 305.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened consensus map

ファイルemd_45728_additional_1.map
注釈Unsharpened consensus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_45728_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_45728_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ecarin in complex with neutralizing antibody H11

全体名称: Ecarin in complex with neutralizing antibody H11
要素
  • 複合体: Ecarin in complex with neutralizing antibody H11
    • タンパク質・ペプチド: Zinc metalloproteinase-disintegrin-like ecarin
    • タンパク質・ペプチド: H11 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: H11 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Endogenous peptide
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Ecarin in complex with neutralizing antibody H11

超分子名称: Ecarin in complex with neutralizing antibody H11 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3-#4, #2
詳細: Ecarin was complexed with H11 Fab, which was prepared by papain digestion of an IgG H11 antibody.
由来(天然)生物種: Echis pyramidum leakeyi (ヘビ)

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分子 #1: Zinc metalloproteinase-disintegrin-like ecarin

分子名称: Zinc metalloproteinase-disintegrin-like ecarin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
由来(天然)生物種: Echis carinatus (ヘビ)
分子量理論値: 47.979473 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VPPHERKFEK KFIELVVVVD HSMVTKYNND STAIRTWIYE MLNTVNEIYL PFNIRVALVG LEFWCNGDLI NVTSTADDTL HSFGEWRAS DLLNRKRHDH AQLLTNVTLD HSTLGITFVY GMCKSDRSVE LILDYSNITF NMAYIIAHEM GHSLGMLHDT K FCTCGAKP ...文字列:
VPPHERKFEK KFIELVVVVD HSMVTKYNND STAIRTWIYE MLNTVNEIYL PFNIRVALVG LEFWCNGDLI NVTSTADDTL HSFGEWRAS DLLNRKRHDH AQLLTNVTLD HSTLGITFVY GMCKSDRSVE LILDYSNITF NMAYIIAHEM GHSLGMLHDT K FCTCGAKP CIMFGKESIP PPKEFSSCSY DQYNKYLLKY NPKCILDPPL RKDIASPAVC GNEIWEEGEE CDCGSPADCR NP CCDAATC KLKPGAECGN GECCDKCKIR KAGTECRPAR DDCDVAEHCT GQSAECPRNE FQRNGQPCLN NSGYCYNGDC PIM LNQCIA LFSPSATVAQ DSCFQRNLQG SYYGYCTKEI GYYGKRFPCA PQDVKCGRLY CLDNSFKKNM RCKNDYSYAD ENKG IVEPG TKCEDGKVCI NRKCVDVNTA Y

UniProtKB: Zinc metalloproteinase-disintegrin-like ecarin

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分子 #2: Endogenous peptide

分子名称: Endogenous peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Either degradation product or co-purified with complex. Molecule was not added to the sample.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 613.749 Da
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #3: H11 Fab heavy chain

分子名称: H11 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.413074 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNY AQKFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCARE WDDDDFSFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNY AQKFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCARE WDDDDFSFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKK

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分子 #4: H11 Fab light chain

分子名称: H11 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.782082 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG GYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YEVSNRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CSSYTSSSTL VVFGGGTKLT VLGQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT ...文字列:
QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTGTSSDVG GYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YEVSNRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CSSYTSSSTL VVFGGGTKLT VLGQPKAAPS VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGAV TVAWKADSSP V KAGVETTT PSKQSNNKYA ASSYLSLTPE QWKSHKSYSC QVTHEGSTVE KTVAPTECS

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium chloride
50.0 mMC4H11NO3Tris
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample was monodisperse but had preferred orientation on holey gold grids. Graphene grid was used to overcome preferred orientation and the two datasets were combined.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3840 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3712 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5511 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 88339 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 73000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2147888
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generated in CryoSPARC
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 334209
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類クラス数: 5
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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