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万見
- EMDB-4569: Flagellar motor relic structure from Plesiomonas shigelloides -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4569
タイトルFlagellar motor relic structure from Plesiomonas shigelloides
マップデータ
試料
  • 複合体: Flagellar relic structure from Plesiomonas shigelloides
生物種Plesiomonas shigelloides ATCC 14029 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 47.0 Å
データ登録者Ferreira JF / Beeby M
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2019
タイトル: γ-proteobacteria eject their polar flagella under nutrient depletion, retaining flagellar motor relic structures.
著者: Josie L Ferreira / Forson Z Gao / Florian M Rossmann / Andrea Nans / Susanne Brenzinger / Rohola Hosseini / Amanda Wilson / Ariane Briegel / Kai M Thormann / Peter B Rosenthal / Morgan Beeby /
要旨: Bacteria switch only intermittently to motile planktonic lifestyles under favorable conditions. Under chronic nutrient deprivation, however, bacteria orchestrate a switch to stationary phase, ...Bacteria switch only intermittently to motile planktonic lifestyles under favorable conditions. Under chronic nutrient deprivation, however, bacteria orchestrate a switch to stationary phase, conserving energy by altering metabolism and stopping motility. About two-thirds of bacteria use flagella to swim, but how bacteria deactivate this large molecular machine remains unclear. Here, we describe the previously unreported ejection of polar motors by γ-proteobacteria. We show that these bacteria eject their flagella at the base of the flagellar hook when nutrients are depleted, leaving a relic of a former flagellar motor in the outer membrane. Subtomogram averages of the full motor and relic reveal that this is an active process, as a plug protein appears in the relic, likely to prevent leakage across their outer membrane; furthermore, we show that ejection is triggered only under nutritional depletion and is independent of the filament as a possible mechanosensor. We show that filament ejection is a widespread phenomenon demonstrated by the appearance of relic structures in diverse γ-proteobacteria including Plesiomonas shigelloides, Vibrio cholerae, Vibrio fischeri, Shewanella putrefaciens, and Pseudomonas aeruginosa. While the molecular details remain to be determined, our results demonstrate a novel mechanism for bacteria to halt costly motility when nutrients become scarce.
履歴
登録2019年1月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年3月27日-
更新2019年3月27日-
現状2019年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.047
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.047
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4569.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4569.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.713 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.047 / ムービー #1: 0.047
最小 - 最大-0.16810913 - 0.22102694
平均 (標準偏差)0.011475681 (±0.0559221)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-125-125-125
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 678.25 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.7132.7132.713
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z678.250678.250678.250
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-383-383-383
NX/NY/NZ768768768
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-125-125-125
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.1680.2210.011

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Flagellar relic structure from Plesiomonas shigelloides

全体名称: Flagellar relic structure from Plesiomonas shigelloides
要素
  • 複合体: Flagellar relic structure from Plesiomonas shigelloides

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超分子 #1: Flagellar relic structure from Plesiomonas shigelloides

超分子名称: Flagellar relic structure from Plesiomonas shigelloides
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Plesiomonas shigelloides ATCC 14029 (バクテリア)
細胞中の位置: Outer membrane

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: Cells grown in LB
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C13 (13回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 47.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 124
抽出トモグラム数: 89 / 使用した粒子像数: 124 / ソフトウェア - 名称: IMOD
CTF補正ソフトウェア - 名称: TOMOCTF
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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