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- EMDB-45671: Subtomogram average of the Polar Tube Outer Filament layer from E... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45671
タイトルSubtomogram average of the Polar Tube Outer Filament layer from Encephalitozoon intestinalis microsporidian spores
マップデータFiltered map
試料
  • 細胞: Encephalitozoon intestinalis microsporidian spores
キーワードMicrosporidia / polar tube / subtomogram averaging / cryo-ET / CELL INVASION
生物種Encephalitozoon intestinalis (菌類)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.0 Å
データ登録者Usmani M / Coudray N / Bobe D / Kopylov M / Ekiert DC / Bhabha G
資金援助 米国, 8件
OrganizationGrant number国
American Heart Association915749 米国
Other privateSearle Scholars Program, SSP-2018-2737
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI147131 米国
Other privateHirschl Career Scientist Award
The Pew Charitable TrustsPEW-00033055 米国
Other governmentNIH Common Fund Transformative High Resolution Cryo-Electron Microscopy, U24 GM129539
Simons FoundationSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)9 P41 GM103310 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Cryo-ET reveals the architecture of the polar tube invasion apparatus from microsporidian parasites.
著者: Mahrukh Usmani / Nicolas Coudray / Margot Riggi / Rishwanth Raghu / Harshita Ramchandani / Daija Bobe / Mykhailo Kopylov / Ellen D Zhong / Janet H Iwasa / Damian C Ekiert / Gira Bhabha
要旨: Microsporidia are divergent fungal pathogens that employ a harpoon-like apparatus called the polar tube (PT) to invade host cells. The PT architecture and its association with neighboring organelles ...Microsporidia are divergent fungal pathogens that employ a harpoon-like apparatus called the polar tube (PT) to invade host cells. The PT architecture and its association with neighboring organelles remain poorly understood. Here, we use cryo-electron tomography to investigate the structural cell biology of the PT in dormant spores from the human-infecting microsporidian species, . Segmentation and subtomogram averaging of the PT reveal at least four layers: two protein-based layers surrounded by a membrane, and filled with a dense core. Regularly spaced protein filaments form the structural skeleton of the PT. Combining cryo-electron tomography with cellular modeling, we propose a model for the 3-dimensional organization of the polaroplast, an organelle that is continuous with the membrane layer that envelops the PT. Our results reveal the ultrastructure of the microsporidian invasion apparatus , laying the foundation for understanding infection mechanisms.
履歴
登録2024年7月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月26日-
マップ公開2025年2月26日-
更新2025年3月5日-
現状2025年3月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45671.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45671.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Filtered map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.86 Å/pix.
x 64 pix.
= 439.168 Å		6.86 Å/pix.
x 64 pix.
= 439.168 Å		6.86 Å/pix.
x 64 pix.
= 439.168 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.862 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-1.0041461 - 1.148324
平均 (標準偏差)0.022266291 (±0.16539502)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 439.168 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45671_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Raw unfiltered map

ファイルemd_45671_additional_1.map
注釈Raw unfiltered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45671_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45671_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Encephalitozoon intestinalis microsporidian spores

全体名称: Encephalitozoon intestinalis microsporidian spores
要素
  • 細胞: Encephalitozoon intestinalis microsporidian spores

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超分子 #1: Encephalitozoon intestinalis microsporidian spores

超分子名称: Encephalitozoon intestinalis microsporidian spores / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Encephalitozoon intestinalis (菌類)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
200.0 mg/LKClPotassium Chloride
200.0 mg/LKH2PO4Potassium Phosphate monobasic
8000.0 mg/LNaClSodium Chloride
2160.0 mg/LNa2HPO4-7H2)Sodium Phosphate dibasic

詳細: Buffer details: DPBS (Gibco 14190144)
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: NITROGEN / 詳細: Wohlwend Compact 01 HPF.
詳細1.3e8 spores per uL

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.87 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 26000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 1657
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 7353 / ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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