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- EMDB-45655: Cryo-EM structure of alpha5beta1 integrin in complex with NeoNectin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45655
タイトルCryo-EM structure of alpha5beta1 integrin in complex with NeoNectin
マップデータSharpened map 3.19Angstrom
試料
  • 複合体: Protein complex of wild type integrin alpha-5 beta-1 with computationally designed protein NeoNectin
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-5
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-1
    • タンパク質・ペプチド: NeoNectin
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードa5B1 / de novo / tissue regeneration / extracellular matrix protein / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / regulation of inward rectifier potassium channel activity ...integrin alpha6-beta1 complex / integrin alpha8-beta1 complex / integrin alpha3-beta1 complex / integrin alpha5-beta1 complex / integrin alpha7-beta1 complex / integrin alpha10-beta1 complex / integrin alpha11-beta1 complex / positive regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / myoblast fate specification / regulation of inward rectifier potassium channel activity / regulation of collagen catabolic process / integrin alpha9-beta1 complex / integrin alpha4-beta1 complex / cardiac cell fate specification / integrin binding involved in cell-matrix adhesion / cell-cell adhesion mediated by integrin / integrin alpha1-beta1 complex / collagen binding involved in cell-matrix adhesion / integrin alpha2-beta1 complex / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / regulation of synapse pruning / reactive gliosis / formation of radial glial scaffolds / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / Other semaphorin interactions / Formation of the ureteric bud / CD40 signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / calcium-independent cell-matrix adhesion / integrin alphav-beta1 complex / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Fibronectin matrix formation / basement membrane organization / myelin sheath abaxonal region / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / CHL1 interactions / cardiac muscle cell myoblast differentiation / Laminin interactions / RUNX2 regulates genes involved in cell migration / MET interacts with TNS proteins / germ cell migration / leukocyte tethering or rolling / cardiac muscle cell differentiation / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / cell projection organization / Platelet Adhesion to exposed collagen / myoblast fusion / Elastic fibre formation / mesodermal cell differentiation / cell-substrate junction assembly / platelet-derived growth factor receptor binding / axon extension / Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cell migration involved in sprouting angiogenesis / wound healing, spreading of epidermal cells / heterotypic cell-cell adhesion / myoblast differentiation / integrin complex / regulation of spontaneous synaptic transmission / positive regulation of cell-substrate adhesion / dendrite morphogenesis / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / Molecules associated with elastic fibres / Basigin interactions / muscle organ development / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / lamellipodium assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / cell adhesion mediated by integrin / MET activates PTK2 signaling / Syndecan interactions / negative regulation of vasoconstriction / leukocyte cell-cell adhesion / epidermal growth factor receptor binding / sarcomere organization / positive regulation of wound healing / maintenance of blood-brain barrier / positive regulation of neuroblast proliferation / cell-substrate adhesion / positive regulation of sprouting angiogenesis / endodermal cell differentiation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / establishment of mitotic spindle orientation / cleavage furrow / glial cell projection / fibronectin binding / negative regulation of anoikis / intercalated disc / RHOG GTPase cycle / negative regulation of neuron differentiation / ECM proteoglycans / neuroblast proliferation / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Integrin cell surface interactions / cellular defense response / coreceptor activity
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-1 / Integrin alpha-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Werther R / Nguyen A / Estrada Alamo KA / Wang X / Campbell MG
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
The Pew Charitable Trusts 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM147414-01 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA015704-40; RRID:SCR_022611 米国
Other privateSeattle Cancer Consortium Safeway Inc Pilot Grant
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: De Novo Design of Integrin alpha5beta1 Modulating Proteins for Regenerative Medicine
著者: Wang X / Guillem-Marti J / Kumar S / Lee DS / Cabrerizo-Aguado D / Werther R / Estrada Alamo KA / Zhao YT / Nguyen A / Kopyeva I / Huang B / Li J / Hao Y / Li X / Brizuela-Velasco A / Murray ...著者: Wang X / Guillem-Marti J / Kumar S / Lee DS / Cabrerizo-Aguado D / Werther R / Estrada Alamo KA / Zhao YT / Nguyen A / Kopyeva I / Huang B / Li J / Hao Y / Li X / Brizuela-Velasco A / Murray AN / Gerben S / Roy A / DeForest CA / Springer T / Ruohola-Baker H / Cooper JA / Campbell MG / Maria Manero J / Ginebra M / Baker D
履歴
登録2024年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45655.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45655.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map 3.19Angstrom
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-1.0254947 - 2.0571992
平均 (標準偏差)0.000040452403 (±0.033777367)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 394.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45655_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional unsharpened map 3.19Angstrom

ファイルemd_45655_additional_1.map
注釈Additional unsharpened map 3.19Angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional sharpened map 3.28Angstrom

ファイルemd_45655_additional_2.map
注釈Additional sharpened map 3.28Angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional unsharpened map 3.28Angstrom

ファイルemd_45655_additional_3.map
注釈Additional unsharpened map 3.28Angstrom
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B from 3.19Angstrom map

ファイルemd_45655_half_map_1.map
注釈Half Map B from 3.19Angstrom map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map A from 3.19Angstrom map

ファイルemd_45655_half_map_2.map
注釈Half Map A from 3.19Angstrom map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Protein complex of wild type integrin alpha-5 beta-1 with computa...

全体名称: Protein complex of wild type integrin alpha-5 beta-1 with computationally designed protein NeoNectin
要素
  • 複合体: Protein complex of wild type integrin alpha-5 beta-1 with computationally designed protein NeoNectin
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-5
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-1
    • タンパク質・ペプチド: NeoNectin
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: Protein complex of wild type integrin alpha-5 beta-1 with computa...

超分子名称: Protein complex of wild type integrin alpha-5 beta-1 with computationally designed protein NeoNectin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Integrin alpha-5

分子名称: Integrin alpha-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 109.695867 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MGSRTPESPL HAVQLRWGPR RRPPLLPLLL LLLPPPPRVG GFNLDAEAPA VLSGPPGSFF GFSVEFYRPG TDGVSVLVGA PKANTSQPG VLQGGAVYLC PWGASPTQCT PIEFDSKGSR LLESSLSSSE GEEPVEYKSL QWFGATVRAH GSSILACAPL Y SWRTEKEP ...文字列:
MGSRTPESPL HAVQLRWGPR RRPPLLPLLL LLLPPPPRVG GFNLDAEAPA VLSGPPGSFF GFSVEFYRPG TDGVSVLVGA PKANTSQPG VLQGGAVYLC PWGASPTQCT PIEFDSKGSR LLESSLSSSE GEEPVEYKSL QWFGATVRAH GSSILACAPL Y SWRTEKEP LSDPVGTCYL STDNFTRILE YAPCRSDFSW AAGQGYCQGG FSAEFTKTGR VVLGGPGSYF WQGQILSATQ EQ IAESYYP EYLINLVQGQ LQTRQASSIY DDSYLGYSVA VGEFSGDDTE DFVAGVPKGN LTYGYVTILN GSDIRSLYNF SGE QMASYF GYAVAATDVN GDGLDDLLVG APLLMDRTPD GRPQEVGRVY VYLQHPAGIE PTPTLTLTGH DEFGRFGSSL TPLG DLDQD GYNDVAIGAP FGGETQQGVV FVFPGGPGGL GSKPSQVLQP LWAASHTPDF FGSALRGGRD LDGNGYPDLI VGSFG VDKA VVYRGRPIVS ASASLTIFPA MFNPEERSCS LEGNPVACIN LSFCLNASGK HVADSIGFTV ELQLDWQKQK GGVRRA LFL ASRQATLTQT LLIQNGARED CREMKIYLRN ESEFRDKLSP IHIALNFSLD PQAPVDSHGL RPALHYQSKS RIEDKAQ IL LDCGEDNICV PDLQLEVFGE QNHVYLGDKN ALNLTFHAQN VGEGGAYEAE LRVTAPPEAE YSGLVRHPGN FSSLSCDY F AVNQSRLLVC DLGNPMKAGA SLWGGLRFTV PHLRDTKKTI QFDFQILSKN LNNSQSDVVS FRLSVEAQAQ VTLNGVSKP EAVLFPVSDW HPRDQPQKEE DLGPAVHHVY ELINQGPSSI SQGVLELSCP QALEGQQLLY VTRVTGLNCT TNHPINPKGL ELDPEGSLH HQQKREAPSR SSASSGPQIL KCPEAECFRL RCELGPLHQQ ESQSLQLHFR VWAKTFLQRE HQPFSLQCEA V YKALKMPY RILPRQLPQK ERQVATAVQW TKAEGSYGTG GLEVLFQ

UniProtKB: Integrin alpha-5

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分子 #2: Integrin beta-1

分子名称: Integrin beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.743961 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MNLQPIFWIG LISSVCCVFA QTDENRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN STFLQEGMPT SARCDDLEAL KKKGCPPDDI ENPRGSKDI KKNKNVTNRS KGTAEKLKPE DITQIQPQQL VLRLRSGEPQ TFTLKFKRAE DYPIDLYYLM DLSYSMKDDL E NVKSLGTD ...文字列:
MNLQPIFWIG LISSVCCVFA QTDENRCLKA NAKSCGECIQ AGPNCGWCTN STFLQEGMPT SARCDDLEAL KKKGCPPDDI ENPRGSKDI KKNKNVTNRS KGTAEKLKPE DITQIQPQQL VLRLRSGEPQ TFTLKFKRAE DYPIDLYYLM DLSYSMKDDL E NVKSLGTD LMNEMRRITS DFRIGFGSFV EKTVMPYIST TPAKLRNPCT SEQNCTSPFS YKNVLSLTNK GEVFNELVGK QR ISGNLDS PEGGFDAIMQ VAVCGSLIGW RNVTRLLVFS TDAGFHFAGD GKLGGIVLPN DGQCHLENNM YTMSHYYDYP SIA HLVQKL SENNIQTIFA VTEEFQPVYK ELKNLIPKSA VGTLSANSSN VIQLIIDAYN SLSSEVILEN GKLSEGVTIS YKSY CKNGV NGTGENGRKC SNISIGDEVQ FEISITSNKC PKKDSDSFKI RPLGFTEEVE VILQYICECE CQSEGIPESP KCHEG NGTF ECGACRCNEG RVGRHCECST DEVNSEDMDA YCRKENSSEI CSNNGECVCG QCVCRKRDNT NEIYSGKFCE CDNFNC DRS NGLICGGNGV CKCRVCECNP NYTGSACDCS LDTSTCEASN GQICNGRGIC ECGVCKCTDP KFQGQTCEMC QTCLGVC AE HKECVQCRAF NKGEKKDTCT QECSYFNITK VESRDKLPQP VQPDPVSHCK EKDVDDCWFY FTYSVNGNNE VMVHVVEN P ECPTGPDDTS GLEVLFQ

UniProtKB: Integrin beta-1

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分子 #3: NeoNectin

分子名称: NeoNectin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.270766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGLNDIFEAQ KIEWHEGGSG GSELIIHGRG DFPSSELERL RERFERLGIK VRVDHKVLTL IGISEEEAER LARELRKRGI WVEIRKGGS LEHHHHHH

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #9: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTrisTris
150.0 mMNaClsodium chloride
1.0 mMMnCl2manganese chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: Collection at 30 degrees tilt
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72604
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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