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- EMDB-45637: CryoEM structure of NC99 hemagglutinin trimer in complex with Fab... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45637
タイトルCryoEM structure of NC99 hemagglutinin trimer in complex with Fab T009 3-E04
マップデータ
試料
  • 複合体: NC99 HA in complex with Fab T009 3-E04
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • タンパク質・ペプチド: 3-E04 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3-E04 Light chain
キーワードImmune system / Hemagglutinin / Fab / Macaque / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Li N / Tsybovsky Y / Sangesland M / Kanekiyo M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Functional, Immunogenetic, and Structural Convergence in Influenza Immunity between Humans and Macaques.
著者: Maya Sangesland / Ning Li / Yaroslav Tsybovsky / Megan D Rodgers / Julianna Han / Alesandra J Rodriguez / James A Ferguson / Amy R Henry / Sarah C Smith / Jesmine Roberts-Torres / Rebecca A ...著者: Maya Sangesland / Ning Li / Yaroslav Tsybovsky / Megan D Rodgers / Julianna Han / Alesandra J Rodriguez / James A Ferguson / Amy R Henry / Sarah C Smith / Jesmine Roberts-Torres / Rebecca A Gillespie / Cuiping Liu / Jonah S Merriam / Tyler Stephens / Connor Williams / Emma Maestle / Martin Corcoran / Michelle Ravichandran / Adrian Creanga / Sarah F Andrews / Theodore C Pierson / Gunilla B Karlsson Hedestam / Chaim A Schramm / Douglas S Reed / Daniel C Douek / Tongqing Zhou / Andrew B Ward / Masaru Kanekiyo
要旨: Human B cell immunity to the influenza hemagglutinin (HA) stem region, a universal influenza vaccine target, is often stereotyped and immunogenetically restricted, posing challenges for study outside ...Human B cell immunity to the influenza hemagglutinin (HA) stem region, a universal influenza vaccine target, is often stereotyped and immunogenetically restricted, posing challenges for study outside humans. Here, we show that macaques vaccinated with a HA stem immunogen elicit human-like public B cell lineages targeting two major conserved sites of vulnerability, the central stem and anchor epitopes. Central stem antibodies were predominantly derived from V 1-138, the macaque homolog of human V 1-69, a V -gene preferentially used in human central stem broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Similarly, macaques produced anchor bnAbs with the human-like NWP motif. Both bnAb lineages were functionally and structurally analogous to their human counterparts, with recognition mediated largely by germline-encoded motifs. Thus the macaque immunoglobulin repertoire supports human-like public bnAb responses to influenza HA. Moreover, this underscores the utility of homologous germline-encoded immunity, suggesting that immune repertoires of macaques and humans may have been similarly shaped during evolution.
HIGHLIGHTS: Functional human-like public antibody lineages can be elicited to HA stem supersites in macaques. Macaque central stem bnAbs are predominantly derived from V 1-138, a V -gene homologous ...HIGHLIGHTS: Functional human-like public antibody lineages can be elicited to HA stem supersites in macaques. Macaque central stem bnAbs are predominantly derived from V 1-138, a V -gene homologous to human V 1-69. The human-like CDR L3 NWP anchor epitope-targeting lineage can be elicited in macaques.Central stem and anchor bnAbs from humans and macaques engage their respective epitopes with atomic level similarity.
履歴
登録2024年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45637.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45637.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 360 pix.
= 399.6 Å		1.11 Å/pix.
x 360 pix.
= 399.6 Å		1.11 Å/pix.
x 360 pix.
= 399.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.3807845 - 1.7718043
平均 (標準偏差)0.0003542048 (±0.02489391)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 399.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45637_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_45637_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45637_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NC99 HA in complex with Fab T009 3-E04

全体名称: NC99 HA in complex with Fab T009 3-E04
要素
  • 複合体: NC99 HA in complex with Fab T009 3-E04
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • タンパク質・ペプチド: 3-E04 Heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 3-E04 Light chain

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超分子 #1: NC99 HA in complex with Fab T009 3-E04

超分子名称: NC99 HA in complex with Fab T009 3-E04 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 330 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 36.417867 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYVNNK ...文字列:
DTICIGYHAN NSTDTVDTVL EKNVTVTHSV NLLEDSHNGK LCLLKGIAPL QLGNCSVAGW ILGNPECELL ISKESWSYIV ETPNPENGT CYPGYFADYE ELREQLSSVS SFERFEIFPK ESSWPNHTVT GVSASCSHNG KSSFYRNLLW LTGKNGLYPN L SKSYVNNK EKEVLVLWGV HHPPNIGNQR ALYHTENAYV SVVSSHYSRR FTPEIAKRPK VRDQEGRINY YWTLLEPGDT II FEANGNL IAPWYAFALS RGFGSGIITS NAPMDECDAK CQTPQGAINS SLPFQNVHPV TIGECPKYVR SAKLRMVTGL RNI PSIQSR

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 25.28809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINQITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNNECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL ...文字列:
GLFGAIAGFI EGGWTGMVDG WYGYHHQNEQ GSGYAADQKS TQNAINQITN KVNSVIEKMN TQFTAVGKEF NKLERRMENL NKKVDDGFL DIWTYNAELL VLLENERTLD FHDSNVKNLY EKVKSQLKNN AKEIGNGCFE FYHKCNNECM ESVKNGTYDY P KYSEESKL NREKIDGVSG RLVPRGSPGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGHH HHHH

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #3: 3-E04 Heavy chain

分子名称: 3-E04 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル)
分子量理論値: 13.082574 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS SYGLSWVRQA PGKGLEWVSY ISNSGISTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTVS LQLNSLTPE DTAVYYCAKK GSTLIPYTWF DVWGPGVLVT VSS

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分子 #4: 3-E04 Light chain

分子名称: 3-E04 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル)
分子量理論値: 11.560853 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVMTQSPAT LSLSPGERAT LSCRASQSVS TSLAWYQQKP GQAPKLLIYG ASSRATGIPD RFSGSGSGTE FTLTISSLEP EDVGVYYCQ QDYNWPPLTF GGGTKVEIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3840 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3712 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2054500
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 160012
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8d21


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-9cjz:
CryoEM structure of NC99 hemagglutinin trimer in complex with Fab T009 3-E04

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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