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- EMDB-45601: Human E3 ligase E6AP in complex with HPV16-E6 and p53 -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45601
タイトルHuman E3 ligase E6AP in complex with HPV16-E6 and p53
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of E6AP with viral factor E6 and neosubstrate p53
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-protein ligase E3A
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G-binding protein G/Cellular tumor antigen p53 fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein E6
キーワードComplex / Viral / Ubiquitination / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / symbiont-mediated suppression of host transcription / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression ...sperm entry / positive regulation of Golgi lumen acidification / symbiont-mediated suppression of host transcription / regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / prostate gland growth / HECT-type E3 ubiquitin transferase / negative regulation of helicase activity / Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / regulation of cell cycle G2/M phase transition / regulation of fibroblast apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / regulation of Cdc42 protein signal transduction / mRNA transcription / positive regulation of programmed necrotic cell death / bone marrow development / circadian behavior / T cell proliferation involved in immune response / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / germ cell nucleus / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / IgG binding / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase regulator activity / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / negative regulation of neuroblast proliferation / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / ER overload response / thymocyte apoptotic process / B cell lineage commitment / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / negative regulation of mitophagy / androgen receptor signaling pathway / cardiac septum morphogenesis / negative regulation of DNA replication / entrainment of circadian clock by photoperiod / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / Zygotic genome activation (ZGA) / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / necroptotic process / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / SUMOylation of transcription factors / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / rRNA transcription / Transcriptional Regulation by VENTX / regulation of proteolysis / replicative senescence / general transcription initiation factor binding / cellular response to UV-C / progesterone receptor signaling pathway / cellular response to actinomycin D / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / neuroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / hematopoietic stem cell differentiation / Pyroptosis / viral process / postsynaptic cytosol / embryonic organ development / chromosome organization / type II interferon-mediated signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / somitogenesis / hematopoietic progenitor cell differentiation / glial cell proliferation / protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of fibroblast proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / negative regulation of stem cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-protein ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain superfamily / Amino-terminal Zinc-binding domain of ubiquitin ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3B/C / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / IgG-binding B / B domain ...Ubiquitin-protein ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain / Ubiquitin-protein ligase E3A, N-terminal zinc-binding domain superfamily / Amino-terminal Zinc-binding domain of ubiquitin ligase E3A / Ubiquitin-protein ligase E3B/C / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein E6 / Cellular tumor antigen p53 / Immunoglobulin G-binding protein G / Ubiquitin-protein ligase E3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Kenny S / Das C
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number
Other privateP30CA023168
American Heart Association905924/SK/2021 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM132024 米国
引用ジャーナル: Structure / : 2025
タイトル: Structure of E6AP in complex with HPV16-E6 and p53 reveals a novel ordered domain important for E3 ligase activation.
著者: Sebastian Kenny / Shalini Iyer / Clinton A Gabel / Natalia Tegenfeldt / Andrew G DeMarco / Mark C Hall / Leifu Chang / V Jo Davisson / Scott Vande Pol / Chittaranjan Das /
要旨: High-risk human papillomavirus E6 oncoprotein is a model system for the recognition and degradation of cellular p53 tumor suppressor protein. There remains a gap in the understanding of the ubiquitin ...High-risk human papillomavirus E6 oncoprotein is a model system for the recognition and degradation of cellular p53 tumor suppressor protein. There remains a gap in the understanding of the ubiquitin transfer reaction, including placement of the E6AP catalytic HECT domain of the ligase concerning the p53 substrate and how E6 itself is protected from ubiquitination. We determined the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the E6AP/E6/p53 complex, related the structure to in vivo modeling of the tri-molecular complex, and identified structural interactions associated with activation of the ubiquitin ligase function. The structure reveals that the N-terminal ordered domain (NOD) in E6AP has a terminal alpha helix that mediates the interaction of the NOD with the HECT domain of E6AP and protects the HPV-E6 protein from ubiquitination. In addition, this NOD helix is required for E6AP ligase function by contributing to the affinity of the E6-E6AP association, modulating E6 substrate recognition, while displacing UbcH7.
履歴
登録2024年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月8日-
マップ公開2025年1月8日-
更新2025年3月19日-
現状2025年3月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45601.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å
0.86 Å/pix.
x 256 pix.
= 220.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.316
最小 - 最大-3.2597888 - 5.208333
平均 (標準偏差)0.0016058313 (±0.088757455)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 220.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45601_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45601_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of E6AP with viral factor E6 and neosubstrate p53

全体名称: Ternary complex of E6AP with viral factor E6 and neosubstrate p53
要素
  • 複合体: Ternary complex of E6AP with viral factor E6 and neosubstrate p53
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-protein ligase E3A
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G-binding protein G/Cellular tumor antigen p53 fusion protein
    • タンパク質・ペプチド: Protein E6

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超分子 #1: Ternary complex of E6AP with viral factor E6 and neosubstrate p53

超分子名称: Ternary complex of E6AP with viral factor E6 and neosubstrate p53
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Ubiquitin-protein ligase E3A

分子名称: Ubiquitin-protein ligase E3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: HECT-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 102.982867 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEKLHQCYWK SGEPQSDDIE ASRMKRAAAK HLIERYYHQL TEGCGNEACT NEFCASCPTF LRMDNNAAA IKALELYKIN AKLCDPHPSK KGASSAYLEN SKGAPNNSCS EIKMNKKGAR IDFKDVTYLT EEKVYEILEL C REREDYSP ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MEKLHQCYWK SGEPQSDDIE ASRMKRAAAK HLIERYYHQL TEGCGNEACT NEFCASCPTF LRMDNNAAA IKALELYKIN AKLCDPHPSK KGASSAYLEN SKGAPNNSCS EIKMNKKGAR IDFKDVTYLT EEKVYEILEL C REREDYSP LIRVIGRVFS SAEALVQSFR KVKQHTKEEL KSLQAKDEDK DEDEKEKAAC SAAAMEEDSE ASSSRIGDSS QG DNNLQKL GPDDVSVDID AIRRVYTRLL SNEKIETAFL NALVYLSPNV ECDLTYHNVY SRDPNYLNLF IIVMENRNLH SPE YLEMAL PLFCKAMSKL PLAAQGKLIR LWSKYNADQI RRMMETFQQL ITYKVISNEF NSRNLVNDDD AIVAASKCLK MVYY ANVVG GEVDTNHNEE DDEEPIPESS ELTLQELLGE ERRNKKGPRV DPLETELGVK TLDCRKPLIP FEEFINEPLN EVLEM DKDY TFFKVETENK FSFMTCPFIL NAVTKNLGLY YDNRIRMYSE RRITVLYSLV QGQQLNPYLR LKVRRDHIID DALVRL EMI AMENPADLKK QLYVEFEGEQ GVDEGGVSKE FFQLVVEEIF NPDIGMFTYD ESTKLFWFNP SSFETEGQFT LIGIVLG LA IYNNCILDVH FPMVVYRKLM GKKGTFRDLG DSHPVLYQSL KDLLEYEGNV EDDMMITFQI SQTDLFGNPM MYDLKENG D KIPITNENRK EFVNLYSDYI LNKSVEKQFK AFRRGFHMVT NESPLKYLFR PEEIELLICG SRNLDFQALE ETTEYDGGY TRDSVLIREF WEIVHSFTDE QKRLFLQFTT GTDRAPVGGL GKLKMIIAKN GPDTERLPTS HTCFNVLLLP EYSSKEKLKE RLLKAITYA KGFGML

UniProtKB: Ubiquitin-protein ligase E3A

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分子 #2: Immunoglobulin G-binding protein G/Cellular tumor antigen p53 fus...

分子名称: Immunoglobulin G-binding protein G/Cellular tumor antigen p53 fusion protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 43.801734 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHSS GMTYKLILNG KTLKGETTTE AVDAATAEKV FKQYANDNGV DGEWTYDDAT KTFTVTEEFS SGSSGENLYF QGSHMEEPQ SDPSVEPPLS QETFSDLWKL LPENNVLSPL PSQAMDDLML SPDDIEQWFT EDPGPDEAPR MPEAAPPVAP A PAAPTPAA ...文字列:
MGHHHHHHSS GMTYKLILNG KTLKGETTTE AVDAATAEKV FKQYANDNGV DGEWTYDDAT KTFTVTEEFS SGSSGENLYF QGSHMEEPQ SDPSVEPPLS QETFSDLWKL LPENNVLSPL PSQAMDDLML SPDDIEQWFT EDPGPDEAPR MPEAAPPVAP A PAAPTPAA PAPAPSWPLS SSVPSQKTYQ GSYGFRLGFL HSGTAKSVTC TYSPALNKLF CQLAKTCPVQ LWVDSTPPPG TR VRAMAIY KQSQHMTEVV RRCPHHERCS DSDGLAPPQH LIRVEGNLRA EYLDDRNTFR HSVVVPYEPP EVGSDCTTIH YNY MCYSSC MGGMNRRPIL TIITLEDSSG NLLGRDSFEV RVCACPGRDR RTEEENLRKK GEPHHELPPG STKRALPNNT

UniProtKB: Immunoglobulin G-binding protein G, Cellular tumor antigen p53

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分子 #3: Protein E6

分子名称: Protein E6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human papillomavirus 16 (パピローマウイルス)
分子量理論値: 18.365369 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MFQDPQERPR KLPQLCTELQ TTIHDIILEC VYCKQQLLRR EVYDFAFRDL CIVYRDGNPY AVCDKCLKFY SKISEYRHYC YSLYGTTLE QQYNKPLCDL LIRCINCQKP LCPEEKQRHL DKKQRFHNIR GRWTGRCMSC CRSSRTRRET QL

UniProtKB: Protein E6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279 K
詳細monodisperse, further purified by SEC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5548 / 平均露光時間: 3.192 sec. / 平均電子線量: 1.52 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1591147
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: AlphaFold2 model for E6AP and p53
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / 使用した粒子像数: 238679
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-9cht:
Human E3 ligase E6AP in complex with HPV16-E6 and p53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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