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- EMDB-45593: Focused refinement map of WD40:ARM/ANK interface from LRRK2(I2020... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45593
タイトルFocused refinement map of WD40:ARM/ANK interface from LRRK2(I2020T) MLi-2 dataset
マップデータ
試料
  • 複合体: LRRK2(I2020T) and MLi-2 on microtubules
    • タンパク質・ペプチド: LRRK2
キーワードKinase / GTPase / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


caveola neck / negative regulation of thioredoxin peroxidase activity by peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Wnt signalosome assembly / beta-catenin destruction complex binding / regulation of branching morphogenesis of a nerve / regulation of kidney size / regulation of neuron maturation / regulation of cell projection organization / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb ...caveola neck / negative regulation of thioredoxin peroxidase activity by peptidyl-threonine phosphorylation / negative regulation of protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / Wnt signalosome assembly / beta-catenin destruction complex binding / regulation of branching morphogenesis of a nerve / regulation of kidney size / regulation of neuron maturation / regulation of cell projection organization / tangential migration from the subventricular zone to the olfactory bulb / protein localization to endoplasmic reticulum exit site / GTP-dependent protein kinase activity / regulation of neuroblast proliferation / regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / peroxidase inhibitor activity / negative regulation of late endosome to lysosome transport / regulation of mitochondrial depolarization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of dopamine receptor signaling pathway / regulation of synaptic vesicle transport / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / regulation of lysosomal lumen pH / amphisome / co-receptor binding / mitochondrion localization / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of autophagosome assembly / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / neuron projection arborization / regulation of cAMP/PKA signal transduction / olfactory bulb development / striatum development / multivesicular body, internal vesicle / regulation of dendritic spine morphogenesis / protein localization to mitochondrion / JUN kinase kinase kinase activity / cellular response to dopamine / endoplasmic reticulum organization / positive regulation of protein autoubiquitination / Wnt signalosome / positive regulation of programmed cell death / negative regulation of protein processing / GTP metabolic process / syntaxin-1 binding / regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of GTPase activity / exploration behavior / regulation of reactive oxygen species metabolic process / lysosome organization / clathrin binding / Golgi-associated vesicle / regulation of locomotion / protein kinase A binding / phosphorylation / negative regulation of macroautophagy / PTK6 promotes HIF1A stabilization / neuromuscular junction development / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of mitochondrial fission / Golgi organization / intracellular distribution of mitochondria / locomotory exploration behavior / regulation of synaptic vesicle endocytosis / endoplasmic reticulum exit site / autolysosome / microvillus / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of protein kinase activity / Rho protein signal transduction / cellular response to manganese ion / canonical Wnt signaling pathway / presynaptic cytosol / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / phagocytic vesicle / JNK cascade / positive regulation of autophagy / dendrite cytoplasm / negative regulation of protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of MAP kinase activity / tubulin binding / GTPase activator activity / SNARE binding / neuron projection morphogenesis / cellular response to starvation / positive regulation of protein ubiquitination / regulation of membrane potential / excitatory postsynaptic potential / determination of adult lifespan / cellular response to reactive oxygen species / mitochondrion organization / trans-Golgi network / calcium-mediated signaling / mitochondrial membrane
類似検索 - 分子機能
LRRK2 ARM repeat / LRRK2 ANK repeat / LRRK2 beta propeller / : / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine-rich repeats, bacterial type ...LRRK2 ARM repeat / LRRK2 ANK repeat / LRRK2 beta propeller / : / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR-A domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Rab subfamily of small GTPases / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / WD40-repeat-containing domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Chen S / Leschziner AE / Villa E
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Aligning Science Across Parkinsons (ASAP)ASAP-000519 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Cryo-electron tomography reveals the microtubule-bound form of inactive LRRK2
著者: Chen S / Basiashvili T / Hutchings J / Sanz Murillo M / Villagran Suarez A / Alegrio Louro J / Leschziner AE / Villa E
履歴
登録2024年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45593.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45593.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.16 Å/pix.
x 128 pix.
= 276.608 Å		2.16 Å/pix.
x 128 pix.
= 276.608 Å		2.16 Å/pix.
x 128 pix.
= 276.608 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.161 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.1
最小 - 最大-1.8224448 - 3.3328056
平均 (標準偏差)0.02183937 (±0.16845544)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 276.608 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45593_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45593_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LRRK2(I2020T) and MLi-2 on microtubules

全体名称: LRRK2(I2020T) and MLi-2 on microtubules
要素
  • 複合体: LRRK2(I2020T) and MLi-2 on microtubules
    • タンパク質・ペプチド: LRRK2

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超分子 #1: LRRK2(I2020T) and MLi-2 on microtubules

超分子名称: LRRK2(I2020T) and MLi-2 on microtubules / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 286 KDa

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分子 #1: LRRK2

分子名称: LRRK2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MASGSCQGCE EDEETLKKLI VRLNNVQEGK QIETLVQILE DLLVFTYSER ASKLFQGKNI HVPLLIVLDS YMRVASVQQV GWSLLCKLIE VCPGTMQSLM GPQDVGNDWE VLGVHQLILK MLTVHNASVN LSVIGLKTLD LLLTSGKITL LILDEESDIF MLIFDAMHSF ...文字列:
MASGSCQGCE EDEETLKKLI VRLNNVQEGK QIETLVQILE DLLVFTYSER ASKLFQGKNI HVPLLIVLDS YMRVASVQQV GWSLLCKLIE VCPGTMQSLM GPQDVGNDWE VLGVHQLILK MLTVHNASVN LSVIGLKTLD LLLTSGKITL LILDEESDIF MLIFDAMHSF PANDEVQKLG CKALHVLFER VSEEQLTEFV ENKDYMILLS ALTNFKDEEE IVLHVLHCLH SLAIPCNNVE VLMSGNVRCY NIVVEAMKAF PMSERIQEVS CCLLHRLTLG NFFNILVLNE VHEFVVKAVQ QYPENAALQI SALSCLALLT ETIFLNQDLE EKNENQENDD EGEEDKLFWL EACYKALTWH RKNKHVQEAA CWALNNLLMY QNSLHEKIGD EDGHFPAHRE VMLSMLMHSS SKEVFQASAN ALSTLLEQNV NFRKILLSKG IHLNVLELMQ KHIHSPEVAE SGCKMLNHLF EGSNTSLDIM AAVVPKILTV MKRHETSLPV QLEALRAILH FIVPGMPEES REDTEFHHKL NMVKKQCFKN DIHKLVLAAL NRFIGNPGIQ KCGLKVISSI VHFPDALEML SLEGAMDSVL HTLQMYPDDQ EIQCLGLSLI GYLITKKNVF IGTGHLLAKI LVSSLYRFKD VAEIQTKGFQ TILAILKLSA SFSKLLVHHS FDLVIFHQMS SNIMEQKDQQ FLNLCCKCFA KVAMDDYLKN VMLERACDQN NSIMVECLLL LGADANQAKE GSSLICQVCE KESSPKLVEL LLNSGSREQD VRKALTISIG KGDSQIISLL LRRLALDVAN NSICLGGFCI GKVEPSWLGP LFPDKTSNLR KQTNIASTLA RMVIRYQMKS AVEEGTASGS DGNFSEDVLS KFDEWTFIPD SSMDSVFAQS DDLDSEGSEG SFLVKKKSNS ISVGEFYRDA VLQRCSPNLQ RHSNSLGPIF DHEDLLKRKR KILSSDDSLR SSKLQSHMRH SDSISSLASE REYITSLDLS ANELRDIDAL SQKCCISVHL EHLEKLELHQ NALTSFPQQL CETLKSLTHL DLHSNKFTSF PSYLLKMSCI ANLDVSRNDI GPSVVLDPTV KCPTLKQFNL SYNQLSFVPE NLTDVVEKLE QLILEGNKIS GICSPLRLKE LKILNLSKNH ISSLSENFLE ACPKVESFSA RMNFLAAMPF LPPSMTILKL SQNKFSCIPE AILNLPHLRS LDMSSNDIQY LPGPAHWKSL NLRELLFSHN QISILDLSEK AYLWSRVEKL HLSHNKLKEI PPEIGCLENL TSLDVSYNLE LRSFPNEMGK LSKIWDLPLD ELHLNFDFKH IGCKAKDIIR FLQQRLKKAV PYNRMKLMIV GNTGSGKTTL LQQLMKTKKS DLGMQSATVG IDVKDWPIQI RDKRKRDLVL NVWDFAGREE FYSTHPHFMT QRALYLAVYD LSKGQAEVDA MKPWLFNIKA RASSSPVILV GTHLDVSDEK QRKACMSKIT KELLNKRGFP AIRDYHFVNA TEESDALAKL RKTIINESLN FKIRDQLVVG QLIPDCYVEL EKIILSERKN VPIEFPVIDR KRLLQLVREN QLQLDENELP HAVHFLNESG VLLHFQDPAL QLSDLYFVEP KWLCKIMAQI LTVKVEGCPK HPKGIISRRD VEKFLSKKRK FPKNYMSQYF KLLEKFQIAL PIGEEYLLVP SSLSDHRPVI ELPHCENSEI IIRLYEMPYF PMGFWSRLIN RLLEISPYML SGRERALRPN RMYWRQGIYL NWSPEAYCLV GSEVLDNHPE SFLKITVPSC RKGCILLGQV VDHIDSLMEE WFPGLLEIDI CGEGETLLKK WALYSFNDGE EHQKILLDDL MKKAEEGDLL VNPDQPRLTI PISQIAPDLI LADLPRNIML NNDELEFEQA PEFLLGDGSF GSVYRAAYEG EEVAVKIFNK HTSLRLLRQE LVVLCHLHHP SLISLLAAGI RPRMLVMELA SKGSLDRLLQ QDKASLTRTL QHRIALHVAD GLRYLHSAMI IYRDLKPHNV LLFTLYPNAA IIAKIADYGI AQYCCRMGIK TSEGTPGFRA PEVARGNVIY NQQADVYSFG LLLYDILTTG GRIVEGLKFP NEFDELEIQG KLPDPVKEYG CAPWPMVEKL IKQCLKENPQ ERPTSAQVFD ILNSAELVCL TRRILLPKNV IVECMVATHH NSRNASIWLG CGHTDRGQLS FLDLNTEGYT SEEVADSRIL CLALVHLPVE KESWIVSGTQ SGTLLVINTE DGKKRHTLEK MTDSVTCLYC NSFSKQSKQK NFLLVGTADG KLAIFEDKTV KLKGAAPLKI LNIGNVSTPL MCLSESTNST ERNVMWGGCG TKIFSFSNDF TIQKLIETRT SQLFSYAAFS DSNIITVVVD TALYIAKQNS PVVEVWDKKT EKLCGLIDCV HFLREVMVKE NKESKHKMSY SGRVKTLCLQ KNTALWIGTG GGHILLLDLS TRRLIRVIYN FCNSVRVMMT AQLGSLKNVM LVLGYNRKNT EGTQKQKEIQ SCLTVWDINL PHEVQNLEKH IEVRKELAEK MRRTSVE

UniProtKB: Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1.43 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
80.0 mMsodium chlorideNaCl
0.5 mMTCEP
2.5 mMmagnesium chlorideMgCl2
10.0 uMTAXOL
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 90.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV
ソフトウェア名称: SerialEM (ver. 4.6)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4092 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 5760 pixel / 実像数: 1 / 平均露光時間: 0.65 sec. / 平均電子線量: 3.24 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 倍率（補正後）: 42000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用したサブトモグラム数: 28128
抽出トモグラム数: 131 / 使用した粒子像数: 65612 / 参照モデル: EMD-5193 / 手法: 3D classification / ソフトウェア - 名称: Dynamo
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 6000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX (ver. 1.7)
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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