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- EMDB-45587: SARS-CoV-2 nsp12 NiRAN domain bound to a covalent inhibitor SW090466-1 -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45587
タイトルSARS-CoV-2 nsp12 NiRAN domain bound to a covalent inhibitor SW090466-1
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 nsp12 NiRAN domain bound to a covalent inhibitor SW090466-1
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase nsp12
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • RNA: RNA primer
    • RNA: RNA template
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: methyl (8S)-7-hydroxy-5-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxylate
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: water
キーワードComplex / Covalent / Inhibitor / SARS-CoV-2 / Polymerase / NiRAN / VIRAL PROTEIN-RNA-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / snRNP Assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / : / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Osinski A / Hernandez G / Tagliabracci VS
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
W. M. Keck Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM135189 米国
Welch FoundationI-1911 米国
Life Sciences Research Foundation 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Covalent inhibition of the SARS-CoV-2 NiRAN domain via an active-site cysteine.
著者: Genaro Hernandez / Adam Osinski / Abir Majumdar / Jennifer L Eitson / Monika Antczak / Krzysztof Pawłowski / Hanspeter Niederstrasser / Kelly A Servage / Bruce Posner / John W Schoggins / ...著者: Genaro Hernandez / Adam Osinski / Abir Majumdar / Jennifer L Eitson / Monika Antczak / Krzysztof Pawłowski / Hanspeter Niederstrasser / Kelly A Servage / Bruce Posner / John W Schoggins / Joseph M Ready / Vincent S Tagliabracci /
要旨: The kinase-like nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain of nsp12 in SARS-CoV-2 catalyzes the formation of the 5' RNA cap structure. This activity is required for viral ...The kinase-like nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain of nsp12 in SARS-CoV-2 catalyzes the formation of the 5' RNA cap structure. This activity is required for viral replication, offering a new target for the development of antivirals. Here, we develop a high-throughput assay to screen for small molecule inhibitors targeting the SARS-CoV-2 NiRAN domain. We identified NiRAN covalent inhibitor 2 (NCI-2), a compound with a reactive chloromethyl group that covalently binds to an active site cysteine (Cys53) in the NiRAN domain, inhibiting its activity. NCI-2 can enter cells, bind to, and inactivate ectopically expressed nsp12. A cryo-EM reconstruction of the SARS-CoV-2 replication-transcription complex bound to NCI-2 offers a detailed structural blueprint for rational drug design. Although NCI-2 showed limited potency against SARS-CoV-2 replication in cells, our work lays the groundwork for developing more potent and selective inhibitors targeting the NiRAN domain. This approach presents a promising therapeutic strategy for effectively combating COVID-19 and potentially mitigating future coronavirus outbreaks.
履歴
登録2024年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45587.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 322.56 Å		0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 322.56 Å		0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 322.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.3
最小 - 最大-1.6647711 - 2.6468182
平均 (標準偏差)0.0005993068 (±0.059467666)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 322.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_45587_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_45587_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45587_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45587_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 nsp12 NiRAN domain bound to a covalent inhibitor SW090466-1

全体名称: SARS-CoV-2 nsp12 NiRAN domain bound to a covalent inhibitor SW090466-1
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 nsp12 NiRAN domain bound to a covalent inhibitor SW090466-1
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase nsp12
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 7
    • RNA: RNA primer
    • RNA: RNA template
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: methyl (8S)-7-hydroxy-5-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxylate
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: SARS-CoV-2 nsp12 NiRAN domain bound to a covalent inhibitor SW090466-1

超分子名称: SARS-CoV-2 nsp12 NiRAN domain bound to a covalent inhibitor SW090466-1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

+
分子 #1: RNA-directed RNA polymerase nsp12

分子名称: RNA-directed RNA polymerase nsp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 108.767094 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSSHHHHHH ENLYFQSADA QSFLNRVCGV SAARLTPCGT GTSTDVVYRA FDIYNDKVAG FAKFLKTNCC RFQEKDEDDN LIDSYFVVK RHTFSNYQHE ETIYNLLKDC PAVAKHDFFK FRIDGDMVPH ISRQRLTKYT MADLVYALRH FDEGNCDTLK E ILVTYNCC ...文字列:
MGSSHHHHHH ENLYFQSADA QSFLNRVCGV SAARLTPCGT GTSTDVVYRA FDIYNDKVAG FAKFLKTNCC RFQEKDEDDN LIDSYFVVK RHTFSNYQHE ETIYNLLKDC PAVAKHDFFK FRIDGDMVPH ISRQRLTKYT MADLVYALRH FDEGNCDTLK E ILVTYNCC DDDYFNKKDW YDFVENPDIL RVYANLGERV RQALLKTVQF CDAMRNAGIV GVLTLDNQDL NGNWYDFGDF IQ TTPGSGV PVVDSYYSLL MPILTLTRAL TAESHVDTDL TKPYIKWDLL KYDFTEERLK LFDRYFKYWD QTYHPNCVNC LDD RCILHC ANFNVLFSTV FPPTSFGPLV RKIFVDGVPF VVSTGYHFRE LGVVHNQDVN LHSSRLSFKE LLVYAADPAM HAAS GNLLL DKRTTCFSVA ALTNNVAFQT VKPGNFNKDF YDFAVSKGFF KEGSSVELKH FFFAQDGNAA ISDYDYYRYN LPTMC DIRQ LLFVVEVVDK YFDCYDGGCI NANQVIVNNL DKSAGFPFNK WGKARLYYDS MSYEDQDALF AYTKRNVIPT ITQMNL KYA ISAKNRARTV AGVSICSTMT NRQFHQKLLK SIAATRGATV VIGTSKFYGG WHNMLKTVYS DVENPHLMGW DYPKCDR AM PNMLRIMASL VLARKHTTCC SLSHRFYRLA NECAQVLSEM VMCGGSLYVK PGGTSSGDAT TAYANSVFNI CQAVTANV N ALLSTDGNKI ADKYVRNLQH RLYECLYRNR DVDTDFVNEF YAYLRKHFSM MILSDDAVVC FNSTYASQGL VASIKNFKS VLYYQNNVFM SEAKCWTETD LTKGPHEFCS QHTMLVKQGD DYVYLPYPDP SRILGAGCFV DDIVKTDGTL MIERFVSLAI DAYPLTKHP NQEYADVFHL YLQYIRKLHD ELTGHMLDMY SVMLTNDNTS RYWEPEFYEA MYTPHTVLQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

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分子 #2: Non-structural protein 8

分子名称: Non-structural protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 21.903047 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AIASEFSSLP SYAAFATAQE AYEQAVANGD SEVVLKKLKK SLNVAKSEFD RDAAMQRKLE KMADQAMTQM YKQARSEDKR AKVTSAMQT MLFTMLRKLD NDALNNIINN ARDGCVPLNI IPLTTAAKLM VVIPDYNTYK NTCDGTTFTY ASALWEIQQV V DADSKIVQ ...文字列:
AIASEFSSLP SYAAFATAQE AYEQAVANGD SEVVLKKLKK SLNVAKSEFD RDAAMQRKLE KMADQAMTQM YKQARSEDKR AKVTSAMQT MLFTMLRKLD NDALNNIINN ARDGCVPLNI IPLTTAAKLM VVIPDYNTYK NTCDGTTFTY ASALWEIQQV V DADSKIVQ LSEISMDNSP NLAWPLIVTA LRANSAVKLQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

+
分子 #3: Non-structural protein 7

分子名称: Non-structural protein 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 9.248804 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
SKMSDVKCTS VVLLSVLQQL RVESSSKLWA QCVQLHNDIL LAKDTTEAFE KMVSLLSVLL SMQGAVDINK LCEEMLDNRA TLQ

UniProtKB: Replicase polyprotein 1ab

+
分子 #4: RNA primer

分子名称: RNA primer / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.157644 KDa
配列文字列:
CGCGUAGCAU GCUACGUCAU UCUCCUAAGA AGCUG

+
分子 #5: RNA template

分子名称: RNA template / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.641477 KDa
配列文字列:
CUAUCCCCAU GUGAGCGGCU CAGCUUCUUA GGAGAAUGAC GUAGCAUGCU ACGCG

+
分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #7: methyl (8S)-7-hydroxy-5-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxylate

分子名称: methyl (8S)-7-hydroxy-5-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxylate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: A1AWQ
分子量理論値: 207.186 Da

+
分子 #8: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 258 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 77971
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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