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- EMDB-45583: The Structure of Spiroplasma Virus 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45583
タイトルThe Structure of Spiroplasma Virus 4
マップデータ
試料
  • ウイルス: Spiromicrovirus SpV4 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: DNA binding protein ORF8
キーワードMicroviridae / bacteriophage / capsid / Spiroplasma virus 4 / SpV4 / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Microviridae F protein / Microviridae F protein superfamily / Capsid protein (F protein) / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1 / DNA binding protein ORF8
類似検索 - 構成要素
生物種Spiromicrovirus SpV4 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Mietzsch M / McKenna R
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082946 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2024
タイトル: The Structure of : Exploring the Capsid Diversity of the .
著者: Mario Mietzsch / Shweta Kailasan / Antonette Bennett / Paul Chipman / Bentley Fane / Juha T Huiskonen / Ian N Clarke / Robert McKenna /
要旨: (SpV4) is a bacteriophage of the , which packages circular ssDNA within non-enveloped T = 1 icosahedral capsids. It infects spiroplasmas, which are known pathogens of honeybees. Here, the structure ... (SpV4) is a bacteriophage of the , which packages circular ssDNA within non-enveloped T = 1 icosahedral capsids. It infects spiroplasmas, which are known pathogens of honeybees. Here, the structure of the SpV4 virion is determined using cryo-electron microscopy to a resolution of 2.5 Å. A striking feature of the SpV4 capsid is the mushroom-like protrusions at the 3-fold axes, which is common among all members of the subfamily While the function of the protrusion is currently unknown, this feature varies widely in this subfamily and is therefore possibly an adaptation for host recognition. Furthermore, on the interior of the SpV4 capsid, the location of DNA-binding protein VP8 was identified and shown to have low structural conservation to the capsids of other viruses in the family. The structural characterization of SpV4 will aid future studies analyzing the virus-host interaction, to understand disease mechanisms at a molecular level. Furthermore, the structural comparisons in this study, including a low-resolution structure of the chlamydia phage 2, provide an overview of the structural repertoire of the viruses in this family that infect various bacterial hosts, which in turn infect a wide range of animals and plants.
履歴
登録2024年6月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2024年8月7日-
現状2024年8月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45583.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45583.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 634.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)X (Row.)Y (Col.)
1.06 Å/pix.
x 550 pix.
= 583.55 Å		1.06 Å/pix.
x 550 pix.
= 583.55 Å		1.06 Å/pix.
x 550 pix.
= 583.55 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-14.781516 - 23.707332999999998
平均 (標準偏差)0.000000001860729 (±1.0000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-275-275-275
サイズ550550550
Spacing550550550
セルA=B=C: 583.55 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_45583_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_45583_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Spiromicrovirus SpV4

全体名称: Spiromicrovirus SpV4 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Spiromicrovirus SpV4 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: DNA binding protein ORF8

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超分子 #1: Spiromicrovirus SpV4

超分子名称: Spiromicrovirus SpV4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: SpV4 was propagated in the S. melliferum strain G1 / NCBI-ID: 10855 / 生物種: Spiromicrovirus SpV4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spiromicrovirus SpV4 (ウイルス)
分子量理論値: 62.294344 KDa
組換発現生物種: Spiroplasma melliferum (バクテリア)
配列文字列: MKKKMSKLNA RVHDFSMFKG NHIPRSKIHI PHKTIRAFNV GEIIPIYQTP VYPGEHIKMD LTSLYRPSTF IVPPMDDLIV DTYAFAVPW RIVWKDLEKF FGENSDSWDV KNAPPVPDIV APSGGWDYGT LADHFGITPK VPGIRVKSLR FRAYAKIIND W FRDQNLSS ...文字列:
MKKKMSKLNA RVHDFSMFKG NHIPRSKIHI PHKTIRAFNV GEIIPIYQTP VYPGEHIKMD LTSLYRPSTF IVPPMDDLIV DTYAFAVPW RIVWKDLEKF FGENSDSWDV KNAPPVPDIV APSGGWDYGT LADHFGITPK VPGIRVKSLR FRAYAKIIND W FRDQNLSS ECALTLDSSN SQGSNGSNQV TDIQLGGKPY IANKYHDYFT SCLPAPQKGA PTTLNVGGMA PVTTKFRDVP NL SGTPLIF RDNKGRTIKT GQLGIGPVDA GFLVAQNTAQ AANGERAIPS NLWADLSNAT GISISDLRLA ITYQHYKEMD ARG GTRYVE FTLNHFGVHT ADARLQRSEF LGGHSQSLLV QSVPQTSSTV EKMTPQGNLA AFSETMIQNN YLVNKTFTEH SYII VLAVV RYKHTYQQGI EADWFRGQDK FDMYDPLLAN ISEQPVKNRE IMVQGNSQDN EIFGFQEAWA DLRFKPNSVA GVMRS SHPQ SLDYWHFADH YAQLPKLSSE WLKEDYKNVD RTLALKASDN TPQLRVDFMF NTIAEKPMPL YSTPGLRRI

UniProtKB: Capsid protein VP1

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分子 #2: DNA binding protein ORF8

分子名称: DNA binding protein ORF8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Spiromicrovirus SpV4 (ウイルス)
分子量理論値: 4.644519 KDa
組換発現生物種: Spiroplasma melliferum (バクテリア)
配列文字列:
MRRKVKNTKR HQWRLTHSAR SIKRANIMPS NPRGGRRF

UniProtKB: DNA binding protein ORF8

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 34.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77204
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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