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- EMDB-45578: Cryo-EM structure of an HMGB1 box bound to nucleosome at SHL-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45578
タイトルCryo-EM structure of an HMGB1 box bound to nucleosome at SHL-2
マップデータNU-Refine map from cryoSPARC (unsharpened)
試料
  • 複合体: Complex of nucleosome with HMGB1
    • 複合体: 0/10 nucleosome with Xenopus laevis histones
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
      • DNA: Widom 601 DNA reverse strand (147-mer)
      • DNA: Widom 601 DNA forward strand (147-mer)
    • 複合体: High mobility group protein B1
      • タンパク質・ペプチド: High mobility group protein B1
キーワードnucleosome / high-mobility group box 1 / HMGB1 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of tolerance induction / calcium-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of myeloid progenitor cell differentiation / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of mismatch repair / negative regulation of apoptotic cell clearance / plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / myeloid dendritic cell activation ...: / regulation of tolerance induction / calcium-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of myeloid progenitor cell differentiation / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of mismatch repair / negative regulation of apoptotic cell clearance / plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / myeloid dendritic cell activation / T-helper 1 cell activation / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / positive regulation of dendritic cell differentiation / C-X-C chemokine binding / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / neutrophil clearance / positive regulation of glycogen catabolic process / DNA geometric change / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / endothelial cell chemotaxis / RAGE receptor binding / eye development / positive regulation of interleukin-1 production / Regulation of TLR by endogenous ligand / bubble DNA binding / V(D)J recombination / myeloid cell differentiation / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / Apoptosis induced DNA fragmentation / myeloid progenitor cell differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of monocyte chemotaxis / MyD88 deficiency (TLR2/4) / regulation of nucleotide-excision repair / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / cellular response to interleukin-7 / endothelial cell proliferation / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / glycogen catabolic process / apoptotic cell clearance / supercoiled DNA binding / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / DNA binding, bending / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / dendritic cell chemotaxis / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / positive regulation of DNA binding / positive regulation of wound healing / phosphatidylserine binding / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of activated T cell proliferation / TRAF6 mediated NF-kB activation / DNA topological change / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of interferon-alpha production / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / protein kinase activator activity / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Pyroptosis / four-way junction DNA binding / condensed chromosome / DNA polymerase binding / positive regulation of interleukin-12 production / transcription repressor complex / positive regulation of autophagy / activation of innate immune response / lung development / positive regulation of interferon-beta production / response to glucocorticoid / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / lipopolysaccharide binding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / positive regulation of interleukin-6 production / autophagy / integrin binding / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / nucleosome / heterochromatin formation / double-strand break repair / nucleosome assembly / single-stranded DNA binding / double-stranded RNA binding / cellular response to lipopolysaccharide
類似検索 - 分子機能
HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / : ...HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / HMG-box domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / High mobility group protein B1 / Histone H4 / Histone H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Chio US / Saunders HS / Narlikar GJ / Cheng Y
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127020 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM140847 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM137463 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Competition between HMGB1 and H1 on nucleosomes tunes dynamics within condensed chromatin
著者: Saunders HS / Chio US / Moore CM / Ramani V / Cheng Y / Narlikar GJ
履歴
登録2024年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45578.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45578.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈NU-Refine map from cryoSPARC (unsharpened)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 240.192 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 240.192 Å		0.83 Å/pix.
x 288 pix.
= 240.192 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-0.0 - 1.2903076
平均 (標準偏差)0.009273748 (±0.042639513)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 240.192 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1 from cryoSPARC

ファイルemd_45578_half_map_1.map
注釈Half map 1 from cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2 from cryoSPARC

ファイルemd_45578_half_map_2.map
注釈Half map 2 from cryoSPARC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of nucleosome with HMGB1

全体名称: Complex of nucleosome with HMGB1
要素
  • 複合体: Complex of nucleosome with HMGB1
    • 複合体: 0/10 nucleosome with Xenopus laevis histones
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
      • DNA: Widom 601 DNA reverse strand (147-mer)
      • DNA: Widom 601 DNA forward strand (147-mer)
    • 複合体: High mobility group protein B1
      • タンパク質・ペプチド: High mobility group protein B1

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超分子 #1: Complex of nucleosome with HMGB1

超分子名称: Complex of nucleosome with HMGB1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
詳細: Individual histones were recombinantly expressed and purified from E. coli BL21(DE3) pLysS as lyopholized powder. Histone octamer was refolded using urea and dialysis and then purified. Widom ...詳細: Individual histones were recombinantly expressed and purified from E. coli BL21(DE3) pLysS as lyopholized powder. Histone octamer was refolded using urea and dialysis and then purified. Widom 601 147-mer DNA with 10 base pairs flanking DNA was generated by PCR. Nucleosome was generated through salt-gradient dialysis of reconstituted histone octamer with DNA. Full-length HMGB1 was recombinantly expressed and purified from E. coli BL21(DE3) Rosetta.
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

+
超分子 #2: 0/10 nucleosome with Xenopus laevis histones

超分子名称: 0/10 nucleosome with Xenopus laevis histones / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6
詳細: Histones recombinantly expressed in E. coli. DNA generated by PCR.
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

+
超分子 #3: High mobility group protein B1

超分子名称: High mobility group protein B1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7 / 詳細: Recombinantly expressed and purified from E. coli.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.271863 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAV MALQEASEAY LVALFEDTNL AAIHAKRVTI MPKDIQLARR IRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.263231 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.978241 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQSVLLPKK TESSKSAKSK

UniProtKB: Histone H2A type 1

+
分子 #4: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.524752 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
AKSAPAPKKG SKKAVTKTQK KDGKKRRKTR KESYAIYVYK VLKQVHPDTG ISSKAMSIMN SFVNDVFERI AGEASRLAHY NKRSTITSR EIQTAVRLLL PGELAKHAVS EGTKAVTKYT SAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

+
分子 #7: High mobility group protein B1

分子名称: High mobility group protein B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.092049 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GSMGKGDPKK PRGKMSSYAF FVQTCREEHK KKHPDASVNF SEFSKKCSER WKTMSAKEKG KFEDMAKADK ARYEREMKTY IPPKGETKK KFKDPNAPKR PPSAFFLFCS EYRPKIKGEH PGLSIGDVAK KLGEMWNNTA ADDKQPYEKK AAKLKEKYEK D IAAYRAKG ...文字列:
GSMGKGDPKK PRGKMSSYAF FVQTCREEHK KKHPDASVNF SEFSKKCSER WKTMSAKEKG KFEDMAKADK ARYEREMKTY IPPKGETKK KFKDPNAPKR PPSAFFLFCS EYRPKIKGEH PGLSIGDVAK KLGEMWNNTA ADDKQPYEKK AAKLKEKYEK D IAAYRAKG KPDAAKKGVV KAEKSKKKKE EEEDEEDEED EEEEEDEEDE DEEEDDDDE

UniProtKB: High mobility group protein B1

+
分子 #5: Widom 601 DNA reverse strand (147-mer)

分子名称: Widom 601 DNA reverse strand (147-mer) / タイプ: dna / ID: 5 / 詳細: 10 base pairs flanking DNA / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 47.746418 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG) ...文字列:
(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA) (DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DC)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)

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分子 #6: Widom 601 DNA forward strand (147-mer)

分子名称: Widom 601 DNA forward strand (147-mer) / タイプ: dna / ID: 6 / 詳細: 10 base pairs flanking DNA / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 47.328148 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
25.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMC10H16N2O8EDTA
2.0 mMC4H10O2S2DTT
1.5 %C3H8O3glycerol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 uL of sample was applied to grid..
詳細1 uM nucleosome was mixed with 12 uM HMGB1 prior to plunge freezing.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 8259 / 平均露光時間: 2.024 sec. / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.1.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction from cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform Refinement / 使用した粒子像数: 42115
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.1) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform Refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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